Abstract
Bakgrunn
GATA bindende protein 2 (GATA2) er en transkripsjonsfaktor som har viktige roller i hematologisk kreftsykdom og progresjon av forskjellige faste tumorer. Våre tidligere studier antydet at høy GATA2 uttrykket er assosiert med tilbakefall av tykktarmskreft (CRC). Men fortsatt påvirkning av GATA2 enkeltnukleotidpolymorfi (SNPs) på overlevelse av CRC ukjent.
Metoder
Vi genotypede GATA2 SNP rs2335052 bruker Sanger-sekvensering etter PCR forsterkning, og bestemmes GATA2 uttrykk ved immunhistokjemi i en kohort av 180 CRC pasienter. Kaplan-Meier overlevelsesanalyse og Cox proporsjonal hazard regresjon ble brukt for å analysere sammenhengen mellom GATA2 rs2335052 genotyper og det kliniske utfallet av CRC.
Resultater
Vi fant ut at det var ingen signifikant sammenheng mellom de rs2335052 genotyper og uttrykk for GATA2. Imidlertid Kaplan-Meier-overlevelsesanalyse antydet at bærere av A-allel av SNP rs2335052 var signifikant assosiert med øket risiko for tilbakefall og redusert sykdomsfri overlevelse (DFS), sammenlignet med de som bærer den variant genotypen til GG i rs2335052 (
P
= 0,021). Videre analyser univariat og multivariat Cox regresjon viste at GATA2 SNP rs2335052 var en uavhengig risikofaktor for DFS av CRC-pasienter.
Konklusjon
Våre resultater viser at GATA2 SNP rs2335052 er en uavhengig prediktor for prognose av CRC pasienter. Dette hevet muligheten for at SNP rs2335052 kan tjene som en potensiell indikator for å forutsi tilbakefall av CRC etter kurativ colectomy
Citation. Liu X, Jiang B, Wang A, Di J, Wang Z, Chen L, et al . (2015) GATA2 rs2335052 Polymorphism Spår Survival of pasienter med tykktarmskreft. PLoS ONE 10 (8): e0136020. doi: 10,1371 /journal.pone.0136020
Redaktør: Gonzalo Carrasco-Avino, Icahn School of Medicine ved Mount Sinai, UNITED STATES
mottatt: 10 oktober 2014; Godkjent: 30 juli 2015; Publisert: 19 august 2015
Copyright: © 2015 Liu et al. Dette er en åpen tilgang artikkelen distribueres under betingelsene i Creative Commons Attribution License, som tillater ubegrenset bruk, distribusjon og reproduksjon i ethvert medium, forutsatt den opprinnelige forfatteren og kilden krediteres
Data Tilgjengelighet: All relevant data er i avisen og dens saksdokumenter filer
Finansiering:. Denne studien ble støttet av tilskuddene fra Natural Science Foundation of China (No. 81272766, nr 81450028, nr 81470129 National, og nr 81402346 ), National High Technology Research and Development Program of China (863 Program, No.2014AA020603), kliniske karakteristika og brukerveiledninger fra Capital (Beijing Municipal Science Technology Commission No. Z121107001012130), Beijing Municipal Administration of Hospitals klinisk medisin Utvikling av Spesial Finansiering Support (No. XM201309), Peking University (PKU) 985 Spesial Finansiering for Collaborative Research med PKU Hospitals (å Xiangqian Su og Fan Bai), Seeding Grant for medisin og Life Sciences av Peking University (2014-MB-04), Beijing Natural Science Foundation (No. 7132054), Beijing Nova Program (Beijing Municipal Science Technology Commission No. Z111102054511075, 2.011.060), Program for gode talenter i Beijing (No. 2013D003034000009), Excellent Seas-Returnee Scholar Program (Ministry of Human Resources og Social Security, til Jiabo Di), og stiftelsen av Peking University Cancer Hospital Institute (nr 2014-14)
Konkurrerende interesser:. Forfatterne har erklært at ingen konkurrerende interesser eksisterer
Innledning
Tykktarmskreft (CRC) er den tredje mest. utbredt kreft i verden og den nest vanligste årsaken til kreft dødsfall i de vestlige landene [1,2]. Data fra Verdens helseorganisasjon (WHO) viser at forekomsten av CRC er raskt økende i mange asiatiske land, inkludert Kina [3]. Til tross for forbedringer i diagnostikk, kirurgi, cellegift og målrettet terapi, er fremdeles fem-års relativ overlevelse for pasienter med CRC dårlig [4]. I dag er TNM staging system opprettholdes av amerikanske Joint Committee on Cancer (AJCC) er den mest brukte retningslinje for iscenesettelse og overlevelse prediksjon [5]. Imidlertid kan de kliniske resultatene av pasienter med CRC variere sterkt innenfor de samme tumorstadium, særlig hos pasienter med stadium II sykdom [6, 7]. Derfor nye molekylære prognostiske markører som kan nettopp stratifisere pasienter i ulike risikokategorier er tydelig garantert.
GATA2 bindende protein 2 (GATA2) er et sink-finger transkripsjonsfaktor, som spiller en avgjørende rolle i å regulere transkripsjon av gener involvert i spredning, utvikling og differensiering av hematopoetiske celler [8-11]. Det er økende bevis for at endrede GATA2 uttrykk og konstituerende heterozygot GATA2 mutasjon er forbundet med hematologisk kreftsykdom, samt utvikling og progresjon av ulike solide svulster [12-20]. I sporadiske og familiære myeloide maligniteter, høy GATA2 uttrykk og kjøpt eller arvet mutasjoner av GATA2 genet har blitt rapportert [12-15]. For solide tumorer, er høye nivåer av GATA2 uttrykk assosiert med dårlig prognose og tilbakefall av sykdommen i prostata og CRC [16-18]. I tillegg fremmer høy GATA2 ekspresjon i ikke-dyrkede humane brystcarcinomer spredning av brystkreft celler ved å hemme transkripsjon av PTEN [19]. Imidlertid rapporterte Li et al at GATA2 ekspresjon ble redusert hos leverkreft vev, og redusert ekspresjon av GATA2 korrelert med dårlig prognose av hepatocellulært karsinom [20]. Disse funnene tyder på at GATA2 kan tjene som en ny prediktor for prognosen av ulike typer kreft.
GATA2 genet ligger på kromosom 3q21. Mange enkeltnukleotidpolymorfi (SNPs) har blitt identifisert i humant GATA2 genet, inkludert rs2335052, rs3803, rs2713604, og så videre [20-24]. Disse genetiske varianter kan bidra til endret uttrykk og funksjon av GATA2, og dermed kan ha stor innflytelse på de kliniske resultatene av CRC. Men den kliniske betydningen av GATA2 SNPs i CRC er ikke ennå undersøkt.
I denne studien undersøkte vi de SNP rs2335052 og uttrykk for GATA2 i en kinesisk CRC årsklasse, og undersøkt rollen til GATA2 SNP rs2335052 som en prediktor for klinisk utfall for CRC pasienter. Våre resultater viste at selv om ingen signifikant korrelasjon ble observert mellom rs2335052 genotyper og uttrykk for GATA2, bærere av A-allelet av SNP rs2335052 viste en betydelig økt risiko for tilbakefall og redusert sykdomsfri overlevelse (DFS). Dermed kan de GATA2 SNP rs2335052 tjene som en roman indikator for prognosen for pasienter med CRC.
Materialer og metoder
Etikk erklæringen
Studiet ble godkjent og overvåket av den forskningsetiske komiteen av Peking University Cancer Hospital Institutt. Beijing, Kina. Skriftlig informert samtykke ble innhentet fra alle pasienter før operasjon for generell forskning ved hjelp av deres kliniske data og prøver.
Pasienter
Denne retrospektive studien inkluderte 180 pasienter som ble gjennomgått kolektomi ved Institutt for minimal invasiv gastrointestinal kirurgi, og histologisk diagnostisert med CRC ved Avdeling for patologi ved Peking University Cancer Hospital Institute fra april 2009 til desember 2011. Alle tumorer ble gradert av to erfarne patologer i henhold til den amerikanske Joint Committee on Cancer (AJCC) retningslinjer klassifisering. Pasienter som behandles med preoperativ strålebehandling eller adjuvant kjemoterapi ble ekskludert. Seksten pasienter med patologisk bekreftet metastaser eller døde av komplikasjoner ble også ekskludert. Formalinfiksert parafin innebygd (FFPE) vevsprøver av pasienter var tilgjengelige for studien. DFS ble beregnet som tid fra kreftdiagnose til enten tilbakefall eller død fra siste oppfølging.
GATA2 SNP rs2335052 analyse
Genomisk DNA ble ekstrahert fra parafininnstøpte vevsprøver ved hjelp FFPE DNA Kit (OMEGA, USA) i henhold til produsentens instruksjoner. De GATA2 rs2335052 genotypene ble bestemt etter Sanger-sekvensering etter forsterkning med polymerase kjedereaksjon (PCR). Den exon 3 i GATA2 ble amplifisert ved bruk av de følgende primere: 5′-sende CCACCCTGATCCTCTCTCTCTTT og revers 5′-TCACAGCTCCCCACCACAA. PCR ble utført i et 30 ul volum, som består av 10-30 ng genomisk DNA, 0,2 mM dNTP, 1 x PCR-buffer, 10 mM hver primere, og 0,75 enhet GoTaq DNA-polymerase (Promega Cor, WI, USA.) Under følgende amplifikasjonsbetingelser: 2 min ved 95 ° C, etterfulgt av 35 sykluser av 95 ° C i 30 sekunder, 60 ° C i 30 s, 72 ° C i 45 sek. PCR-produktene ble synliggjort på en 2% agarosegel og deretter utsatt for direkte sekvensering. Alle fragmenter ble sekvensert ved bruk av ABI 3730XL Avant Genetic Analyzer (Applied Biosystems Inc., CA, USA). Til slutt ble sekvenseringsresultatene analysert med Chromas programvaren under forutsetning av signal /støy- 98%
GATA2 immunhistokjemi (IHC)
IHC analyse for GATA2 ble utført ved anvendelse av et primært kanin-polyklonalt antistoff mot GATA2. (1: 100, Santa Cruz sc-9008), fulgt av inkubering med et sekundært antistoff fra EnVision kit (Dako Cytomation). Visualiserings signal ble utviklet med diaminobenzidin (Sigma). Seksjoner ble kontra med hematoksylin. Den fargeintensitet ble scoret som følger [18, 25]: – ingen farging eller 10% positive celler; +, 10-20% svakt til moderat positive celler; ++, 10-20% intensivt-positive celler eller 20-50% svakt-positive celler; og +++, 20-50% positive celler med moderat til sterk reaktivitet eller 50% positive celler. Resultatene i de to patologer var svært konsekvent, og alle uenigheter ble løst ved konsensus etter felles gjennomgang. Poengsummen for GATA2 farging ble beskrevet som enten «lav» eller «høy», hvor «høy» inneholder «++» og «+++» farging.
Statistisk analyse
Foreningen mellom GATA2 SNP rs2335052 og clinicopathological egenskaper ble analysert med Chi-squared test. Overlevelse ble bestemt ved hjelp av Kaplan-Meier metoder og sammenlignet med den log-rank test. Univariate og multivariate overlevelsesanalyser ble utført ved hjelp av Cox proporsjonale hazard regresjonsmodell. Femten pasienter ikke fulgt opp ble ekskludert i Kaplan-Meier kurve, univariate og multivariate analyser. De statistiske analysene ble utført med programvarepakken SPSS 13.0 (SPSS Inc., Chicago, IL, USA).
P
verdi på mindre enn 0,05 ble ansett som statistisk signifikant.
Resultater
Pasient egenskaper og genotyping
I alt 180 prøver fra pasienter med CRC var analysert. Median oppfølgingstid i kohorten var 69,0 måneder. Bærere av rs2335052 GG, GA, og AA genotyper var 64 (35,6%), 81 (45,0%), og 35 (19,4%), henholdsvis (fig 1). Detaljer om kliniske egenskaper og GATA2 rs2335052 genotyper er vist i tabell 1. GATA2 SNP rs2335052 var signifikant assosiert med sykdomsfri overlevelse (DFS) for CRC (
P
= 0,033). Imidlertid ble det ikke observert noen signifikant sammenheng mellom rs2335052 genotyper og andre clinicopathological egenskaper (alle
P
-verdier 0,05)
Forbund GATA2 rs2335052 genotyper med DFS
Kaplan-Meier kurver for DFS ble vist grafisk i henhold til en additiv, dominant og recessiv modell av arv (fig 2). Resultatene viste at SNP rs2335052 var signifikant assosiert med DFS under dominerende modellen av arv (
P
= 0,021), som foreslo at bærere av A-allelet av SNP rs2335052 (GA, AA) hadde en betydelig økt risiko for tilbakefall og redusert DFS (fig 2B). 5-års DFS frekvensen av pasienter med bærere av rs2335052 GA og AA genotyper var 69,0%, men for pasienter med bærer av rs2335052 GG genotype, hastigheten var 92,0%. Men signifikant forskjell i DFS ble ikke observert blant GATA2 rs2335052 genotyper under additiv eller recessive modell (
P
= 0,056,
P
= 0,834, henholdsvis figur 2A og 2C).
Kaplan-Meier-kurver er vist for en additiv (A), dominant (B), og recessive modell (C) av arv. Den log-rank test ble brukt til å beregne
P
verdier.
I tillegg har vi gjennomført en stratifisert analyse av TNM stadium (I /II og III /IV), til bestemme den prognostiske betydningen av GATA2 rs2335052 genotyper i ulike kreft stadier. Husing rs2335052 GA eller AA bekreftet en negativ innvirkning på DFS av stadium I /II pasienter (
P
= 0,005, figur 3A). Men GATA2 rs2335052 genotypene var ikke korrelert med prognosen for pasienter med stadium III /IV sykdommer (
P
= 0,749, figur 3B).
Kaplan-Meier-kurver indikert DFS for undergruppen av pasienter med stadium I /II (A), og stadium III /IV (B) CRC. Den log-rank test ble brukt til å beregne
P
verdier.
Den prognostiske verdien av GATA2 rs2335052 genotyper i DFS ble evaluert ved univariate og multivariate Cox regresjonsanalyser ved hjelp av en dominerende modellen av arv. Som vist i tabell 2, både i univariate og multivariate analyser, pasienter med A-allelet av SNP rs2335052 (GA, AA) hadde en kortere periode med DFS, noe som tyder på en høyere risiko for tilbakefall (HR, 2.530, 95% KI, 1,111 -5,761;
P
= 0,027 og HR, 2,825; 95% CI, 1,095 til 7,290;
P
= 0,032, for univariat og multivariat analyse, henholdsvis), sammenlignet med pasienter med SNP rs2335052 GG genotype. Resultatene tyder på at GATA2 SNP rs2335052 var en uavhengig prognostisk faktor for tilbakefall av sykdommen. Den relative risikoen for tilbakefall hos pasienter med rs2335052 GA og AA genotyper var 2,825 ganger høyere enn for pasienter med rs2335052 GG genotype, ifølge den multivariate analysen. Ugunstige overlevelse utfall ble også signifikant assosiert med mannlige pasienter, stadium III /IV CRC og dårlig eller moderat tumor differensiering, basert på univariat analyse (tabell 2).
Association mellom GATA2 rs2335052 genotyper og GATA2 uttrykk
uttrykk for GATA2 ble undersøkt i 164 av 180 CRC vev (fig 4). Høy GATA2 uttrykk ble påvist i 93 av 164 (56,7%) CRC vev, sammenlignet med 7 av 97 (7,2%) i matchet tilstøtende noncancerous vev (
P
0,0001). Kaplan-Meier kurve for DFS viste at pasienter med svulster som stiller høye GATA2 uttrykk hadde dårligere prognose, noe som tyder på kortere DFS og tidligere tilbakefall av sykdommen (
P
= 0,044, figur 5A). Imidlertid ble det observert noen signifikant sammenheng mellom GATA2 uttrykk og SNP rs2335052 (
P
= 0,523, Tabell 1).
Representant bilde indikert sterk GATA2 flekker i CRC vev, og negative GATA2 flekker i matchet noncancerous vev. Forstørrelse er 100 ×.
(A) Kaplan-Meier overlevelseskurve viste DFS for pasienter med GATA2-høy tumorer versus pasienter med GATA2-lav svulster. Kaplan-Meier overlevelseskurver viste DFS for pasientene stratifisert etter GATA2 rs2335052 GG (B), og GG + AA (C) genotyper. Den log-rank test ble brukt til å beregne
P
verdier.
Siden SNP rs2335052 GG genotype viste en signifikant beskyttende innflytelse på DFS i den dominerende modellen av arv (Fig 2B), for videre analyse, ble pasientene delt i to grupper etter deres rs2335052 genotyper (GG undergruppe, GA og AA undergruppe). I rs2335052 GG undergruppe, høye nivåer av GATA2 uttrykk viste border signifikant sammenheng med kortere DFS, sammenlignet med lav GATA2 uttrykk (
P
= 0,073, figur 5B). Det var imidlertid ingen signifikant sammenheng mellom nivåene av GATA2 uttrykk og DFS i undergruppen av pasienter bærer rs2335052 GA og AA genotyper (
P
= 0,208, figur 5C).
Diskusjoner
i denne studien undersøkte vi sammenhengen mellom GATA2 SNP rs2335052 og prognosen for CRC pasienter i en kinesisk kohort. Våre data viser at selv om det var ingen signifikant korrelasjon mellom rs2335052 genotyper og ekspresjon av GATA2 ble rs2335052 GA og AA-genotyper signifikant assosiert med ugunstig prognose og økt risiko for tilbakefall hos pasienter med CRC, sammenlignet med dem som bærer GG genotype. Videre univariat og multivariat Cox regresjonsanalyse viste at rs2335052 SNP i GATA2 var en uavhengig prediktor for dårlig DFS i CRC-pasienter.
Flere tidligere studier har vist påvirkning av GATA2 uttrykk nivåer på klinisk utfall hos pasienter med pediatrisk akutt myeloid leukemi (AML), kolorektal, prostata, bryst cancer, og hepatocellulært karsinom [14, 16-20]. Bortsett fra leverkreft [20], høye nivåer av ekspresjon GATA2 indikere tumorresidiv, metastase, eller dårlig overlevelse [14, 16-19]. I tillegg til protein nivået av GATA2, det genetiske mangfoldet i GATA2 locus påvirker også tumorigenesis. Kjøpte og arvet mutasjoner i GATA2 har blitt rapportert å være korrelert med myeloide maligniteter inkludert AML, og kronisk myelogen leukemi (KML) [13-15]. Omorganisering av GATA2 enhancer å EVI1 årsaker redusert og monoallelic uttrykk for GATA2, samt aktivering av EVI1 i sporadiske familiære AML /MDS og MonoMac /Emberger symdromes [26]. Men rollen som GATA2 genotyper i kreft prognose forblir stort sett uutforsket i solide svulster. Siden SNPs finne i koding og regulatoriske sekvenser av GATA2, kan de bidra til regulering av GATA2 uttrykk og funksjon, så vi undersøkt GATA2 SNP genotyper.
Ifølge NCBI SNP database, er det flere SNPs ligger på GATA2 locus. Vi først sekvensert hele exon av GATA2 i 23 CRC vev, for å identifisere SNPs være av interesse. Våre resultater viste at SNP rs2335052 kunne påvises i det tredje ekson av GATA2 genet blant de 23 CRC vev, selv om andre genetiske varianter var fraværende, sannsynligvis på grunn av det begrensede prøvestørrelse (S1 tabell). Deretter bestemmes vi GATA2 SNP rs2335052 og uttrykk for GATA2 i en CRC kohort bestående av 180 pasienter, og undersøkt påvirkning av SNP rs2335052 på pasientens overlevelse. Resultatene indikerte at GATA2 rs2335052 GA og AA-genotyper er signifikant assosiert med redusert DFS og tilbakefall i CRC pasienter. I tillegg, analyse av en replikering kohort av 61 CRC pasienter også antydet at GATA2 SNP rs2335052 var en uavhengig prediktor for dårlig DFS i CRC pasienter (S2 og S3 Bord, S1 figur).
Flere studier har vist at være en transkripsjonsfaktor, GATA2 fungerer som en viktig regulator i mange signalveier. I KRAS mutante ikke-småcellet lungekreft (NSCLC), er GATA2 involvert i reguleringen av proteosomet, IL-1-signalering, og Rho-signalveier. Som et resultat, er GATA2 uunnværlig for overlevelsen av NSCLC-celler med RAS-spredningsveier mutasjoner [27, 28]. I prostata cancer, spiller GATA2 en avgjørende rolle ved formidling av androgenreseptoren (AR) ekspresjon, så vel som i setespesifikk AR rekruttering tilrettelegge AR target-genekspresjon [29]. I brystkreft, fremmer GATA2 celleproliferasjon og stimulerer AKT fosforylering ved å hemme PTEN transkripsjon [19]. Disse øke muligheten for å regulere GATA2-involvert trasé for kreft terapeutiske strategier [27, 28]. På lignende måte kan SNP’er som er forbundet med GATA2 funksjon og klinisk utfall tjene som lett detekterbare prediktorene i GATA2 relaterte behandling i fremtiden.
Dessuten, som en transkripsjonsfaktor, små genetiske endringer i GATA2 kan bidra til regulering av nedstrøms gener. Varianten rs2335052 ligger innenfor den kodende regionen til GATA2, som fører til en substitusjon av alanin til treonin ved kodon 164 (A164T) i det tredje ekson. Endringen av denne aminosyren er ikke plassert på sink finger regioner, som spiller viktige roller i GATA2 binding til DNA. For å forstå de underliggende mekanismene som er involvert i den prognostiske verdien av GATA2 SNP rs2335052 på DFS, spådde vi funksjonen til GATA2 med aminosyre erstatning (GATA2-A164T) ved Polymorphism fenotyping v2 (PolyPhen-2), sile, og Pmut programvare, som er tilgjengelig via nettsteder, og bestemte trans evne GATA2-A164T av luciferaserapportørplasmid analyser. Selv om programvaren bestemte Resultatene viste at A164T ikke forutsi potensielle patologiske innvirkning på funksjonen av GATA2 (S2 figur), resultatene av luciferase reporter-analyser antydet at GATA2-A164T redusert trans evne i forhold til villtype GATA2 (GATA2wt) på kjent GATA2-responsive LYL1 promoter [30]. I tillegg vil redusert GATA2-A164T uttrykk ble observert i CRC cellelinjer (S1 Fil, S4 Table, S3 fig). Disse data hevet muligheten for at GATA2-A164T påvirke ekspresjon eller funksjon av nedstrøms gener som er forbundet med overlevelse av CRC pasienter. Selv om det i denne studien var ingen signifikant sammenheng funnet mellom GATA2 rs2335052 genotype og genekspresjon i pasienten kullet, den reduserte ekspresjon og redusert transaktivering evne til GATA2 A164T, sammenlignet med villtype GATA2, tyder på at redusert GATA2 ekspresjon kan føre til redusert sykdoms -Gratis overlevelse (DFS). Inconsistantly, i denne studien, og vår tidligere studie, redusert GATA2 ekspresjon var assosiert med bedre overlevelse hos pasienter med CRC.
Tilsvarende mange studier har rapportert at selv om variant genotype kan regulere ekspresjonen nivå av genet, sammenhengen mellom polymorfismer og overlevelse kan være i strid med sammenhengen mellom genuttrykk og overlevelse [31-34]. For eksempel pasienter med villtype AA genotype i ABCC1 rs35628 hatt lenger DFS enn pasienter som bærer G allel. Svulster fra bærere av AA genotype uttrykkes betydelig høyere ABCC1 enn de med G-allelet. Disse dataene hevet at høy uttrykk for ABCC1 kan bidra til forlenget overlevelse. I motsetning til høye ekspresjonsnivåer av ABCC1 indikerer dårlig prognose for brystcancer [31, 32]. I tillegg har pasienter med VV genotype i NPAS2 rs1053090 tillagt en betydelig økt risiko for død, sammenlignet med de med WW og WV genotype. Pasienter som bærer VV genotype viste også en signifikant høyere ekspresjonsnivå av NPAS2. Imidlertid høyt nivå av NPAS2 ekspresjon ble signifikant korrelert med bedre DFS [33, 34]. Derfor kan andre molekylære konsekvenser av genetisk variasjon av SNP rs2335052 eksisterer.
CRC pasienter innenfor samme TNM stadium kan vise betydelig ulike kliniske utfall, spesielt i stadium II sykdom [6, 7]. Bruken av adjuvant behandling for stadium II CRC pasienter fortsatt kontroversielt [35-38]. Derfor, for å bestemme hvorvidt SNP rs2335052 i GATA2 kan brukes til å identifisere pasienter med en høy risiko for tilbakefall, slik at de kan motta ytterligere kjemoterapi, ble rollen til SNP rs2335052 på DFS og gjentakelse evaluert. I dagens årsklasse, blant pasienter med stadium I /II sykdommer, rs2335052 GA og AA genotyper foreslå dårlige kliniske resultatet og tilbakefall, sammenlignet med GG genotype. Våre resultater gitt GATA2 SNP rs2335052 som en prognostisk faktor uavhengig av tumorstadier, og øke muligheten for å identifisere pasienter med høyere risiko for tilbakefall og bør behandles med adjuvant kjemoterapi.
Det er imidlertid potensielle begrensninger av denne studien . Kohorten i vår studie er av moderat utvalgsstørrelsen. Derfor er ytterligere studier med større uavhengige populasjoner for å ytterligere bekrefte tilknytningen av GATA2 SNP rs2335052 med det kliniske utfallet av CRC-pasienter.
Konklusjoner
I konklusjonen, vår studie viste at SNP rs2335052 i GATA2 er forbundet med DFS og gjentakelse av CRC pasienter. Resultatene fra vår studie antydet at SNP rs2335052 er en uavhengig indikator for å forutsi prognosen av CRC i kinesiske befolkningen. Videre studier er nødvendig for å validere disse funnene og klargjøre den underliggende mekanismen.
Hjelpemiddel Informasjon
S1 Fig. Kaplan-Meier-analysen av DFS ifølge GATA2 SNP rs2335052 i en annen kullet inkludert 61 CRC-pasienter.
Kaplan-Meier-kurver er vist for en additiv (A), dominant (B), og recessive modell (C) av arv. Den log-rank test ble brukt til å beregne
P
verdier
doi:. 10,1371 /journal.pone.0136020.s001 plakater (TIF)
S2 Fig. Resultater av programvare analyse for alanin til treonin substitusjon (A164T) av GATA2 SNP rs2335052.
A164T ikke forutsi potensielle patologisk betydning for funksjon eller struktur av GATA2, ved hjelp PolyPhen-2 (A), sile (B), og Pmut (C), som er tilgjengelige via nettsidene
doi:. 10,1371 /journal.pone.0136020.s002 plakater (TIF)
S3 fig. GATA2-A164T redusert trans evne på LYL1 arrangøren. Product: (A) Western blot analyse av eksogene FLAG-GATA2 uttrykk i RKO celler transfektert med plasmid koding GATA2wt eller GATA2-A164T. (B) Luciferase reporter analysen viste at GATA2-A164T redusert trans evne på den kjente GATA2-responsive LYL1 promoter, sammenlignet med GATA2wt. Dataene representerer gjennomsnittet ± SD fra tre uavhengige eksperimenter i triplikat for hver prøve. I alle sammenligninger, ble en t-test brukes
doi:. 10,1371 /journal.pone.0136020.s003 plakater (TIF)
S1 fil. Materialer og metoder
Doi. 10,1371 /journal.pone.0136020.s004 plakater (DOC)
S1 bord. Alle polymorfismer analysert i de 23 CRC vev
doi:. 10,1371 /journal.pone.0136020.s005 plakater (docx)
S2 Table. Clinicopathological funksjoner med hensyn til bestemt genotyper av inkluderte GATA2 SNP rs2335052 i en annen kohort inkludert 61 CRC pasienter
Doi:. 10,1371 /journal.pone.0136020.s006 plakater (docx)
S3 bord. Univariate og multivariate analyser av GATA2 rs2335052 genotyper i 61 CRC pasienter med hensyn til DFS
doi:. 10,1371 /journal.pone.0136020.s007 plakater (docx)
S4 Table. Primer sekvenser for plasmid konstruksjon
doi:. 10,1371 /journal.pone.0136020.s008 plakater (docx)
Takk
Vi takker Dr. Bin Dong og Dr. Zhongwu Li for histopatologisk diagnose.
