Abstract
Sikt
Esophageal plateepitelkarsinom (ESCC) er en av de vanligste fatale malignances i fordøyelseskanalen. Dens Prognosen er dårlig, hovedsakelig på grunn av mangel på pålitelige markører for tidlig oppdagelse og prognostisk prediksjon. Her har vi som mål å identifisere de molekyler som er involvert i ESCC kreftutvikling og de som potensielle markører for prognose og som nye molekylære terapeutiske mål.
Metoder
Vi utførte genom-wide genuttrykk profilen analyser av 10 primær ESCCs og deres tilstøtende normalt vev av cDNA mikromatriser som representerer 47.000 utskrifter og varianter. Kandidat gener ble deretter godkjent av semi kvantitativ revers transkripsjon-PCR (RT-PCR), microarray (TMA) og immunhistokjemi (IHC) farging.
Resultater
Ved hjelp av en vilkårlig cutoff linje av signal logge forholdet mellom ≥1.5 eller ≤-1,5, observerte vi 549 oppregulert gener og 766 nedregulert gener i ESCCs sammenlignet med normale esophageal vev. Funksjonene til 302 differensielt uttrykte gener assosiert med cellemetabolisme, celleadhesjon og immunrespons. Flere kandidat deregulert gener inkludert fire uttrykt (CTTN, DMRT2, MCM10 og SCYA26) og to underexpressed (HMGCS2 og SORBS2) ble senere bekreftet, som kan serveres som biomarkører for ESCC. Videre overekspresjon av cortactin (CTTN) ble observert i 126/198 (63,6%) av ESCC tilfeller og var signifikant assosiert med lymfeknutemetastase (P = 0.000), patologisk stadium (P = 0.000) og dårlig overlevelse (P 0,001) av ESCC pasienter. Videre ble en signifikant korrelasjon mellom CTTN overekspresjon og kortere sykdomsspesifikk overlevelse prisen funnet i ulike undergrupper av ESCC pasient stratifisert ved patologisk stadium (P 0,05).
Konklusjon
Våre data gir verdifull informasjon for å etablere molekyler som kandidater for prognostiske og /eller som terapeutiske mål
Citation. Lu P, Qiao J, han W, Wang J, Jia Y, Sun Y, et al. (2014) Genome-Wide genekspresjon Profil Analyser Identifisere CTTN som en potensiell prognostisk markør i Esophageal Cancer. PLoS ONE 9 (2): e88918. doi: 10,1371 /journal.pone.0088918
Redaktør: Ju-Seog Lee, University of Texas MD Anderson Cancer Center, USA
mottatt: 22 august 2013; Godkjent: 16 januar 2014; Publisert: 14. februar 2014
Copyright: © 2014 Lu et al. Dette er en åpen-tilgang artikkelen distribueres under betingelsene i Creative Commons Attribution License, som tillater ubegrenset bruk, distribusjon og reproduksjon i ethvert medium, forutsatt den opprinnelige forfatteren og kilden krediteres
Finansiering:. Dette arbeidet ble støttet med tilskudd fra Natural Science Foundation of China (81150010, 81272227 og 81372583) National. Finansiører hadde ingen rolle i studiedesign, datainnsamling og analyse, beslutning om å publisere, eller utarbeidelse av manuskriptet
Konkurrerende interesser:.. Forfatterne har erklært at ingen konkurrerende interesser eksisterer
Innledning
esophageal plateepitelkarsinom (ESCC) er den dominerende form for spiserørskreft (EF) internasjonalt, og står for mer enn 90% av alle EU-saker [1]. ESCC er en av de mest vanlige former for kreft og er assosiert med en dårlig prognose [2]. Til tross for fremskritt i diagnostiske teknikker og multimodale behandlinger, ESCC fortsatt en dødelig kreft med en 5-års overlevelse i snitt 15% i mange land [3]. Den dårlige prognosen er et resultat av den biologiske aggressive karakteren av tumoren, en mangel på pålitelige diagnostiske teknikker for tidlig-stadium deteksjon og fravær av effektiv individuell behandling [4]. Redusere dødeligheten ville kreve tidlig diagnose og behandling for pasienter. Imidlertid, nåværende biomarkører som brukes til å identifisere pasienter ESCC på et tidlig stadium, og velge behandlingsmetoder for individuelle pasienter som mangler fremdeles tilstrekkelig sensitivitet og spesifisitet [5]. Så langt har molekylær teknikk vært ansett som en ideell metode for tidlig diagnose og prognostisk prediksjon i ESCC. Dermed er det av stor klinisk verdi for å lete etter nye diagnostiske, terapeutiske indikatorer og prognostisk prediksjon basert på den molekylære mekanismen underliggende esophageal kreftutvikling.
For å forstå det molekylære grunnlaget og velger kandidater for utvikling av nye anti-tumor legemidler og tumor markører, er det nødvendig å analysere de globale endringer i genekspresjon mellom ESCC tumor-vev og ikke-tumorvev. For dette formål cDNA mikromatriser, et kraftig verktøy for storskala genuttrykkstudier som basert på hybridisering, ble brukt til å analysere endringer i ekspresjonen av tusener av gener samtidig [6]. Flere microarray studier har undersøkt genuttrykk profiler i ESCC vev og cellelinjer [7], [8]. Men nyttig informasjon utledet fra disse studiene var begrenset.
Med et mål å identifisere flere nye kreftfaren relaterte gener som kan være potensielle molekylære mål for diagnostisering, behandling og /eller forebygging av ESCC, sammenlignet vi genet uttrykksprofiler mellom tumorvev og matchet normal epitel fra 10 ESCC prøver ved hjelp av Affymetrix menneskelige genom U133 Plus 2.0 Genechip som består av 47.000 transkripsjoner. Denne studien identifisert en rekke forskjellig uttrykte gener, inkludert de som er knyttet til celle adhesjon, celle metabolisme og immunrespons. Spesielt, en actin filament-bindende protein og en kinase mål, cortactin (CTTN eller EMS 1), ble funnet å være en av de mest betydelige overuttrykte gener i ESCC. Her rapporterte vi at overekspresjon av CTTN har uavhengig prognostisk verdi og kan også serveres som en terapeutisk mål for ESCC.
Materialer og metoder
Etikk erklæringen
ESCC vevsprøver brukt i denne studien ble godkjent av komiteer for etisk vurdering av forskning som omfatter mennesker i Zhengzhou universitet. Skriftlig informert samtykke for den opprinnelige menneskelige arbeidet som produserte vevsprøver ble oppnådd.
ESCC kliniske prøver
Primær ESCC vev og tilstøtende normale esophageal epitelvev (tatt 5 cm fra svulsten kant) ble samlet på tidspunktet for kirurgisk reseksjon ved Linzhou Folkets sykehus (Henan, Kina). Alle tumorvev ble histopathologically bekreftet som ESCC. Pasientene var tidligere ubehandlet (dvs. ingen strålebehandling eller cellegift). Informert samtykke ble oppnådd fra alle pasienter. Prøvene etter kirurgisk reseksjon ble lagret ved -80 ° C umiddelbart før tidspunktet for RNA-ekstraksjon. De ti tumorprøvene som ble valgt for cDNA microarray analyser ble avledet fra dissekert tumorvev som utgjorde mer enn 80% av tumorcellene uten nekrose. Parvise tilstøtende normale mucosas ble anvendt som referanse. Totalt 231 formalinfiksert og parafininnstøpte ESCCs og tilhørende esophageal prøver epitelvev normale var også vennlig levert av Linzhou Folkets sykehus. All klinisk informasjon ble hentet fra pasientjournaler.
Cellelinjer
Fem japanske ESCC cellelinjer (KYSE140, KYSE410, KYSE180, KYSE30 og KYSE510) ble hentet fra DSMZ (Braunschweig, Tyskland), den tyske kompetansesenter for biologisk materiale [9]. Chinese ESCC cellelinje HKESC1, EC18 og EC109 ble vennlig levert av professor Srivastava (Avdeling for patologi, Universitetet i Hong Kong, Hong Kong, Kina) [10]. Alle disse ESCC cellelinjene ble dyrket i RPMI 1640-supplement med 10% føtalt bovint serum. Cellene ble inkubert ved 37 ° C i et fuktet kammer inneholdende 5% CO
2.
RNA ekstraksjon, forsterkning og merking
Vevsprøver ble malt til pulver i flytende nitrogen, og TRIzol reagens ble tilsatt så snart som nitrogen fordamping avsluttet. Totalt RNA ble deretter isolert i henhold til produsentens instruksjoner. RNA-konsentrasjonen ble målt ved anvendelse av et Nanodrop spektrofotometer (ND-1000; Labtech International, Frankrike) og renheten ble vurdert ved A260 /A280 og A230 /A260-forhold. En Agilent Bioanalyzer (modell 2100, Agilent Technologies, Santa Clara, CA) ble brukt for å vurdere RNA kvalitet etter isolering og senere, etter biotinmerking og fragmentering. For dette ble 100 ng RNA av hver prøve forsterkes for å oppnå cRNA og ble merket ved bruk av Affymetrix Genechip eukaryote 2 syklus merking analyser for uttrykk analyse (Affymetrix, 900494) i henhold til produsentens instruksjoner på https://www.affymetrix.com/products /reagents/specific/cdna2.affx.
Mikromatrise hybridisering
Affymetrix HG U133 Plus 2,0 oligonukleotid mikromatriser ble prehybridisert i hybridisering løsning som inneholder 1 mol /L NaCl, 20 mmol /L EDTA, 100 mmol /l 2- (N-morfolino) etansulfonsyre, og 0,01% Tween 20 i 10 minutter ved 45 ° C og 60 omdreininger per minutt. Den prehybridiseringsoppløsning ble deretter fjernet og erstattet med 200 ml hybridiserings-oppløsning inneholdende 0,05 mg /ml fragmentert cRNA, og de matriser ble hybridisert i 16 timer ved 45 ° C og 60 omdreininger per minutt. Arrays ble deretter vasket (Affymetrix fluidics stasjon modell 400), og ble skannet og visualisert ved hjelp av en Gene Array scanner (Hewlett-Packard).
Microarray analyse
Kvaliteten på den samlede normal eller svulst prøvene har blitt kontrollert av heatmap med clustering (figur S1). Affymetrix menneskelige genom U133 Plus 2.0 Genechip (Affymetrix), som dekker 47.000 utskrifter og varianter, ble brukt til å identifisere differensielt uttrykte gener mellom ESCC tumorvev og normalt vev. Microarray reaksjonen ble utført i henhold til produsentens instruksjoner. Probe satt intensiteter ble beregnet ved hjelp av microarray analyse Suite (MAS v5.0, Affymetrix) programvare og normalisert mot 100 housekeeping gener til en bety intensitet av 2000 i maske filer av U133 Plus 2,0 før videre statistisk analyse. Normaliserte uttrykk verdiene ble så sammenlignet mellom ESCC prøver og deres sammenkoblede normalt vev. Fold-change forskjeller ble beregnet til å identifisere oppregulert og nedregulert gener. Transkripsjoner med mer enn 1,5 ganger forskjell i uttrykksnivå ble definert som uttrykt forskjellig. Spesielt designet nettbaserte verktøy, inkludert FatiGO [11], Gene ontologi [12] levert av GO Consortium, og NetAffx Analysis Center database [13], ble brukt til å klassifisere de funksjonelle rollene til de identifiserte differensielt uttrykte gener. cDNA microarray data har blitt sendt til Gene Expression Omnibus (GEO, https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/) under aksesjonsnummer GSE33810.
semikvantitativ Reverse Transcription-PCR (RT PCR)
for å undersøke påliteligheten av microarray data, RT-PCR-analyse ble brukt til å bekrefte microarray analyse av data for de valgte fire oppregulert gener (CTTN, DMRT2, MCM10 og SCYA26) og to ned- regulerte gener (HMGCS2 og SORBS2) som tidligere beskrevet [14]. Totalt 2 pg mRNA aliquot fra hver prøve ble reverstranskribert til enkelt-trådet cDNA ved bruk av en fordel RT PCR-sett (Clontech) og cDNA ble utsatt for PCR for 30 amplifikasjonssykluser. RT-PCR-forsøk ble utført med følgende sett av syntetisert primere som er spesifikke for de valgte seks gener eller med GAPDH-spesifikke primere som en intern kontroll: cortactin (CTTN eller EMS 1) fr: 5′-TGAGTGTGT GTTCTTCCCCAAG-3 «, cortactin (CTTN eller EMS 1) -RR: 5»-CACGTGACCTTCTGGA AAGACA-3′;DMRT-Fr:5′-GCGTGGTGTCCTGCCTGAAG-3′,DMRT-Rr:5′-GCCCCTTCTTGTCCTCGGTG-3′;MCM10-Fr:5′-GCAAAAATCCCCTGTAGAGA-3′, MCM10-Rr:5′-CCCCACAATTTGACCTCTAG-3′;SCYA26-Fr:5′-CACCTTGGAACTGCCACACG-3′,SCYA26-Rr:5′-TGGGTACAGACTTTCTTGCC-3′;HMGCS2-Fr:5′-CTGGGATGGTCGTTATGCCA-3′,HMGCS2-Rr:5′-TCGTCAAGGGTGAAGGGTCG-3′;SORBS2-Fr:5′-ACGTAGAGAAACTCACACCT-3′,SORBS2-Rr:5′-TCCTATCACTAGAATAGCTG-3′;GAPDH-Fr:5′-CATGAGAAGTATGACAACAGCCT-3′,GAPDH-Rr:5′-AGTCCTTCCACGATACCAAAGT-3′.
Tissue Mikromatriser (TMA) og Immunohistochemistry (IHC)
microarray (TMA) ble konstruert med 231 par av primær ESCC tumorprøver og matchet normal esophageal epitel som beskrevet tidligere [15], [16]. De ESCC prøvene varierte fra patologisk stadium klasse Ι til klasse III fra pasienter i aldersgruppen 40-80 år. Standard streptavidin-biotin-peroksidasekompleks metode ble anvendt for IHC-farging. Kort sagt ble TMA seksjoner deparaffinized, rehydratisert og blokkert med 10% normalt geiteserum ved romtemperatur i 30 minutter. Seksjonene ble deretter inkubert med anti-cortactin (CTTN) antistoff (Abcam, Cambridge, UK) i en fortynning på 1:300 over natten ved 4 ° C. Etter å ha vasket med TBS, ble platene deretter inkubert med biotinylert geit-anti-kanin-immunoglobulin ved en konsentrasjon på 1:100 i 30 minutter ved 37 ° C. Tre uavhengige etterforskere semikvantitativt vurderes CTTN positivitet uten forkunnskaper i clinicopathologic data. Positiv uttrykk for CTTN i normale og maligne ESCC vev var først og fremst en cytoplasma mønster. På grunn av at intensiteten av CTTN farging innenfor hvert vev kjerne var hovedsakelig homogen, ble intensiteten av CTTN fargingssemikvantitativt bedømt ved hjelp av følgende kriterier: sterkt positiv (mottok som 2+), mørkebrun farging i 50% av normal eller ondartet øsofageal skvamøst celler helt obscuring cytoplasma; svak positiv (1+), noe mindre grad av brune flekker merkbar i cellen cytoplasma; fraværende (scoret som 0), ingen merkbar flekker i normale eller maligne esophageal plateepitel celler. Vi klassifisert sterk positiv uttrykk som CTTN overekspresjon (+), svak positiv og fraværende uttrykk som CTTN ingen overekspresjon (-). Saker ble akseptert som sterkt positiv bare hvis de uavhengig av hverandre definert dem som sådan.
Statistical Analysis
Statistisk analyse ble gjort med SPSS standard versjon 13.0 (SPSS Inc). Sammenhengen mellom CTTN uttrykk i tumorvev og clinicopathologic egenskaper som alder, kjønn, tumorcelledifferensiering, lymfeknuter metastaser og patologisk stadium ble analysert ved hjelp av chi-kvadrat test. Sykdomsspesifikke overlevelse (DSS) kurvene ble beregnet fra datoen for diagnose til datoen for dødsfallet knyttet til ESCC eller den siste datoen for oppfølging. Overlevelseskurver ble vurdert av Kaplan-Meier metoden og forskjeller i overlevelse ganger ble sammenlignet med log-rank test. Relativ risiko for kreft-relaterte dødsfall forbundet med CTTN uttrykk status og clinicopathologic variabler som alder, kjønn, tumorcelledifferensiering og lymfeknuter metastase ble estimert ved univariate analyser. Multivariat Cox analyse ble utført på alle variabler som ble oppdaget å være betydelig på univariate nivå. Forskjeller ble betraktet som signifikant når P-verdien var mindre enn 0,05.
Resultater
Identifikasjon av forskjellig uttrykt gener mellom ESCC Vev og tilstøtende normalt Esophageal epitel
genuttrykk profiler av sammenslåtte svulster (fra 10 ESCCs) og deres samlede normale kolleger ble innhentet av microarray analyse ved hjelp av Affymetrix menneskelige genom U133 pluss 2,0 arrays som dekker 47.000 utskrifter og varianter. Totalt 25,206 probe sett (transkripsjoner) var til stede i ESCC vev i forhold til sine normale kontroller. Vi fant ut at 1315 gener viste differensielt uttrykk nivåer. Blant disse genene, 549 up-regulerte gener (41,7%, tabell S1) og 766 ned-regulerte gener (58,3%, tabell S2) ble påvist i tumorvev sammenlignet med ekspresjonsprofilen av normal esophageal epitel, ved hjelp av en vilkårlig cutoff linje av signal log forholdet mellom ≥1.5 eller ≤-1,5. De funksjonelle roller 715 av disse genene (340 oppregulert og 375 nedregulert) er kjent. Funksjonen til 302 differensielt uttrykte gener (av 715, 42,24%) i tumorvev var forbundet med cellemetabolismen (148 gener, Tabell S3), celleadhesjon (90 gener, tabell S4), og immunresponsen (64 gener, Tabell S5 ).
Validering av utvalgte gener ved hjelp av semikvantitativ PCR (RT-PCR)
for å verifisere microarray data, uttrykket nivåer av 6 tilfeldig utvalgte gener (4 oppregulert gener og to ned- regulerte gener) ble undersøkt ved hjelp av RT-PCR ved anvendelse av de samme RNA-prøvene som ble brukt for mikromatriseanalyse. Ekspresjons mønstre av 6 tilfeldig utvalgte gener i tumorvevet som detekteres ved hjelp av RT-PCR, bortsett SORBS2, var i full overensstemmelse med de fra cDNA microarray er resultatet (figur 1A).
(A) semikvantitativ revers transkripsjon-PCR ( RT-PCR) ble brukt for å sammenligne uttrykk statusen CTTN, DMRT2, MCM10, SCYA26, HMGCS2 og SORBS2 mellom 8 par primære ESCC tumorprøver og matchet normal esophageal epitel. GAPDH ble anvendt som en intern kontroll. (B) Representative for CTNN ekspresjon i et par av ESCC (høyre) og tilstøtende normalt vev (venstre) påvist ved farging med anti-CTNN antistoff (brun). Raset ble kontra med hematoksylin (Original forstørrelse: øvre × 100, bunn × 200).
Evaluering av CTTN som en prognostisk markør for ESCC
For å vurdere muligheten for kandidaten overexpressed gener som biomarkører for ESCC, gjennomførte vi IHC farging med antistoff for CTTN på microarray som inneholder 231 par av ESCC tumorvev og deres tilstøtende normale esophageal epitel. Informative IHC resultater ble oppnådd fra 198 ESCC tilfeller. Ikke-informative prøver inkludert tapte prøver, feilaktig farget prøver og prøver med for få celler; slik ble ikke brukt som gyldige data. Vi har observert at differensial cytoplasmaet ekspresjon av CTTN mellom primær ESCC tumorer og deres matchede normale vev (figur 1B). Prosentandelen av CTTN overekspresjon i informative ESCC tumorvev var opp til 63,6% (126/198), som var signifikant høyere enn i normalt epitel esophageal (26,8%, 53/198,
P
0,001, Wilcoxon signert rank test, figur 1B og tabell 1). Av de 198 informative tilfeller undersøkt, ble sammenhengen mellom CTTN uttrykk status og clinicopathologic funksjoner i ESCCs oppdaget. Resultatene viste at CTTN overekspresjon var signifikant assosiert med lymfeknutemetastaser (P = 0,000) og patologisk trinnet (P = 0,000). Ingen signifikant forskjell ble påvist i alder (P = 1,000), kjønn (P = 0,883) og tumorcelledifferensiering (p = 0,619, tabell 2). Kaplan-Meier overlevelsesanalyse viste at pasienter med CTTN (+) tumorer (n = 126) har betydelig dårligere overlevelse enn de med CTTN (-) svulster (n = 72) (P 0,001, log-rank: 19,517, Figur 2A ). I mellomtiden, Kaplan-Meier overlevelsesanalyse viste også at pasienter med avansert patologisk stadium (IIB + III, n = 85) har betydelig dårligere overlevelse enn de med tidlig patologisk stadium (I + IIA; n = 113) (P = 0,000, log -rank: 19,390, figur 2B). Videre undersøkte vi den prognostiske verdien av CTTN uttrykk i ESCC pasienter med ulike patologiske stadier. Pasienter med CTTN overekspresjon hadde signifikant kortere sykdomsspesifikk overlevelse enn de uten CTTN overekspresjon både jeg + IIA gruppen (n = 113, p = 0,001, figur 3A) og IIB + III gruppen (n = 85, p = 0,027, figur 3B), som indikerer at CTTN kan være en verdifull prognostisk markør for ESCC. Videre ble univariat analyse anvendt for å evaluere forbindelser mellom prognose og flere faktorer, inkludert alder, kjønn, tumorcelledifferensiering, lymfeknuter metastase og CTTN status av ESCC tumorer. Resultatet viste at lymfeknuter metastase (P = 0,000), tumorcelledifferensiering (P = 0,001) og overekspresjon av CTTN i tumorer (p = 0,000) var signifikante negative prognostiske faktorer for ESCC pasienter (Tabell 3). Blant disse parametrene, multivariate analyser ved hjelp av Cox proporsjonal risikomodell avslørt at overekspresjon av CTTN i ESCC svulster (p = 0,001), LN metastase (P = 0,003) og tumor celledifferensiering (P = 0.000) var uavhengige prognostiske faktorer for ESCC, henholdsvis (Tabell 3). Samlet våre funn viser at overekspresjon av CTTN i ESCC svulster uavhengig spår en dårlig prognose for pasienter med ESCC.
(A) Kaplan-Meier plott for Disease spesifikk overlevelse (DSS) frekvensen av ESCC pasienter med ( n = 126, grønn linje) eller uten (n = 72, blå linje) CTNN overekspresjon. (B) Kaplan-Meier plott for DSS frekvensen av ESCC pasienter med patologisk stadium I + IIA (n = 113, blå linje) eller IIB + III (n = 85, grønn linje).
Diskusjoner
Esophageal plateepitelkarsinom (ESCC) er en svært aggressiv kreft, som er den fjerde største dødsårsaken av kreft i Kina [17]. På grunn av mangel på pålitelige diagnostiske teknikker og spesifikke symptomer for tidlig deteksjon, har de fleste pasienter lokalavansert av disseminert kreft ved diagnose da de svelger med problemer eller føler ubehag. Mange tumormarkører, for eksempel karsinoembryonisk antigen (CEA), squamous cell carcinoma antigen (SCC) og cytokeratin 19-fragment (Cyfra 21-1), blir brukt i klinisk diagnose, så vel som i pasientens oppfølging. EGFR er uttrykt i 33,3% av esophageal squamous cellekreft (ESCCs), kan Lapatinib ha en signifikant terapeutisk effekt mot EGFR-uttrykkende ESCC ved inhibering av veksten av celler ESCC og forsterke Herceptin- og Cetuximab-mediert ADCC [18]. Faktisk har vi ikke oppdaget noen nyttige svulst markør for påvisning av ESCC på et tidlig stadium og effektive molekylære målrettet terapi. En bedre forståelse av molekylære mekanismen involvert i forekomst og utvikling av ESCC kan føre til en mer effektiv behandling for ESCC pasienter og finne effektive markører for tidlig diagnose og et bedre utvalg av adjuvant behandlingsmetoder for passende ESCC pasienter. . Avgjøre forskjeller i genuttrykk mellom ESCC tumor og normalt vev er avgjørende for å bedre forstå dette molekylære mekanismen
Analyse av uttrykk profiler ved hjelp av cDNA microarray er nå mye brukt i ulike kreftceller [19] – [21] . Et nytt trekk ved denne studien er at vi brukte en microarray som inneholder et meget stort antall sonder for å bestemme differensial genuttrykk mellom ESCC vev og matchet normal esophageal epitel av uttrykk array. Resultatet viste at 1315 gener ble uttrykt forskjellig i ESCC. Blant disse genene, 549 var oppregulert og 766 ble nedregulert. Av 715 differensielt uttrykte gener med kjent funksjon, var 42,24% assosiert med cellemetabolisme, celleadhesjon og immunresponsen. I samsvar med tidligere rapporter har vi identifisert gener som FASCIN (SNL), EGFR og ECRG4, var kjent for å være differensial uttrykk i ESCC vev og matchet normal esophageal epithelia [18], [22] – [24]. I tillegg har vi også oppdaget flere ESCC-relaterte gener som ikke tidligere har blitt rapportert. Noen av differensielt uttrykte gener kan være nyttige som diagnostiske markører, prognostiske markører eller nye terapeutiske mål. I denne studien valgte vi en oppregulert genet CTTN og undersøkt sin koding protein (cortactin) ekspresjonsstatus av vev microarray analyse. Cortactin har blitt beskrevet som en aktin-assosiert stillas protein, som binder og aktiverer aktin relatert protein 2/3 kompleks, og har dukket opp som et sentralt element koble signalveier med cytoskjelettet restrukturering [25], [26]. Ombygging av aktin cytoskjelettet har effekt på cellemigrering, motilitet, og adhesjon, så vel som på tumorinvasjon og metastase [27]. Overekspresjon av cortactin er assosiert med økt invasivitet av leverkreft celler [28].
Cortactin er overuttrykt i mange typer kreft hos mennesker, inkludert hode og nakke plateepitelkreft karsinomer og tykktarms, mage, hepatocellulær, bryst og eggstokkreft [ ,,,0],26], [29]. Tidligere rapporter viste at en signifikant korrelasjon mellom CTTN overekspresjon og dårlig prognose i osteosarkom [30]. I denne studien har vi evaluert uttrykket status for cortactin ved hjelp av høy gjennomstrømming TMA-analyse. Vår undersøkelse har vist den potensielle verdien av CTTN forutsi pasientoverlevelse i undergrupper med tidlig eller avansert patologisk stadium, noe som tyder på at overekspresjon av CTTN kan brukes som en faktor for prognostisk prediksjon av ESCC. Men mer arbeid må utføres for å ytterligere evaluere CTTN genet for kliniske applikasjoner til ESCC pasienter.
I sammendraget, vår cDNA microarray analyse oppdaget differensial genuttrykk profiler mellom ESCC vev og normal esophageal epitel og dermed gitt verdifull informasjon for videre studier det molekylære grunnlaget ligger til grunn for tumorigenesis av spiserørskreft. Bedre forståelse av genuttrykk profiler av ESCC kan føre til mer effektiv styring av ESCC av presise prognostiske indikatorer og effektiv personlig terapi.
Hjelpemiddel Informasjon
Figur S1.
doi: 10,1371 /journal.pone.0088918.s001 plakater (TIF)
Tabell S1.
Up-regualted gener (≥1.5-fold) i ti tilfeller av esophageal plateepitelkarsinom
doi:. 10,1371 /journal.pone.0088918.s002 plakater (DOC)
Tabell S2.
nedregulert gener (≥1.5-fold) i ti tilfeller av esophageal plateepitelkarsinom
doi:. 10,1371 /journal.pone.0088918.s003 plakater (DOC)
tabell S3.
Liste over 148 gener assosiert med cellemetabolismen
doi:. 10,1371 /journal.pone.0088918.s004 plakater (DOC)
Tabell S4.
Liste over 90 gener assosiert med celle adhesjon
doi:. 10,1371 /journal.pone.0088918.s005 plakater (DOC)
Tabell S5.
Liste over 64 gener assosiert med immunrespons
doi:. 10,1371 /journal.pone.0088918.s006 plakater (DOC)
