Abstract
Bakgrunn
Unormal en karbon metabolismen kan føre til generell genomisk (global) hypometylering, som kan disponere en person til å utvikle kolorektal neoplasi.
metoder
Vi har evaluert assosiasjonen mellom pre-diagnostisk leukocytter genomisk DNA metylering nivå og risiko for tykktarmskreft i en nestet case-control studie av 358 kolorektal krefttilfeller og 661 matchede kontroller i alle kvinnelige kohort av Nurses «Health Study (NHS). Blant kontrollpersoner, vi videre undersøkt store plasma komponenter i en-karbon metabolismen vei i forhold til genomisk DNA metylering nivå. Væskekromatografi /massespektrometri ble anvendt for å undersøke leukocytt genomisk DNA metylering nivå. Vi beregnet odds ratio (ORS) og 95% konfidensintervall (95% CIS) ved hjelp av logistisk regresjon.
Resultater
Totalt genomisk DNA metylering nivået ble ikke forbundet med risiko for tykktarmskreft (
p
for trend, 0,45). Sammenlignet med kvinner i laveste kvintil av metylering, den multivariate OR av tykktarmskreft risiko var 1,32 (95% KI, 0,82 til 2,13) for de i høyeste kvintil. Vi fant ikke signifikante sammenhenger mellom de store plasma komponenter av en-karbon stoffskifte eller risikofaktorer for tykktarmskreft og genomisk DNA metylering nivå (alle
p
for trend 0,05). Også, verken ett-karbon metabolisme-relaterte plasmakomponenter eller kjente risikofaktorer for tykktarmskreft endret sammenhengen mellom genomisk DNA metylering nivå og risiko for tykktarmskreft (alle
p
for samhandling 0,05).
Konklusjoner
Vi fant ingen bevis for at hypometylering av leukocytter genomisk DNA øker risikoen for tykktarmskreft blant kvinner. Ytterligere studier er nødvendig for å undersøke sammenhengen mellom pre-diagnostisk genomisk DNA metylering nivå og tykktarmskreftrisiko blant forskjellige befolknings
Citation. Nan H, Giovannucci EL, Wu K, Selhub J, Paul L, Rosner B, et al. (2013) Pre-Diagnostic Leukocytt Genomisk DNA Metylering og risikoen for tykktarmskreft hos kvinner. PLoS ONE 8 (4): e59455. doi: 10,1371 /journal.pone.0059455
Redaktør: Jorg Tost, CEA – Institut de Genomique, Frankrike
mottatt: 06.09.2012; Godkjent: 14 februar 2013; Publisert: 01.04.2013
Copyright: © 2013 Nan et al. Dette er en åpen-tilgang artikkelen distribueres under betingelsene i Creative Commons Attribution License, som tillater ubegrenset bruk, distribusjon og reproduksjon i ethvert medium, forutsatt den opprinnelige forfatteren og kilden krediteres
Finansiering:. Dette arbeidet ble støttet av forskningsmidler CA136950 og CA55075 fra USA National Institutes of Health. Finansiører hadde ingen rolle i studiedesign, datainnsamling og analyse, beslutning om å publisere, eller utarbeidelse av manuskriptet
Konkurrerende interesser:.. Forfatterne har erklært at ingen konkurrerende interesser eksisterer
Innledning
Én-karbon-metabolisme, eller metyl-gruppe metabolisme, er en kritisk bane i kreft epigenetikk [1]. Det består av et nettverk av innbyrdes beslektede biokjemiske reaksjoner som er involvert i overføring av metylgrupper fra en forbindelse til en annen, noe som blant andre effekter kan også påvirke graden av DNA-metylering. Unormal en-karbonmetabolisme kan resultere i generell genomisk (global) hypometylering, som kan predisponere et individ til utviklingen av neoplasi [2]. Noen epidemiologiske studier har undersøkt pre-diagnostiske genomisk DNA-metylering status i hvite blodceller i forhold til kreftrisiko. En tverrsnittsstudie fant at høyere genomisk metylering av leukocytter DNA er assosiert med en redusert risiko for kolorektal adenom, en forløper for kolorektal kreft [3].
Vi evaluerte påvirkningen av leukocytter genomisk DNA metylering status og dens interaksjon med en-karbon metabolisme-relaterte næringsstoffer, genetiske polymorfismer, og andre faktorer på risikoen for tykktarmskreft i en nestet case-control studie innenfor Nurses «Health Study (NHS).
Materialer og metoder
Studiepopulasjon
NHS innrullert 121,700 kvinnelige sykepleiere i alderen 30-55 år i 1976; for mer detaljer, se [4]. Vi har sendt oppfølgingsspørreskjemaer til kohorten annethvert år for å oppdatere informasjon om livsstilsfaktorer og å fastslå nye diagnoser av store sykdommer. Oppfølgingen sats for denne gruppen holder seg over 90% [5]. I 1989-1990, samlet vi blodprøver fra 32,826 deltakere i denne gruppen. Prøvene ble samlet i rør med heparin og sendt til oss av kurér i kjølte beholdere. Ved mottak ble bloods sentrifugert, delt i porsjoner og lagret ved -70 ° C.
De prosedyrer og protokoller fra studien ble godkjent av Institutional Review Boards ved Brigham and Women «Hospital.
Valg av tykktarmskreft Saker og kontroller
Vi har bedt om tillatelse fra kohort medlemmer som rapporterte tykktarmskreft på våre biennalen spørreskjemaer for å skaffe medisinske poster og patologi rapporter. Vi identifiserte dødelige tilfeller fra Nasjonal Death Index og fra neste pårørende [6]. Studie leger blindet til eksponeringsdata gjennom alle journaler for å få bekreftet tilfeller av tykktarmskreft. Vi inkluderte hendelsen kolorektal krefttilfeller som hadde gitt en blodprøve før kreftdiagnose. Vi utelatt lite antall kreftformer som ikke ble adenokarsinomer, så vel som karsinomer in situ. Vi tilfeldig valgt ett eller to kontroller i samme kohort fra deltakere som også hadde gitt blodprøver, men var fri for kolorektal kreft på den tiden da saken ble diagnostisert. Kontroller ble tilpasset hvert enkelt tilfelle etter alder (innen 3 år etter fødsel), måned /år for blodprøvetaking (95% av tilfellene og kontroller ble matchet innen en måned etter blodprøvetaking), og faste status ( 8 versus ≥8 timer siden siste måltid). I alt 358 hendelsen kolorektal kreft tilfeller diagnostisert etter 1990 for blodprøvetaking til oktober 2008, og 661 matchede kontroller ble inkludert i vår analyse.
Dokumentasjon av livsstil og genetiske data
For de tilfeller og kontroller, kostholdsdata er samlet inn. Kort fortalt ble en semikvantitativ mat frekvens spørreskjema (FFQ) med ca 60 elementer sendes til hele NHS kohorten i 1980. En utvidet FFQ med ca 130 matvarer ble gitt til kvinner i 1984, 1986, og hvert 4. år etterpå. Deltakerne ble spurt om hvor ofte i gjennomsnitt de hadde konsumert hver type mat eller drikke, inkludert alkoholholdige drikkevarer (øl, vin og brennevin) i løpet av det siste året. Serverer størrelser ble spesifisert for hver mat i FFQ. Spørreskjemaet hadde ni mulige svar, alt fra aldri eller sjeldnere enn en gang per måned til seks eller flere ganger per dag. Svarene på frekvenser av en spesifisert servering størrelse for hver matvare ble konvertert til gjennomsnittlig daglig inntak. Mengder av næringsstoffer fra matvarer ble beregnet ved å multiplisere den rapporterte frekvensen av hver mat av næringsinnholdet i en porsjon av at maten først og fremst på bakgrunn av det amerikanske Department of Agriculture Nutrient Database [7]. For hvert næringsstoff, ble energiinntaket justert for bruk av næringsrest metoden [8].
På samme måte nondietary data har også blitt samlet inn prospektivt for begge tilfeller og kontroller. Kort, informasjon om vekt, fysisk aktivitet, aspirin bruk, historie endoskopi, og postmenopausal hormonbruk ble oppdatert omtrent hvert 2. år. Informasjon om familiehistorie med tykktarmskreft i foreldre eller søsken ble oppnådd i 1982 spørreskjema og ble oppdatert i 1988, 1992, 1996 og 2000. Gjennomsnittlig antall sigaretter per dag når fagene begynte å røyke, gjennomsnittlig antall sigaretter røykt per dag i de første 5 år med røyking, ble den alderen da fagene siste røkt, og høyde vurderes ved baseline.
for en undergruppe av tilfellene og kontroller i denne studien, har vi også vurdert plasmanivået av hoved~~POS=TRUNC komponentene~~POS=HEADCOMP i en karbon-metabolisme reaksjonsvei, inkludert folat, vitamin B
6, vitamin B
12, og homocystein [9]. I korte trekk, plasmakonsentrasjoner av folat og vitamin B
12 ble bestemt ved anvendelse av en radioassay kit (Bio-Rad, Richmond, CA), som bruker en dual-radioisotop konkurrerende proteinbindingsanalyse. Settet måler samtidig plasma folat og vitamin B
12. Vi brukte plasmakonsentrasjoner av pyridoksal-5′-fosfat (PLP) for å bestemme vitamin B
6 nivåer, fordi PLP er den viktigste aktive form av vitamin B
6. PLP-konsentrasjoner ble bestemt ved anvendelse av en enzymatisk prosedyre basert på radioaktiv tyrosin og apoenzymet tyrosin decarboxylase, som beskrevet av Shin et al. [10]. Totalt plasma homocystein og cystein konsentrasjoner måles væskekromatografi med fluorescens deteksjon som beskrevet av Araki og Sako [11]. De midlere variasjonskoeffisient for 75 par av replikate plasmaprøver i NHS var 6,5% for folat, 7,2% for vitamin B
6, 7,3% for vitamin B
12, og 7,9% for homocystein [12].
metylen-tetrahydrofolat-reduktase (MTHFR) er et kritisk enzym i en karbon-metabolisme. To nonsynonymous enkeltnukleotidpolymorfi (SNPs) i
MTHFR
genet (C677T [rs1801133] og A1298C [rs1801131]) har tidligere blitt rapportert å endre MTHFR aktivitet, og er også forbundet med risiko for kolorektal neoplasi [13] , [14], [15]. For disse to SNPs i
MTHFR
genet, vi har tidligere konstatert deres genotyper i en undergruppe av tilfellene og kontroller i denne studien [16]. Kort beskrevet, ble disse to SNPs genotypede av den 5-nuklease-analyse (TaqMan®), ved bruk av ABI PRISM 7900HT Sequence Detection System (Applied Biosystems, Foster City, CA). TaqMan® primere og prober ble utformet med Primer Express® Oligo Design programvare v2.0 (ABI PRISM). Laboratoriepersonell ble blindet for case-control status, og 10% blindet kvalitetskontroll prøver (duplisert prøver) ble satt inn for å validere genotyping prosedyrer; konkordans for blindet kvalitetskontroll prøvene var 100%. Primere, prober og betingelser for genotyping analysen er tilgjengelig på forespørsel. Vi bekreftet at disse to SNPs var i Hardy-Weinberg likevekt mellom kontrollene.
Genomisk DNA Metylering analysen
Laboratorie personell ble blindet for case-control status, og de matchet tilfeller og kontroller ble håndtert likt og sammen, sendt i den samme batch, og analysert i den samme analytiske kjøring. I tillegg er den rekkefølge innenfor hver case-control par var tilfeldig.
A-væskekromatografi /massespektrometri (LC /MS /MS) -metoden ble anvendt for å bestemme leukocytt genomisk DNA-metylering status [17] ved bruk av ABI 3200 QTRAP LC /MS /MS fra Applied Biosystems. Kort, 100 nanogram DNA ble enzymatisk hydrolysert ved sekvensiell oppslutning med tre nukleaser. DNA-hydrolysatene ble deretter injisert på en analytisk kolonne og deretter separert ved omvendt-fase væskekromatografi på isokratisk modus. De fire store DNA-baser og 5-metyl-2′-deoksycytidin ble løst og eluert på en kort tid sikt. 5-metyl-2′-deoksycytidin ble identifisert ved spektralanalyse av kromatografiske topper ved isotop-merkede forbindelser som indre standard. Den absolutte mengde (i nanogram) av 5-metyl-2′-deoksycytidin (mCyt) per 100 nanogram DNA ble bestemt. Prosent genomisk DNA-metylering status ble definert som den prosent av mCyt i total Cyt og ble brukt for statistiske analyser. For prosent genomisk DNA metylering nivå, koeffisienten av variansen (CV) var 4% og intra korrelasjonskoeffisient (ICC) var 0,34.
Statistiske analyser
Vi kategorisert deltakerne inn kvintilene basert på prosent genomisk DNA-metylering nivå, ved hjelp av den første (laveste) kvintilen som referansegruppen. Vi brukte betinget logistisk regresjon for å beregne odds ratio (ORS) og tilsvarende 95% konfidensintervall (95% CIS) for sammenhengen mellom genomisk metylering status og total kolorektal kreftrisiko. Multivariate Ors ble innhentet fra de betingede logistiske regresjonsmodeller, justert for kjente eller mistenkte kolorektal kreft risikofaktorer. Tester for trend ble utført ved å tildele median verdien av hver kvintil av metylering status blant kontrollene til begge tilfeller og kontroller i hver kategori og modellering det som en kontinuerlig variabel.
For å finne ut om sammenhengen mellom genomisk metylering status og kolorektal kreftrisiko skilte med nivåer av plasma folat eller homocystein, total folat inntak eller alkoholforbruk, røyking status, familiehistorie med tykktarmskreft, alder blodprøvetaking, diagnoseår, samt to SNPs i
MTHFR
genet (C677T [rs1801133] og A1298C [rs1801131]), gjennomførte vi analyser stratifisert av disse variablene. Den statistiske betydningen av interaksjon ble vurdert ved å legge kryssprodukt gjelder disse variablene og metylering status i den logistiske regresjonsmodellen, justert for samsvarende faktorer samt risikofaktorer for tykktarmskreft.
Blant kontrollpersonene, en lineær regresjonsmodell ble ansatt for å undersøke sammenhengen mellom genomisk metylering status og viktige faktorer involvert i en karbon metabolismen og kjente og mistenkte risikofaktorer for kolorektal kreft (plasma folat, vitamin B
6, vitamin B
12, homocystein, total folat eller alkoholinntak, røykestatus, familiehistorie med tykktarmskreft, alder blodprøvetaking, samt de to SNPs i
MTHFR
genet). Lineære regresjonsmodeller ble justert for å matche faktorer samt risikofaktorer for tykktarmskreft. For å dempe innflytelsen av ekstremverdier av komponentene, beregnet vi det geometriske gjennomsnittet av de metylering nivåer og tilsvarende 95% konfigurasjons for hvert nivå av variabler, og et eksempel på det som en kontinuerlig variabel. For hver en karbon-komponent, ble tester for tendens utført ved å modellere medianverdien for hver kvintilen som en kontinuerlig variabel. Alle statistiske analyser ble tosidig og utføres ved hjelp av SAS v9.2 (SAS Institute, Cary, NC). En p-verdi 0,05 ble ansett som statistisk signifikant
Resultater
baseline karakteristikker av 358 kolorektal kreft tilfeller og 661 kontroller er vist i Tabell 1. Gjennomsnittsalderen ved diagnose av tykk- og endetarmskreft. tilfellene var 68,3 år. Sammenlignet med kontroller, tykktarmskrefttilfeller var mer sannsynlig å ha familiehistorie med tykktarmskreft, mer sannsynlig å røyke, forbrukes større mengder alkohol, og hadde lavere inntak av kalsium, vitamin D og folat, og var mindre fysisk aktive. Blant kontroller, ble nivået på disse kolorektal kreft-relaterte faktorer som ikke er vesentlig endret i henhold til kvintilene av genomisk DNA metylering nivå (tabell 2).
Samlet prosent genomisk DNA metylering nivåer var ikke assosiert med risiko for tykktarmskreft (tabell 3). Sammenlignet med kvinner i laveste kvintil av metylering, den multivariate OR av tykktarmskreft risiko var 1,32 (0,82 til 2,13) for de i høyeste kvintil (
p
for trend, 0,45). Tilsvarende fant vi ikke signifikante sammenhenger mellom metylering status og risiko for tykktarmskreft ved sekundære områder (dvs., tykktarm, endetarm, proksimale colon, og distal kolon) (tabell S1).
Sammenhengen mellom metylering status og tykktarmskreft ikke variere med enten en-karbon metabolisme relaterte faktorer eller kjente risikofaktorer for kolorektal kreft (alle
p
for interaksjoner 0,05). (Tabell S2)
Vi videre undersøkt sammenhengen av hovedkomponentene i en-karbon metabolismen og kolorektal kreft-relaterte faktorer med genomisk DNA metylering status (tabell S3). Ingen av disse variablene ble assosiert med metylering status (alle
p
etter trender 0,05).
I tykktarms svulstvev fra en undergruppe av kolorektal kreft tilfeller [18], [19] vi vurderte nivåer av lange ispedd nucleotide element-en (LINE-1) metylering, som kan være korrelert med globale DNA metylering nivåer. Vi har evaluert sammenhengen mellom leukocytter genomisk DNA metylering nivåer og tumor LINE-1 metylering nivåer blant sakene med LINE-1-verdier; Pearsons korrelasjonskoeffisient var 0,11 (
p
= 0,19) i 141 prøver.
Diskusjoner
DNA metylering spiller kritiske mekanistiske roller i genregulering og cellulær differensiering. Bevare de mønstre av DNA-metylering er en viktig faktor i epigenetisk kontroll av genomisk stabilitet og regulering av gentranskripsjon [20], [21]. I eukaryote celler, oppstår DNA-metylering i karbon-5-posisjon av cytosin, dvs. en metylgruppe overføres fra metyl donor S-adenosylmetionin til cytosin-5 karbon med DNA metyltransferaser. Disse methyltranferases overveiende gjenkjenne sekvensen av cytosin-guanin (CpG) og over 70% av cytosinrestene i CpG-dinukleotider av pattedyr-genomisk DNA blir denaturert [22].
En endret genomisk DNA-metylering profilen er ofte funnet i kreft. Tidligere studier har vist at DNA-metylering unormal er vanlig i neoplastiske celler, inkludert omfattende genomisk hypometylering og hypermethylation av CpG klynger som er kjent som CpG-øyer, hovedsakelig oppholder seg inne i gen promotorområdene [22]. Slike endringer i DNA-metylering kan bidra til kreftutvikling ved å fremme ekspresjon av onkogener og transcriptional stanse av tumorsuppressorgener og /eller gjøre kritiske tumorsuppressorgener mer utsatt for DNA-skade [2], [23], [24].
Genomisk DNA hypometylering er en tidlig og konsekvent hendelse i kolorektal kreftutvikling [25], [26]. For eksempel, en case-control studie av 35 tilfeller av kolorektal adenom (en premalign tilstand av tykktarmskreft) fant at både colonic og leukocytter DNA hypometylering var signifikant assosiert med økt risiko for tykktarms adenom [27]. På samme måte, ved bruk av samme LC /MS-metode som brukes her for metylering assay, et tverrsnitts studie utført av Lim et al. fant at leukocytter genomisk DNA hypometylering var forbundet med en økt risiko for tykktarms adenom [3]. Sammenlignet med de i høyeste tertile av genomisk metylering, deltakere i den laveste tertile hadde en OR på 5,88 (95% KI, 2,04 til 16,67) for risikoen for tykktarms adenom. I motsetning til for tykktarmskreft, en case-control studie av 28 saker og 76 kontroller fant ikke en sammenheng med enten kolon eller leukocytter genomisk DNA metylering nivå [27]. Vi fant heller ingen sammenheng mellom pre-diagnostisk genomisk DNA metylering status og tykktarmskreft. På samme måte, ved bruk av hovedsakelig de samme LC /MS-metode, Huang et al. funnet noen klar sammenheng mellom leukocytter metylering nivå og tykktarmskreft [28]. Vi merker oss imidlertid at bevisene om genomisk DNA hypometylering og kreftrisiko er kontroversielt, fordi regional hypermethylation kan også ha sammenheng med økt kreftrisiko [22], [29], [30], [31].
Ett problem å diskutere er hvorfor våre resultater skiller seg fra Lim et al. [3]. Vi utnyttet den samme analysen, og selv om de absolutte metylering nivåene var noe lavere i vår studie, områdene var svært like. Således bør rangeringen av fagene være den samme. Interessant, Lim et al. [3] oppdaget sammenhengen med metylering nivå bare i ikke-avanserte adenomer, selv om de hadde et begrenset antall avanserte adenomer. Det er derfor sannsynlig at genomisk hypometylering kan være mer relevant for en undergruppe av adenomer mindre sannsynlighet for å utvikle seg til kreft.
Generelt genomisk DNA hypometylering kan til en viss grad være avledet fra unormal ett-karbon metabolismen [2] . Et av de sentrale elementer i metyl-gruppe metabolisme veien er folat, som donerer et enkelt karbon til homocystein for å danne metionin, som deretter omdannes til S-adenosylmetionin, hvortil DNA overfører metylgruppen [32], [33], [34]. Til dags dato, folat og andre viktige faktorer involvert i en karbon metabolismen inkludert vitamin B
6, vitamin B
12, har homocystein, og MTHFR (en stor folat metabolske enzym) vært forbundet med flere kreftformer, inkludert tykktarm, bryst, bukspyttkjertel, livmorhals, bronkie, og leukemi [35]; bevis for en sammenheng med kolorektal kreft er mest overbevisende i både dyr og mennesker studier [36].
Unormale nivåer av hovedkomponentene i en-karbon metabolismen kan endre statusen for genomisk DNA metylering og videre innflytelse kolorektal kreftutvikling [2], [36]. For eksempel kan en tidligere studie av 33 eldre kvinner funnet at moderate folatmangel reduserer leukocytt-genom-DNA-metylering nivå [37]. I tillegg er to SNPs i
MTHFR
genet (C677T og A1298C) har vært forbundet med genomisk DNA metylering nivåer [13], [38], [39]. Bærere av 677TT genotype hadde lavere leukocytter genomisk DNA metylering nivå enn de med 677CC villtypegenotype, og genomisk DNA metylering nivået ble også assosiert med økt risiko for tykktarms adenom og kreft, spesielt hos personer med lavere folatnivå [14] , [38], [39]. Videre er en fersk studie av Huang et al. [28] rapporterte en invers sammenheng mellom naturlig folat inntak og tykktarmskreft blant personer med høyest metylering nivå (
p
for samhandling, 0,003). I vår studie ble det gjennomført store ett-karbon metabolisme komponenter, inkludert folat ikke funnet å påvirke leukocytt genomisk DNA metylering status eller sammenhengen mellom genomisk DNA metylering nivå og tykktarmskreft. Imidlertid må det bemerkes at noen av markørene i en karbonmetabolisme er involvert ikke bare i DNA-metylering, men også i flere andre reaksjonsveier [40].
LC /MS-metode som brukes i denne undersøkelsen å vurdere global DNA metylering nivå i blod leukocytter forskjellig fra vurderingen av LINE-en metylering status på en subsample kolorektale svulstvevet [19]. LINE-en CpG island metylering status ble målt ved hjelp av sulfitt-behandlet DNA, utnytte PCR og påfølgende pyrosekvensering. Metylering nivåer av LINE-1 ble beregnet ved mengden av «C» i forhold til summen av mengdene av «C» og «T» på hvert CpG område. Vi merker oss at metylering i blodet versus vevsprøver har ulike implikasjoner. Metyleringen status i blodet kan representere kroppens systemiske metylering status snarere enn status i et bestemt organ. Vi fant ikke signifikant sammenheng mellom global DNA metylering nivå i blod og LINE-en metylering nivå i kolorektal svulstvev. En nylig studie av blærekreft [41] fant at den gjennomsnittlige prosentvise LINE-en metylering nivå målt i buffy coat ble korrelert med det i serum, men ikke med det i tumorvevet, noe som tyder på at metylering nivået målt i blodet kan ikke gjenspeile vevsnivå .
Vi erkjenner at det finnes ulike metoder for å vurdere genomisk DNA metylering status i blodet. Men denne studien, så vel som de to andre studier [3], [28] utført hittil på sammenhengen mellom genomisk DNA-metylering nivå i blod leukocytter og risiko for kolorektal adenom og kolorektal kreft har brukt det vesentlige den samme LC /MS Fremgangsmåten for å måle DNA-metylering globalt nivå. Videre, ved bruk av samme metode, hverken i vår studie eller studien utført av Huang et al. [28] fant en signifikant sammenheng mellom pre-diagnostisk genomisk DNA metylering nivå og tykktarmskreft, mens studie utført av Lim et al. [3] identifisert en sammenheng mellom høyere genomisk metylering av leukocytter DNA og redusert risiko for tykktarms adenom.
Vår studie har flere sterke sider. Først målte vi pre-diagnostisk leukocytter genomisk DNA metylering nivået blant personer fra en stor prospektiv kohort, slik at tiltaket av DNA metylering nivå forut utvikling av tykktarmskreft med opptil 32 år. For det andre ble vår case-control studie nestet i en stor godt karakterisert kohort som matchet kontroller ble valgt fra samme årsklasse, noe som minsker sannsynligheten for befolkningen stratifisering eller utvalgsskjevhet [42]. Tredje, gjentatte målinger av både kosttilskudd og ikke-kostholdsfaktorer tillater oss å bruke gjentatt og oppdatert informasjon om disse konfunderende faktorer, noe som reduserer sannsynligheten for målefeil.
En eventuell begrensning av denne studien er mangelen på generalizability av studiepopulasjonen, fordi våre deltakere er en eldre, ikke-tilfeldig utvalg av amerikanske kvinner. Det er imidlertid lite sannsynlig at den biologiske relasjonen mellom DNA metylering nivå og tykktarmskreft i vår årsklasse vil avvike vesentlig fra amerikanske kvinner generelt. I tidligere analyser fra NHS, vi har oppdaget foreninger for kolorektal kreft og andre sykdommer som er svært lik de som finnes i andre bredt baserte amerikanske befolkninger. Selv om rest confounding er en bekymring i observasjonsstudier, justering for multivariate kolorektal kreft risikofaktorer bare minimalt påvirket våre funn tyder på lite potensial for rest eller ukontrollert forvirrende. Den statistiske styrken for undergruppene analyser var beskjeden; ytterligere studier er garantert å bekrefte foreninger observert i denne studien.
I konklusjonen, ikke vår studie støtter hypotesen om at pre-diagnostisk hypometylering av leukocytter genomisk DNA øker risikoen for tykktarmskreft. Ytterligere studier er nødvendig for å undersøke sammenhengen mellom pre-diagnostisk genomisk DNA metylering nivå og tykktarmskreftrisiko blant forskjellige befolkningsgrupper.
Hjelpemiddel Informasjon
Tabell S1.
Association mellom genomisk DNA metylering nivå og risiko for tykktarmskreft i henhold til undersider av tykktarmen.
doi: 10,1371 /journal.pone.0059455.s001 plakater (docx)
Tabell S2.
Fare for tykktarmskreft i henhold til genomisk DNA metylering status, stratifisert etter en-karbon metabolisme-relaterte faktorer.
doi: 10,1371 /journal.pone.0059455.s002 plakater (docx)
tabell S3.
Association of one-carbon metabolisme og kolorektal kreft-relaterte faktorer med prosent genomisk DNA metylering nivåer mellom kontrollene.
doi: 10,1371 /journal.pone.0059455.s003 plakater (docx)
Takk
Vi takker Ms Rong Chen for henne programmering støtte. Vi ønsker også å takke deltakerne og ansatte i Nurses «Health Study for sine verdifulle bidrag samt følgende statlige kreftregistre for deres hjelp: AL, AZ, AR, CA, CO, CT, DE, FL, GA, ID, IL, IN, IA, KY, LA, ME, MD, MA, MI, NE, NH, NJ, NY, NC, ND, OH, OK, OR, PA, RI, SC, TN, TX, VA, WA, WY.
