Abstract
microRNAs regulere flere aspekter av tumordannelse og kreft progresjon. De fleste kreft vev er arkivert formalinfiksert og parafininnebygd (FFPE). Mens microRNAs er en mer stabil form av RNA tenkt å tåle FFPE-prosessering og degradering er det bare begrenset dokumentasjon for sistnevnte antakelsen. Vi undersøkte om mikroRNA profilering kan være vellykket gjennomført på FFPE- kreft vev ved hjelp av solid ligation basert sekvensering. Tissue lagringstider (2-9 år) viste seg å ikke påvirke antallet oppdagede microRNAs i FFPE-prøver sammenlignet med matchede frosne prøver (paret t-test p 0,7). Korrelasjoner av mikroRNA uttrykk verdier var svært høy over microRNAs i en gitt prøve (Pearsons r = 0,71 til 0,95). Høyere variansen til uttrykk verdier blant prøvene var assosiert med høyere korrelasjonskoeffisienter mellom FFPE og frosne vev. En av de FFPE-prøver i denne studien ble nedbrutt av ukjente grunner med en topp lese lengde på 17 nukleotider, sammenlignet med 21 i alle andre prøver. Antallet detekterte microRNAs i denne prøven var innenfor området av microRNAs detektert i alle andre prøver. Ligation-baserte mikroRNA dypt sekvensering på FFPE- kreftvev er gjennomførbart og RNA degradering til graden observert i vår studie ser ut til å ikke påvirke antallet microRNAs som kan kvantifiseres
Citation. Meng W, McElroy JP, Volinia S, Palatini J, Warner S, Ayers LW, et al. (2013) Sammenligning av mikroRNA Deep Sekvensering av matchede formalinfiksert parafin-Embedded and Fresh Frozen kreft vev. PLoS ONE 8 (5): e64393. doi: 10,1371 /journal.pone.0064393
Redaktør: Soheil S. Dadras, University of Connecticut Health Center, USA
mottatt: 02.01.2013; Akseptert: 13. april 2013, Publisert: May 16, 2013
Copyright: © 2013 Meng et al. Dette er en åpen-tilgang artikkelen distribueres under betingelsene i Creative Commons Attribution License, som tillater ubegrenset bruk, distribusjon og reproduksjon i ethvert medium, forutsatt den opprinnelige forfatteren og kilden krediteres
Finansiering:. Dette arbeidet ble støttet av midler fra Institutt for Radiation Oncology og Comprehensive Cancer Center, og, ved biostatistikk Core og ved mikromatriser delt ressurs ved Ohio State University. Arbeidet ble støttet av Award Antall Grant 8UL1TR000090-05 fra Nasjonalt Senter for Advancing Translasjonsforskerne Sciences. Innholdet er utelukkende ansvaret til forfatterne og ikke nødvendigvis representerer den offisielle visninger av Nasjonalt Senter for Advancing Translasjonsforskerne Sciences eller National Institutes of Health. Finansiører hadde ingen rolle i studiedesign, datainnsamling og analyse, beslutning om å publisere, eller utarbeidelse av manuskriptet
Konkurrerende interesser:.. Forfatterne har erklært at ingen konkurrerende interesser eksisterer
Innledning
microRNAs er noncoding små RNA med en lengde på 22 til 26 nukleotider (nt). MicroRNAs resultere i degradering av komplementære messenger RNA i mange arter. MicroRNAs spiller en viktig rolle i celleutvikling, celledød, celleproliferasjon [1], apoptose [2] og angiogenese [3]. Pioneren perle baserte flowcytometrisk mikroRNA uttrykk profilering metode avslørte at mikroRNA profiler reflektere utviklings avstamning og differensiering av svulster [4]. Normal vev og kreft vev ble vist å ha særegne uttrykk profiler og mikroRNA profiler kan beskrive mikroRNA-drevet veier i solide tumorer [5]
Dagens metoder for mikroRNA kvantifisering er:. Sanntid revers transkripsjon-PCR [ ,,,0],6], [7], mikroarray [8], Nanostring, og neste generasjon sekvensering [9] – [11]. Spesielt de nyutviklede neste generasjons sekvensering teknologi har potensial til å oppdage nye microRNAs og andre små RNA. De fleste vev behandles i helsevesenet innstillingen vil gjennomgå formalinfiksering og parafin-embedding (FFPE). De fleste kliniske analyser utført i patologilaboratorier er optimalisert for FFPE- vev. FFPE vev er typisk lagret ved romtemperatur. Formalin bevarer vevsprøver ved å skape tverrbinding mellom proteiner, DNA og RNA. DNA ekstrahert fra FFPE vev har vist seg å være nyttig for kopiantall analyse og mutasjonsanalyse på i det minste en plattform i noen settinger [12]. Imidlertid kan kjemisk modifikasjon mellom makromolekyler og RNA-er forårsaket av formalin fiksering akselerere degradering av RNA [13] [14]. Stabiliteten av microRNAs er generelt mye mer robust enn messenger-RNA [15]. har blitt utviklet neste generasjons sekvensering basert mikroRNA uttrykk analyse på flere plattformer, inkludert Roche /454-plattform, Illumina er Genome Analyzer og ABI er solid plattform [16] [17], og ulike kommersielle protokoller for miRNA bibliotek forberedelser har blitt utviklet av de tre selskapene [ ,,,0],18]. Det er foreløpig bare begrenset dokumentasjon tilgjengelig som mikroRNA sekvense resultatene er pålitelige og gyldige. Ma et al. demonstrert muligheten for miRNA profilering basert på Sanger-sekvensering i 10-åringen arkivert vev [19]. Så vidt vi vet er det bare to fagfellevurderte studier publisert som sammenlignet mikroRNA sekvense resultatene av matchet frosne og FFPE- prøver ved hjelp av Illumina plattform [9], [20]. Målet med denne studien var å finne ut om FFPE-prøver kan være vellykket preget av dyp miRNA-sekvensering. For å oppnå dette analyserte vi matchet frosne og FFPE- vev av ulike histologier hvor detaljert behandling og lagring informasjon var tilgjengelig.
Materialer og metoder
Etikk erklæringen
Menneske ondartede vevsprøver anskaffet i løpet av perioden 2003-2009 ble hentet fra Cooperative menneskelig vev Network (CHTN /NCI), Midwestern Division, som er finansiert av National Cancer Institute, basert på en intern gjennomgang brett (IRB) godkjente forskningsprotokoll (Ohio State University av mennesker Protocol – 2011E0377). Andre Etterforskerne kan ha mottatt prøver fra de samme fagene.
Vevsprøver
Åtte sammenkoblede menneskelige maligne vevsprøver ble mottatt. Remnant kirurgiske vev ble tatt etter diagnostiske prøver ble sikret fra pasienter (fem menn og fire kvinner, median alder 58 år, range 39-78 år) med bryst invasive ductal carcinoma (2), nedsatt klar cellekreft (2), lunge adenokarsinom ( 1), prostata-adenokarsinom (1), metastatisk melanom (1), og sarkom av låret (1). Kirurgiske prøver ble fraktet fra operasjonsrommene til vev anskaffelser, undersøkt under en patolog tilsyn og bevarte innen 5 til 57 registrerte minutter. Parvise vevsprøver som er valgt for forskning ble enten straks hurtigfrosset i flytende nitrogen og plassert i en -80 ° C fryser for overvåket lagring eller fiksert i 10% bufret formalin i opptil 24 timer, og deretter behandlet i en parafin innebygd blokk og lagres ved værelses temperatur. Når forsknings prøvene ble mottatt fra CHTN, ble de kodede prøver ledsaget av et kodet endelig patologi rapport og en kvalitetsvurdering rapport bekrefter samling av svulstvev. Prøvene har blitt anmeldt av en patolog og 4 tilfeller hadde 100% svulst, 3 tilfeller 90-95% og en sak 50-60% svulst, og matchet FFPE og frosne prøvene var generelt sammenlignbar i tumor innhold og størrelse. De clinicopathologic funksjonene i tilfeller brukes for mikroRNA sekvensering og uttrykk analyse er opplistet i tabell 1.
RNA Isolation, kvantifisering, og kvalitetsvurdering
RNA fra FFPE-prøver ble hentet ved hjelp Recover all Total Nucleic Acid Isolation Kit (Life Technologies Corporation, Carlsbad, California). Kort sagt ble 5-10 mg prøver skåret fra parafinblokker og deparaffinizated med xylen ved 50 ° C, etterfulgt av 100% etanol vask. De lufttørkede vevsprøver ble fordøyd med proteinase K i 24 timer i et mikrorør risteinkubator ved 50 ° C. Det fordøyde prøver ble blandet med passende volum av isolasjon additiv og 100% etanol. Etter passering av blandingen gjennom filterpatronen, ble DNA og RNA tilbakeholdt på filteret. DNA ble fjernet ved on-filter DNase-behandling. RNA ble renset ved vaskebuffer og eluert med nukleasefritt vann.
De mikroRNA prøver fra friske frosne prøvene ble hentet ved hjelp PureLink ™ miRNA Isolation Kit (Life Technologies Corporation, Carlsbad, California). Kort fortalt ble 5 mg Dypfryst vevsprøver blandet med 300 ul bindingsbuffer (L3) og homogenisert homogenisator ved hjelp av vev. De homogeniserte prøvene ble sentrifugert, og supernatanten ble blandet med 300 ul 70% etanol. Oppløsningen inneholdende RNA ble renset ved to runde med spinnkolonner opprydding. RNA ble eluert med 50-100 mL sterilt RNase-fritt vann
mikroRNA sekvense
Små RNA fra FFPE og ferske frosne prøver ble fremstilt for Solid sekvensering som følger:. De totale RNA prøvene var behandlet av flashPAGE fraksjonerings (Ambion) og flashPAGE Clean-Up Kit (Ambion). Den anrikede liten RNA ble deretter behandlet i henhold til den faste små RNA Expression Kit-protokoll (Applied Biosystems). De rensede små RNA ble ligert med 5 «og 3» adapter blanding ved hjelp av RNA-ligase. De ligerte produkter (40-60 baser i lengde) ble reverstranskribert og renset på Novex 10% TBE-ureagel. Deretter ble 15-18 cykler av PCR utført ved å forsterke det rensede cDNA med strekkode PCR primersett som følger med settet, som skilte seg av en unik 6-nukleotidsekvens. De amplifiserte produkter ble lastet på Novex 6% TBE gel (Invitrogen), og de gel-båndene inneholdende 110 til 130 bp-fragmenter ble skåret ut. De amplifiserte produkter ble purfied fra utskåret gel band, forsterket av emulsjon PCR, deretter lastet på Applied Biosystems Solid 4 neste generasjon høy gjennomstrømming sekvense system for datainnsamling. Kvaliteten av prøvene og biblioteker ble bekreftet på Agilent Bioanalyzer [21], [22]. Den rå solid sekvense data ble lastet opp til NCBI Gene Expression Omnibus og er tilgjengelig gjennom GEO-serien sjonsnummer GSE45740 (https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE45740).
RT-qPCR for mikroRNA validering
RNA fra Dypfryst og FFPE- vev ble validert ved real-time (RT) kvantitativ PCR. mikroRNA uttrykk ble normalisert til den lille kjernefysiske RNA U6 bruker TaqMan mikroRNA analysesett (Applied Biosystems, Darmstadt, Tyskland). En 30 ng prøve av RNA ble behandlet av den TaqMan® mikroRNA Reverse Transcription kit (Applied Biosystems, Darmstadt, Tyskland). I korte trekk, ble 5 ul RNA blandet med 1 mmol /liter av hvert deoksyribonukleotid-trifosfat, 50 enheter av Multiscribe revers transkriptase, 5 x reaksjonsbuffer, 4 enheter RNase inhibitor, og 5 x gen-spesifikke RT-primere blanding i et endelig reaksjonsvolum på 15 ul. Reaksjoner ble deretter inkubert ved 16 ° C i 30 min, 42 ° C i 30 min, 85 ° C i 15 minutter med en endelig hold ved 4 ° C. Etterpå ble 15 ul cDNA-løsning fortynnet med nuklease-fritt vann til et sluttvolum på 100 ul. Kvantitative PCR ble kjørt på en 7900 HT PCR maskin med denatureringstrinn ved 95 ° C i 10 minutter, etterfulgt av 40 sykluser med et denatureringstrinn ved 95 ° C i 15 sekunder, og en gløde /forlengelsestrinn ved 60 ° C i 60 sekunder . Brett endring for mikroRNA i vevsprøver ble deretter beregnet ved hjelp av ligning 2-ΔCt test /2-ΔCt kontroll.
Dataanalyse
Linker sekvenser av små RNA bibliotekene ble fjernet ved hjelp cutadapt programvare ( https://code.google.com/p/cutadapt/) under standard parametere. Lengden fordeling av mikroRNA ble konstruert ved plotting leser regnes med 0-30 nukleotid-lengder. Den lille RNA-analyse Pipeline Tool fra Applied Biosystems ble brukt med følgende parametre til å omfatte kun tilstrekkelig høy kvalitet leser i vår studie: 1) Minimal gjennomsnittlig lesekvalitetsterskel var 20 (The QV verdi er beregnet ved hjelp av en Phred som poengsum q = -10 × log10 (p) der q er kvaliteten verdi og (p) er den anslåtte sannsynligheten for at fargen samtalen er feil.), 2) å være strenge vi bare tillatt en mismatch mellom leser og miRBase versjon 16 treff for hver telles lese 3 ) den minimale lengden på linje står det måtte være 17 baser. Data ble normalisert som leser per million (RPM). Sekvenser med uttrykket verdi under 5 turtall ble betraktet som ikke registreres for sammenhengen mellom frossen og FFPE analyse del
Resultater
Effekter av FFPE prøve nedbrytning:. MikroRNA leser Lengdefordelingen
formalin fiksering og lange lagringstider er kjent for å resultere i RNA degradering [23]. Denne forringelsen resulterer i en kortere gjennomsnittslengde RNA [24]. For å identifisere mulige degraderings effekter av microRNAs, analyserte vi lese lengde fordeling av matchet Dypfryst og FFPE kreft vevsprøver. Etter de 3 «adapter sekvenser av hver lese- ble trimmet, ble sekvens leser lengdefordeling undersøkes (figur 1). Les lengder ble observert å være sentrert på 21 nt i alle frosne prøvene og alle unntatt én FFPE-prøver. Det var en FFPE prøve hvis peak mikroRNA lengde ble funnet på 17 nt, noe som indikerer betydelig degradering. Vi så nøye undersøkt de små RNA-klassifisering profiler og korrelasjon av mikroRNA uttrykk verdier av Dypfryst og FFPE-prøver. Vi fant ut at det er ubetydelig eller ingen effekt på disse analysene. Lagring ganger eller tilberedningsmetoder var ikke forskjellig mellom denne degradert FFPE prøven og de andre prøvene analysert i denne studien. Også den del små RNA i 20-22 nt serien var lavere i flere tilfeller i FFPE sammenlignet med matchede frosne prøver (en nyrecellekarsinom tilfelle, lunge adenokarsinom tilfelle, og prostatakreft tilfelle). Dette er også sannsynligvis på grunn av nedbrytning i FFPE-prøver, selv om små variasjoner i løpet av biblioteket forberedelse kan delvis bidra til de observerte forskjellene
Effekter av FFPE prøve nedbrytning:. Lagringstid
lagringstid av prøvene varierte fra 2 til 9 år. 624 micoRNAs og deres forløpere ble identifisert i 8 par vevsprøver. Noen microRNAs kunne ikke påvises i enten friske frosne eller FFPE-prøver. Figur 2 viser prosenter av microRNAs som ble oppdaget i både fersk frosne og FFPE-prøver, bare i friske frosne prøver og bare i FFPE-prøver i løpet av året av prøveinnsamling. Det var ingen lagringstidsavhengige endringer i disse prosenter, noe som indikerer at det ikke er noen signifikant sammenheng mellom lagringstid og antall microRNAs stede i løpet av denne ni år tidsvinduet.
Vi neste undersøkt andelen av mikroRNA leser blant total leser (figur 3) for å forstå hvis renheten av microRNAs ble redusert i FFPE-prøver. Omtrent 70% og 85% av lyder i FFPE- og frosne prøver, henholdsvis, ble identifisert som mikroRNA sekvenser. En mulig årsak til denne forskjellen kan være tilstedeværelse av fragmenter av lncRNAs og mRNA i brøkdel av RNA mindre enn 40 nukleotider (nt) i FFPE- vev (figur 4).
Effekter av FFPE prøve degradering: klassifisering av små RNA
for bedre å forstå hvis forskjellen i andelen av små RNA-sekvenser blant alle leser mellom frossen og FFPE vev data vi undersøkt fordelingen av RNA klasser i en av brystkreft prøven . Det var totalt 11563414 og 10273837 sekvense leser, i to undersøkt matchet prøver og leser ble kartlagt for det menneskelige genom (hg19, Nasjonalt senter for bioteknologi informasjon bygning) ved hjelp av tilpassede Python-skript. Den leser ble klassifisert i ulike RNA-grupper i henhold til EnsEMBL database. Flertallet av små RNA i både fersk frosne og FFPE- bibliotekene var microRNAs (figur 4). Sammenligning av data fra matchet Dypfryst prøvene til data fra FFPE-prøver var det lincRNA og sekvenser av ukjente klasser i data fra FFPE-prøver. Gitt at bare RNA mindre enn 40 nt ble hentet ut og behandlet for sekvense dette tyder på at det er fragmentering av lincRNA og andre lange RNA i FFPE- vev, som er lengre enn 40 nt.
Det er totalt 469-548 ( bety 519) forskjellige microRNAs og deres forløpere ble identifisert i både fersk frosne og FFPE-prøver. Vi bestemte prosenter av microRNAs som har mer enn en to gangers forskjell i uttrykket mellom matchet Dypfryst og FFPE-prøver (figur 5). Blant de ulike tilfellene, 69 til 145 mikroRNA transkripsjoner var mer enn to ganger overexpressed i friske frosne prøver. 73 til 186 mikroRNA transkripsjoner ble mer enn to ganger overexpressed i FFPE- vev (figur 5).
Korrelasjonen av mikroRNA uttrykk verdier av matchet FFPE og frosne prøver
neste fastsatte korrelasjonen av mikroRNA uttrykk verdier av matchet FFPE- prøver og ferske frosne prøver. Det var 250 microRNAs påvist i alle prøvene i denne studien. Det var en sterk korrelasjon av mikroRNA uttrykk verdier i matchet FFPE og knipse Dypfryst vev på tvers av alle microRNAs og alle tilfeller (r = 0,85; figur 6). Sammenhenger på tvers oppdaget microRNAs fra samme svulst /pasient var høy, med r spenner 0,71 til 0,95 (figur 7) [25].
Bare 250 Mirs uten manglende data ble brukt.
Hver prikk representerer uttrykket verdiene av en mikroRNA i en fersk frossen-FFPE par.
gjennomsnittet av Pearson korrelasjonskoeffisienter av individuelle mikroRNA uttrykk verdier av FFPE og frosne vev var 0,46 (figur 8), med bare 41 modne microRNAs og forløpere med korrelasjonskoeffisienter som er høyere enn 0,8 (tabell 2). Vi søkte for å identifisere egenskaper som er forbundet med høyere korrelasjonskoeffisienter indikerer invarians til vevet konserveringsmetode. For å teste om nivået av uttrykk for en gitt mikroRNA er knyttet til sammenhengen mellom Dypfryst og FFPE vev, Fisher forvandlet (arctanh) korrelasjoner ble tilbakegang på gjennomsnittet FFPE uttrykk (figur 9). Det var ingen sammenheng mellom uttrykk verdier og sammenhenger mellom data fra frosne og FFPE vev observert. Vi har søkt ut å forstå hvis en mulig mangel på variasjon av individuelle microRNAs blant de biologiske replika resulterer i dårlige sammenhenger. Fisher forvandlet korrelasjoner ble tilbakegang på log transformert FFPE avvik. Varians-analyse viste at microRNAs med høyere varians har betydelig høyere korrelasjon med data fra FFPE og frosset vev (figur 10; arctanh (r) = 0,47 + 0,59 x log10 (FFPE varians)), som kan være på grunn av tilstedeværelsen av ekte biologisk variasjon til stede i disse microRNAs.
PCR validering av mikroRNA uttrykk
Vi valgte to microRNAs (MIR-21 og MIR-19a) som var uttrykt høyere i frosne prøvene enn i FFPE-prøver i våre mikroRNA sekvense resultater for validering ved hjelp av PCR (Taqman). Både MIR-21 og MIR-19a ble funnet å være høyere også uttrykt i frosset vev enn i passet FFPE-prøver ved å bruke en PCR-analyse (figur 11), i samsvar med våre sekvensresultatene.
RNA prøver fra friskt frosset ( n = 8) og FFPE (n = 8) vev ble analysert. Liten kjerne RNA U6 ble anvendt som referanse. MiR-21 og MIR-19a hadde høyere uttrykk i friske frosne prøvene enn i FFPE-prøver, i samsvar med sekvens resultater.
Diskusjoner
microRNAs som genuttrykk regulatorer synes å ha en viktig rolle i kreftcelledifferensiering [4], proliferasjon [26], metastase [27] og apoptose [28]. Det har vært mange mikroRNA profilering arbeid ved hjelp av frosne kreft vev [29] [30] [31]. Kreft vevsprøver er vanligvis arkivert etter formalinfiksering og parafin embedding (FFPE) og frosset vev er bare tilgjengelig for et mindretall av tilfellene i patologi arkiver og vev banker. En bedre forståelse av kvaliteten på mikroRNA sekvense resultatene av FFPE- vev vil gi rom for en mer informert beslutning om når bruk av FFPE vev for små RNA sekvense eksperimenter ville være passende.
I denne studien analyserte vi små RNA sekvense profiler av åtte par matchet Dypfryst og FFPE kreft vevsprøver ved hjelp av ABI solid 4 plattform. Lagringstiden opp til ni år viste seg å ikke påvirke antallet detekterbare microRNAs i enten frosset av FFPE vev i denne studien. Tilstedeværelsen av høyere prosenter av ikke-microRNAs i brøkdel av nukleotider mindre enn 40 nt antydet at FFPE- vev er mer forringet, though. Men denne tilsynelatende degradering ikke resultere i færre microRNAs å bli oppdaget i FFPE- vev, noe som tyder på at en sekvensering tilnærming kan overvinne prøve degradering til en viss grad. Mens små RNA i en av åtte FFPE-prøver dukket degradert som foreslått av den reduserte leselengder sentrert på 17 nt i forhold til de andre åtte FFPE og alle åtte frosne prøvene sentrert på 21 nt, leser antallet justert og antall oppdagede microRNAs i dette degradert prøven var de samme som de data fra andre prøver, noe som tyder på at data oppnådd fra prøver med den ovenfor beskrevne grad av nedbrytning ikke nødvendigvis trenger å bli fjernet fra alle typer analyser.
Totalt var utmerket korrelasjon mellom miRNA uttrykket verdier mellom matchet frosset og FFPE ved kombinasjon av alle prøvene og alle microRNAs (fig. 6), eller når du analyserer alle microRNAs innenfor individuelle pasienteksempler par (fig. 7). Disse funnene er besto med tidligere rapporter ved hjelp av ulike sekvense plattformer som tyder på at sekvense tilnærminger kan resultere i gode korrelasjoner mellom FFPE og frosne prøvene når inkludert flere hundre microRNAs [32] [33] [9] [34].
Korrelasjoner av uttrykk verdier av de enkelte microRNAs (se fig. 8, 9, 10) er lavere enn korrelasjoner, inkludert alle microRNAs (fig 6, 7). Den underliggende årsaken til denne observasjonen trolig sin opprinnelse i den identifiserte sammenslutning av korrelasjonskoeffisienter av individuelle microRNAs og variansen mikroRNA uttrykk verdier (fig 10). Svært lignende uttrykk verdier for en individuell mikroRNA blant de åtte tilfeller (tilsvarende lav varians i fig. 10) som typisk resulterer i lave korrelasjonskoeffisienter fordi variasjonen mellom frossen og FFPE dataene er større enn variasjonen av uttrykket mellom de åtte tilfeller som inngår i denne studere. Derfor er det ikke nødvendigvis overraskende å ha en bred distribusjon av korrelasjoner av individuelle microRNAs som analyseres i detalj i figur 8, 9 og 10.
Begrensninger av denne analysen omfatter begrenset liten utvalgsstørrelse og potensielle PCR fonner og PCR utvalgsskjevheter i løpet forsterkning i multipleks PCR baserte bibliotek konstruksjon [35] [36]. Denne ulempe skal bli overvunnet av 3
rd generering av sekvenseringsteknologi, som er antatt å ikke krever amplifikasjon av målsekvensen lenger, men detektere enkle nukleinsyremolekyler [37]. Videre vil bruken av tilstøtende vev skaper matchede prøver for analyse introduserer noen vev heterogenitet effekter og sannsynligvis bidrar til de observerte forskjellene mellom passet frosne og FFPE-prøver. Oppsummert er mikroRNA sekvensering av FFPE- vev mulig å bruke ringsbasert sekvensering og mikroRNA uttrykk verdier av enkeltpasienter er sterkt korrelert med uttrykk data fra matchet frosne vev. MicroRNAs med høyere varians synes å ha en høyere korrelasjon av sine uttrykk verdier i matchet frosne og FFPE- vev data.
Takk
Vi takker Carlo M. Croce for nyttige diskusjoner.
