Irritabel tarm-syndrom antas å skyldes unormal funksjon (dysfunksjon) av musklene i organer i mage-tarmkanalen eller nervene som kontrollerer organer. Nervøse kontroll av mage-tarmkanalen, er imidlertid kompleks. Et system av nerver går hele lengden av mage-tarmkanalen fra spiserøret til anus i muskel veggene i organer. Disse nervene kommunisere med andre nerver som reiser til og fra ryggmargen. Nervene i ryggmargen, i sin tur, reiser til og fra hjernen. (Mage-tarmkanalen blir overskredet i antallet av nerver det inneholder kun ved ryggmargen og hjernen.) Således kan unormal funksjon av nervesystemet på IBS oppstår i en gastrointestinal muskel organ, ryggmargen eller hjernen. Nervesystemet som styrer de gastrointestinale organer, som med de fleste andre organer, inneholder både sensoriske og motoriske nerver. Sensoriske nerver fornemme kontinuerlig hva som skjer innen orgel og videresende denne informasjonen til nerver i orgelet 抯 veggen. Derfra kan informasjonen bli videreformidlet til ryggmargen og hjernen. Informasjonen er mottatt og behandlet i orgelet veggen, ryggmargen eller hjernen. Deretter, basert på denne sanseinntrykk og måten inngangen er behandlet, kommandoer (responser) blir sendt til det organ de motoriske nervene. To av de mest vanlige motorresponser i tarmen er sammentrekning eller avslapning av muskelen av organet og sekresjon av væske og /eller slim inn i organet. Som allerede nevnt, unormal funksjon av nerver i de gastrointestinale organer, i det minste teoretisk, kan forekomme i organet, ryggmargen eller hjernen. Dessuten kan det hende at avvik forekommer i de sensoriske nerver, motoriske nervene, eller ved behandling sentre i tarmen, ryggmarg eller hjerne. Noen forskere hevder at årsaken til funksjonelle sykdommer er abnormiteter i funksjonen til sensoriske nerver. For eksempel normale aktiviteter, som strekker seg fra tynntarmen ved mat, kan gi opphav til unormale sensoriske signaler som sendes til ryggmargen og hjernen, der de oppfattes som smerte. Andre forskere hevder at årsaken til funksjonelle sykdommer er abnormiteter i funksjonen av motoriske nervene. For eksempel kan unormale kommandoer gjennom motoriske nervene produsere en smertefull krampe (sammentrekning) av musklene. Atter andre hevder at unormalt fungerende behandling sentre er ansvarlig for funksjonelle sykdommer fordi de feiltolke normale følelser eller sende unormale kommandoer til orgel. Faktisk kan noen funksjonelle sykdommer som skyldes sensorisk dysfunksjon, motorisk dysfunksjon, eller både sensorisk og motorisk dysfunksjon. Atter andre kan skyldes uregelmessigheter innenfor prosesseringssenter ett område som mottar en stor mengde vitenskapelig oppmerksomhet er den potensielle rolle av gass som produseres av tarmbakterier hos pasienter med IBS. Studier har vist at pasienter med IBS produsere større mengder gass enn individer uten IBS, og gassen kan holdes lenger i tynntarmen. Blant pasienter med IBS, øker magestørrelse over dagen, og nådde et maksimum i kveld og gikk tilbake til baseline ved følgende morgen. I individer uten IBS, er det ingen økning i abdominal størrelse i løpet av dagen. Det har vært mye kontrovers over rollen som dårlig fordøyelse og /eller absorpsjon av kosttilskudd sukker kan spille i skjerpende symptomene på IBS. Dårlig fordøyelse av laktose, sukker i melk, er svært vanlig som er dårlig absorpsjon av fruktose, et søtningsmiddel som finnes i mange bearbeidet mat. Dårlig fordøyelse eller absorpsjon av disse sukker kan forverre symptomene på IBS siden unabsorbed sukker ofte føre til økt dannelse av gass. Selv om disse abnormiteter i produksjon og transport av gass kan gi opphav til noen av symptomene på IBS, vil mye mer arbeid må gjøres før den rollen tarmgass i IBS er clear.Dietary fett hos friske individer forårsaker mat samt gass for å bevege seg saktere gjennom magesekken og tynntarmen. Noen pasienter med IBS kan selv svare på fett på en overdreven måte med større demping. Dermed fett kunne – og sannsynligvis ikke – forverre symptomene på IBS
.
