Abstract
Gitt at transkripsjonen regulatoriske aktiviteten til østrogen reseptor (ER) moduleres av sine biokjemiske kofaktorer, kan genetisk variasjon innenfor ER kofaktor genene endre cellulær respons til østrogen eksponering og dermed endre risikoen for livmor kreft. Vi genotypede 685 tagging SNPs innenfor 60 ER kofaktor gener i 564 endometrial kreft-tilfeller og 1,510 kontroller fra Sverige, og testet sine assosiasjoner med risiko for livmorkreft. Vi undersøkte sammenslutninger av enkelt SNPs ved hjelp av en trend test samt flere SNPs innen et gen eller gen komplekset ved hjelp av multi-variant forening analyse. Ingen signifikant sammenheng ble observert for eventuelle individuelle SNPs eller gener, men en marginal sammenslutning av den kumulative genetisk variasjon av
NCOA2
kompleks som helhet (
NCOA2
,
CARM1
CREBBP
,
PRMT1 Hotell og
EP300
) med livmorkreft ble observert (P
justert = 0,033). Men foreningen ikke klarte å bli kopiert i en uavhengig europeisk datasett fra 1265 tilfeller og 5190 kontroller (P = 0,71). Resultatene tyder på at vanlige genetiske varianter innenfor ER kofaktor gener er usannsynlig å spille en betydelig rolle i livmorkreftrisiko i europeiske befolkningen
Citation. Li Y, Low HQ, Foo JN, Darabi H, Einarsdόttir K, Humphreys K, et al. (2012) genetiske varianter i ER kofaktor Gener og livmorkreft risiko. PLoS ONE 7 (8): e42445. doi: 10,1371 /journal.pone.0042445
Redaktør: Chunyan Han, Indiana University, USA
mottatt: 12 mars 2012; Godkjent: 06.07.2012; Publisert: 02.08.2012
Copyright: © Li et al. Dette er en åpen-tilgang artikkelen distribueres under betingelsene i Creative Commons Attribution License, som tillater ubegrenset bruk, distribusjon og reproduksjon i ethvert medium, forutsatt den opprinnelige forfatteren og kilden krediteres
Finansiering:. Denne oppdagelsen datasett ble støttet av midler fra American Cancer Society, National Institutes of Health, Department of Defense, svensk Kreftforeningen, Vetenskapsrådet og Organisasjonen for Science, Technology and Research of Singapore (A * STAR). Finansiører hadde ingen rolle i studiedesign, datainnsamling og analyse, beslutning om å publisere, eller utarbeidelse av manuskriptet. Valideringsdatasettet ble finansiert som følger: ANECS rekruttering ble støttet av prosjektmidler fra National Health and Medical Research Council of Australia (ID # 339435), Kreftrådet Queensland (ID # 4196615) og Kreftrådet Tasmania (ID # 403031 og ID # 457636). SØK rekruttering ble finansiert av et program stipend fra Cancer Research UK [C490 /A10124]. Sak genotyping ble støttet av National Health and Medical Research Council (ID # 552402). Styringsdata ble generert av Wellcome Trust sak Kontroll Consortium (WTCCC) 2, og en fullstendig liste over etterforskerne som har bidratt til generering av data er tilgjengelig fra WTCCC nettstedet. Forfatterne erkjenner bruk av DNA fra den britiske 1958 Birth Cohort samling, finansiert av Medical Research Council stipend G0000934 og Wellcome Trust gi 068545 /Z /02. Midler til dette prosjektet ble gitt av Wellcome Trust i henhold til pris 085475. De bevilgende myndighet hadde noen rolle i studiedesign, datainnsamling og analyse, beslutning om å publisere, eller utarbeidelse av manuskriptet
Konkurrerende interesser:. Forfatterne har erklærte at ingen konkurrerende interesser eksisterer.
Innledning
Livmorkreft kreft~~POS=HEADCOMP er den vanligste gynekologisk kreft i vestlige land, og forekomsten er økende [1]. Biologiske, kliniske og epidemiologiske studier har vist at uten motstand østrogen stimulerer celleproliferasjon og induserer carcinoma utvikling av livmorkreft [2], [3]. Østrogen spiller sin rolle i utvikling endometrial cancer via østrogenreseptoren ved å fremme dens dimerisering og translokasjon til kjernen, hvor det modulerer ekspresjonen av østrogen-responsive gener [4].
Effektive transkripsjonsregulering av østrogenreseptoren krever deltakelse av en klasse av proteiner kjent som nukleære reseptor coregulators, som består av coactivators og corepressors [5], [6]. Disse coregulators spiller en viktig rolle i en rekke humane sykdommer, inkludert kreft og noen metabolske forstyrrelser [7]. Nukleære reseptor coactivators er hastighetsbegrensende i steroid-reseptor-mediert gentranskripsjon [8] – [10] og har evnen til å reversere den squelching av den transkripsjonelle aktivitet av en steroid-reseptoren ved en annen [9]. I tillegg til å fungere som en bro mellom reseptorer og allmenn transcriptional maskiner, atom reseptor coactivators fungere som kofaktor komplekser påvirke reseptor transkripsjon regulering gjennom en rekke mekanismer, inkludert fosforylering, acetylering, metylering, RNA-spleising og kromatin remodeling [10], [11 ].
en familie av coactivators, er det P160 familie kjent for å binde seg direkte til hormon aktivert østrogenreseptorer og rekruttere sekundære coactivators [12], [13], hvor
CREBBP
og
CARM1
danne et samspill domene som fysisk overlapper med de relaterte omsettelige aktiverings domener av P160 familiemedlemmer [14]. Videre er det rapportert at en trefoldig kompleks dannet av
NCOA2
,
CARM1 Hotell og
EP300
eller
CREBBP
kunne forbedre østrogen reseptor (ER) -funksjonen i en styrking måte [15].
Mens den felles genetisk variasjon innenfor hormonrelaterte gener [16], [17] og østrogenmetabolisme veien [18] har vist seg å være forbundet med risiko for endometriekreft, den genetiske variasjonen av eR kofaktor gener, så vidt vi vet, har ikke nøye undersøkt for deres engasjement i utvikling av livmorkreft.
i dagens papir, vi forsøkte å gjennomføre en omfattende forening studie av polymorfismer innen ER kofaktor gener med livmorkreft risiko. Vi gjennomførte oppdagelsen studie i en populasjonsbasert livmorkreft prøve av postmenopausale svenske kvinner og utført en validering analyse i en uavhengig europeisk datasett.
Resultater
Discovery analyse
En totalt 564 tilfeller og 1510 kontroller ble inkludert i oppdagelsen analysen (tabell 1). Alle saker og kontrollene var postmenopausale svenske kvinner. Vi har med hell genotypet 685 tag SNP’er i løpet av de 60 ER kofaktor gener, som kan fange 2410 vanlige SNP’er (MAF 5%) med 91% dekning i gjennomsnitt (R «> 2 0,8) i henhold til den HapMap databasen. Av disse 51 gener hadde dekning over 80%. Detaljer om SNP dekningen evalueringen er oppsummert i tabell S1. I tillegg har vi revurdert dekning av samme sett med tag SNPs på varianter MAF 5% i 1000 genomer prosjektdatabase, som er en oppdatert og mer omfattende katalog av menneskelige genom variasjon. Den gjennomsnittlige dekningen redusert til 64% og 19 genene hadde dekning over 80%. Men med r
2 . 0.8, hadde 5084 SNPs blitt fanget mellom 7141 SNPs på 60-genene
Av de 685 tag SNPs analysert, nominelle P-verdier på mindre enn 0,05 ble funnet for 42 SNP’er (6,13%). Q-Q tomt på de observerte p-verdier fra foreningen testene er vist i figur 1, hvor genomisk kontroll inflasjon faktor er 1.058, med ingen klare bevis for avvik fra null. Den mest signifikant sammenheng ble observert ved SNP rs130052 (MAF = 0,13) innenfor
CREBBP
genet (odds ratio (OR) = 1,41 (95% KI 1,16 til 1,72), aldersjusterte P = 0,002). ORS med eller uten aldersjustering var like. Ingen P-verdier for enkelt SNPs imidlertid kunne overleve Bonferroni korreksjon for multippel testing.
Vi har evaluert videre foreningen av de genetiske varianter innenfor hver enkelt ER kofaktor gen ved å gjennomføre flere variant forening analyse gjennom admixture Maximum Likelihood (AML) test, for å gi et gen-basert P-verdi (tabell S3). Vi fant assosiasjoner av fire gener,
CREBBP product: (P = 0,017),
NEDD4 product: (P = 0,030),
NCOA2 product: (P = 0,037) og
NR0B1 product: (P = 0,031) med nominelle P-verdier og 0,05 (tabell 2). Men etter korreksjon for multippel testing, ingen av foreningene forble signifikant assosiert med risiko for endometriekreft.
I lys av ER kofaktor gener som spiller sine roller via protein komplekser, undersøkte vi assosiasjoner til de fem ER kofaktor komplekser ved hjelp av AML, nemlig P160 familierelaterte histone acetylering metylering komplekser (som inneholder
CARM1
,
PRMT1
,
CREBBP
,
EP300
,
NCOA1
,
NCOA2
og
NCOA3
); RNA prosessering komplekse (
PPARGC1A
,
PPARGC1B Hotell og
SRA
); Pol II rekruttering kompleks (
MED13 Hotell og
PBP
); ligand-avhengig corepressors (
NRIP1 Hotell og
LCoR
) og histon deacetylases kompleks (
HDAC7 Hotell og
NCoR1
). Blant de fem komplekser, den P160 familierelaterte histone acetylering og metylering kompleks viste forening (P
generelle = 0,023), men foreningen ikke kunne overleve korreksjon for å teste fem uavhengige komplekse grupper (P
generelle = 0,115) ( Tabell 3)
Som tre individuelle P160 histone acetylering metylering komplekser (
NCOA1
,
NCOA2 Hotell og
NCOA3
) spiller en tydelig rolle i transkripsjonsregulering, vi videre undersøkt sammenslutninger av disse underkomplekser ved hjelp av AML test . Mens
NCOA1 Hotell og
NCOA3
under komplekser viste ikke forening,
NCOA2
sub-kompleks viste en signifikant sammenheng (p
generelle = 0,011) ( Tabell 4), som forble signifikant etter korrigering for å teste tre under komplekser (P
generelle = 0,033).
Validering analyse ved hjelp av en inne Silico Replication Set
Selv om kumulative genetiske varianter i P160 familie kompleks var ikke signifikant etter flere justeringer, videre sub
–
kompleks analyse kan tyde kilden til signalet ligger på
NCOA2
sub-kompleks. Derfor prøvde vi å validere resultatet i en uavhengig europeisk datasett 1265 endometrial kreft-tilfeller og 5190 kontroller der GWAS genotyping finnes data [19]. Vi hentet SNPs fra Illumina infinium 610K rekke panel ligger innen 5 kb flankerer de fem genene til sub-komplekset. I alt ble 65 SNPs identifisert og 53 SNPs passert kvalitetskontroll (tabell S4). Dekningen av felles SNPs var 96% i
NCOA2
, 86% i
CREBBP
, 80% i
CARM1
, 50% i
EP300 Hotell og 20% i
PRMT1 plakater (tabell S5). AML test ble påført på hver av de fem genene og hele sub-kompleks (tabell 5), men ingen av dem viste signifikant sammenheng (p = 0,71 for den sub-kompleks).
tilstrekkelige genotypet SNPs og høy dekning mulig for oss å utføre godtgjørelses analyse på de to genene,
NCOA2 Hotell og
CREBBP
i både den svenske og den europeiske prøvene. Totalt 19 SNPs på
CREBBP
og 270 SNPs på
NCOA2
ble delt mellom de to datasettene. Vi utførte meta-analyse av resultatene for disse SNPs på tvers av de to datasettene. Men ingen SNP ble funnet å være signifikant assosiert med risiko for livmorkreft (Tabell 6 og Tabell S6).
Diskusjoner
Så vidt vi vet, er dette den første omfattende analyse av foreningen mellom polymorfismer av ER kofaktor gener og livmorkreft risiko. Vi fant ikke signifikant sammenheng mellom enkelt SNPs eller individuelle gener assosiert med risiko for endometriekreft. Selv om den genetiske variasjonen i
NCOA2
kompleks som helhet er marginalt forbundet med risiko for endometriekreft i den svenske befolkningen, vi klarte å validere dette funnet i en uavhengig studie av emner av europeisk herkomst.
Perissi og Rosenfeld [13] beskrevet et stort antall coregulator-komplekser som er engasjert i eR mediert transcriptional regulering med ulike funksjoner og enzymatiske aktiviteter. En studie utført av Lee og kolleger vist at
NCOA2
,
CARM1 Hotell og
EP300
eller
CREBBP
danne et trefoldig kompleks som kan forbedre østrogenreseptoren ( ER) -funksjonen på en synergistisk måte [15]. Selv om oppdagelsen analyse i vår studie viste med marginal betydning at den kumulative effekten av flere varianter av
NCOA2
kompleks kan ha et bidrag til risiko for livmorkreft, foreningen ikke klarte å bli kopiert i et uavhengig utvalg.
Det er blitt rapportert [20], [21] som eR coactivators er mer vanlig uttrykt i eR-positiv endometrial cancer eller godt differensiert, hormonrelatert livmorkreft i stedet for eR-negativ endometrial cancer. Det er derfor sannsynlig at de ER kofaktorer regulere østrogen å binde seg til østrogenreseptorer i ER-positive livmorkreft. Dessverre klarte vi ikke å utføre undergruppen analyse på grunn av utvalgsstørrelsen begrensning og ER statusinformasjon mangel. Som
NCOA2
komplekset består av 5 gener (
NCOA2
,
CARM1
,
CREBBP
,
PRMT1 Hotell og
EP300) Hotell og dekning av felles SNPs er lav (50% i
EP300 Hotell og 20% i
PRMT1
) i valideringsprøvene, var vi ikke i stand til å finne en estimert de SNPs analysert i oppdagelsen studien. Alder og andre risikofaktorer kan potensielt påvirke resultatene, men dessverre kunne vi ikke utføre justeringen på grunn av mangel på informasjon i valideringsstudie.
Befolkning stratifisering er en viktig sak for genetisk tilknytning studien. For validerings data fra denne studien, alle kontrollene var fra UK og hadde blitt nøye undersøkt for å utelukke eventuelle emner av ikke-europeisk herkomst [22]. Alle sakene var fra Australia og var også av europeisk herkomst. Derfor kontrollene og saker er av samme etniske opphav. Videre er dette datasettet er brukt i en tidligere publisert GWAS analyse [19] hvor PCA-analyse viste at populasjonen stratifisering er ubetydelig. Konsekvent, er λ
GC verdien av genom resultatene svært liten (1,04). Samlet utgjør disse resultatene antydet at sakene og kontrollene av validering datasettet brukt i denne studien var godt matchet genetisk, og de genetiske foreningen resultatene av denne studien bør ikke lide den negative virkningen av befolkningen lagdeling.
Den aktuelle studien ga en omfattende analyse av vanlige genetiske varianter innen ER kofaktor gener. For det første et stort antall kode SNP omfattet et gjennomsnitt på 91% av vanlig variant (MAF 5%) i løpet av 60 kandidatgener basert på HapMap CEU data (NCBI36) (Tabell S1). Den gjennomsnittlige dekningen ble redusert til 64% basert på 1000Genomes CEU data (NCBI37), men antall fangede SNPs økt fra 2585 til 5084. Imputation analyse ble utført i oppdagelsen og valideringsprøver for å vurdere ytterligere utypede SNPs og for å sikre at den samme sett polymorfismer ble analysert i oppdagelsen og replikering prøver. Med en total utvalgsstørrelse på 1829 tilfeller og 6700 kontroller, vår studie hadde en samlet effekt på 85% ved et signifikansnivå på 0,05 for å påvise en årsaks allel med MAF enn 0,1 og eller over 1,2 for livmorkreft. Vi har imidlertid ikke funnet noen bevis for foreningen, til tross for at foreningen ble evaluert ved hjelp av individuelle SNP, gener eller ER kofaktor komplekse baserte tester. Derfor har vår studie viste at vanlige polymorfismer innenfor disse genene er usannsynlig å spille en betydelig rolle i den samlede risiko for endometriekreft i europeiske befolkningen. Men vi kan ikke utelukke at noen SNPs kan være assosiert med livmorkreft overlevelse. Videre studier vil være nødvendig for å undersøke om vanlige varianter med svakere effekt eller sjeldne varianter innenfor disse genene kan spille en rolle i å påvirke livmorkreftrisiko og overlevelse.
Materialer og metoder
Etikk erklæringen
Denne studien ble godkjent av Institutional Review Boards i Sverige og National University of Singapore, National Health and Medical Research Council of Australia og Wellcome Trust sak Kontroll Consortium Storbritannia. Pasientene i dette manuskriptet har gitt skriftlig informert samtykke til offentliggjøring av rammeverk deler.
studiepopulasjonen og DNA Extraction
svenske befolkningen.
Tabell 1 oppsummerer opprinnelse, og antall tilfeller og kontroller som brukes i denne studien. Fag var fra to uavhengige populasjoner fra Sverige og scenen en prøve sett en nylig publisert livmorkreft GWAS [19]. Detaljer om den svenske befolkningen utvelgelsesprosessen for denne studien er publisert tidligere [23], [24]. I korte trekk, 564 av alle livmorkrefttilfeller blant kvinner 50-74 år ble identifisert gjennom landsdekkende kreftregistre i Sverige mellom 1994 og 1995. I løpet av denne perioden, 1510 age-frekvens matchede kontroller ble tilfeldig valgt fra den svenske registeret av hele befolkningen. Alle saker og kontroller uten noen tidligere malignitet ble rekruttert til studien. Bare kvinner med en intakt livmor ble ansett som kvalifisert kontroller. Alle kvalifiserte fag som tilbys risikofaktor informasjon, inkludert alder, reproduktiv historie og kroppsmasseindeks (tabell S2), som ble innhentet via spørreskjema.
I silico
validering datasett.
våre validering av data ble hentet fra den første fasen av en GWAS av livmorkreft, detaljert andre steder [19]. Oppsummert stadium 1 tilfellene var primær endometrioid subtype livmorkreftpasienter rapporterer europeisk opphav fra Australia (Australian National livmorkreft Study (ANECS)) og Storbritannia (Studier av epidemiologi og risikofaktorer i Cancer arvelighet (SØK) Trinn 1 kontrollene var genotypet som en del av Wellcome Trust sak Kontroll Consortium (WTCCC) fra England, og inkluderte 2,694 kontroller fra 1958 Birth Cohort (1958BC) (en populasjonsbasert studie i Storbritannia av personer født i en uke i 1958) og 2,496 kontroller identifisert gjennom UK National Blood Tilbud (NBS) [22]. opplysninger om epidemiologiske risikofaktorer for case-fag fra ANECS og SØK ble samlet inn ved hjelp av respektive spørreskjemaer fra de to studiene. Men denne informasjonen var ikke tilgjengelig for denne studien.
for oppdagelsen og valideringsprøvene, bio-prøven ble samlet inn ved hjelp skriftlig informert-samtykke prosedyrer godkjent av de respektive institusjonelle gjennomgang boards.
Kandidat Gene, Tagging SNP Utvalg og Genotyping
detaljene i eR kofaktor gener og tag SNP utvalg har tidligere blitt beskrevet [25]. I korte trekk, ble genet valg basert på kriteriene at genet skal koden for en ER kofaktor protein. Vi valgte tag SNPs innenfor 60-kandidat gener basert på HapMap CEU data (Rel # 22 /fase II Apr07, på NCBI B36 montering, dbSNP B126). Ved hjelp av en parvis SNP merking tilnærming med r
2 0,8 i Haploview [26] (versjon 4), ble 806 tagging SNP’er med MAF enn 0,05 velges innenfor introner, eksoner og 5 kb region som flankerer av hvert gen. Totalt 790 tagSNPs over 60 gener ble vellykket designet og genotypet i alle tilgjengelige DNA-prøver fra tilfeller og kontroller med Illumina Golden analysen å følge produsentens instruksjoner. Blant dem, ble 105 SNP’er utelukkes på grunnlag av 81 SNP som har en anropsfrekvens mindre enn 0,96, 6 SNP’er sviktende en Hardy-Weinberg Equilibrium test (P (0,05 /685)) og 18 SNP’er som har en MAF 0,01. Til slutt, 685 tagSNPs ble tatt med i den statistiske analysen. Genotyping ble duplisert i 2% av prøvene, og det var samstemmighet av . 99% mellom dupliserte prøvene, noe som tyder på høy genotyping nøyaktighet
For valideringen analysen, SNPs på genet
NCOA2
,
CREBBP
,
PRMT1
,
EP300 Hotell og
CARM1
ble trukket fra 610 K panel basert på den fysiske plasseringen av 5 kb flanken bestemt gen regioner. Detaljene for genotyping er blitt beskrevet tidligere [19]. Kort fortalt saker ble genotypet med Illumina infinium 610 K matrise og kontroller ble genotypet ved hjelp av en Illumina infinium 1,2 M array (tabell 1). Følgende kriterier ble brukt for SNPs filtrering: takst ≥95% hvis MAF ≥5% (eller ring hastighet ≥99% hvis MAF 5%), HWE P 10
-12 (tilfeller) (eller HWE P 10
-7 hvis ingen avvik med kontrollgruppene) og P 10
-6 (kontroller). Det dupliserte konkordans var over 99,9%. Saker og kontroller ble begrenset til følgende kriterier: kjønn på alle prøvene ble bekreftet å være kvinne; identiteten-by-nedstigning analyse basert på identitet-by-state ble gjennomført for å oppdage første-graders kryptiske forhold; prinsippet komponentanalyse (PCA) ble benyttet for å fjerne ikke-europeisk opphav og alle prøver med lav eller høy heterozygositet ( 0,65 eller 0,68) eller ring hastighet 97% ble ekskludert. Til sammen 1265 tilfeller og 5190 kontroller ble brukt for analyse.
Statistical Analysis
For å vurdere risikoen sammenheng mellom SNPs og livmorkreft risiko, per-allelet odds ratio (ORS) og 95% konfidensintervall ble estimert ved hjelp av en logistisk regresjon i både svenske og validering GWAS genotyping data. Cochran-Armitage trend test ble anvendt for å beregne P-verdiene. Som kontrollene var yngre enn saker i den svenske studien, alder ved diagnose /påmelding (som en kontinuerlig variabel) ble inkludert for justering. Vi brukte en Bonferroni korreksjon for å justere for multiple testing (685 tester av krets), selv om dette er rime som ikke alle testene er uavhengige. Som informasjon om alder var fraværende fra gitt GWAS data, utførte vi en un justert analyse for valideringssettet.
Totalt bevis for sammenheng mellom genetiske varianter i ER kofaktor kompleks og livmorkreft ble evaluert med blandingen Maximum Likelihood (AML) metoden, som er beskrevet i detalj i Tyrer et al [27] og i vårt tidligere studium [18]. Kort fortalt, programvaren for AML testen vurderer forsøket messig betydning ved å undersøke den empiriske fordelingen av enkelt markør test statistikk basert på en «pseudo-likelihood ratio» test, sammenligner forholdet mellom verdiene av de optimaliserte likelihoods under null og alternative hypoteser for de observerte data, med de tilsvarende verdier hentet fra datasettene med case-control status permuted tilfeldig. Fremgangsmåten er basert på å montere en blanding modell til fordeling av teststatistikken, og har to komponenter, en som representerer SNP’er som er uavhengig av den case-control status, den andre representerer SNPs forbundet med case-control status. For å avgjøre om det foreligger en kumulativ effekt fra flere varianter, er Cochran-Armitage test statistikk for den tilhørende SNPs antas å ha samme ikke-sentrale parameterverdien (chi-kvadrat). Den felles virkning størrelsen av de tilhørende SNP i komplekset er også beregnet ved hjelp av den ikke-sentralitet parameter. Vi utførte AML-basert global test av foreningen for de fem ER kofaktor komplekser, 3 under komplekser og 60 ER kofaktor gener spesifikk analyse på svensk analyse, samt for NCOA2 sub-kompleks i valideringen dataanalyse. Denne testen vurderer forsøket messig betydning ved å undersøke den empiriske fordelingen av enkelt markør test statistikk, for å avgjøre om det foreligger en kumulativ effekt fra flere varianter.
For godtgjørelses analyse av
NCOA2
(Chr8: 71181-71484 kbp) og
CREBBP plakater (Chr16: 3720-3875 kbp), tilregnet vi de to regionene i de to datasett: 2074 svenske prøver og 6455 valideringsprøver, ved å bruke deres genotypede SNPs som genotyper alt passert QC terskler (takst 90%, MAF 1%, HWE P 10
-6 i kontroller). Imputation ble utført ved hjelp av data fra 1000 genomer [28] som referansepanel 0 og data fra HapMap III [29] som referansepanel 1 (CEU data) i en enkelt godtgjørelses analyse, som anbefalt av forfatterne av Impute2. Beregnet genotyper med sannsynlighet mindre enn 90% ble ekskludert; og SNPs med impute info mindre enn 80%, MAF mindre enn 1%, HWE P 0,0001 i kontroller og mangler hastighet større enn 10% av genotyper ble utelatt fra videre analyse. Association testing ble utført i plink [29] ved hjelp Cochran-Armitage trend test for å analysere genotype-fenotype foreningen i begge studiene. I meta-analysen ble Cochran-Mantel-Haenszel test brukes til å teste genotype-fenotype foreningen i de kombinerte prøvene ved å behandle de to individuelle prøvene som uavhengige studier. Den Breslow-dagers test og Q-testen ble utført for å vurdere betydningen av heterogenitet blant enkeltstudier.
SNP foreningen analyser ble utført ved hjelp av Stata versjon 8.0 (StataCorp, College Station, TX, USA). Koblingsulikevekt (LD) beregningen ble utført i Haploview versjon 4.1 [26]. AML-analyse ble utført ved anvendelse av en programvare erholdt fra forfatterne av fremgangsmåten i [27]. Programvare Quanto versjon 1.2.3 ble anvendt for strøm estimering [30]. Programvaren tilregner versjon 2 [31], [32] ble brukt for imputing genotype data av utypede SNPs.
Hjelpemiddel Informasjon
Tabell S1.
Dekning evaluering av vanlige varianten i 60 ER kofaktor gener
doi:. 10,1371 /journal.pone.0042445.s001 plakater (DOC)
Tabell S2.
Utvalgte kjennetegn ved funn utvalget satt i svenske befolkningen
doi:. 10,1371 /journal.pone.0042445.s002 plakater (DOC)
tabell S3.
Gene-basert AML test i livmorkreftrisiko i svenske befolkningen
doi:. 10,1371 /journal.pone.0042445.s003 plakater (DOC)
Tabell S4. .
P-verdier på 53 SNPs hentet fra GWAS etter PCA justering
doi: 10,1371 /journal.pone.0042445.s004 plakater (DOC)
Tabell S5.
Dekning sammenligning av fem NCOA2 under komplekse gener mellom svensk studie og GWAS analyse
doi:. 10,1371 /journal.pone.0042445.s005 plakater (DOC)
Tabell S6.
Delt kalkulatoriske og genotypet SNPs i både svensk og GWAS analyse på NCOA2 og CREBBP gener
Doi:. 10.1371 /journal.pone.0042445.s006
(DOC)
Takk
Vi vil gjerne takke Heng Khai Koon og Ong Eng Hu Jason for genotyping, Frans Verhoeff for behandling av genotyping data.
Vi er også takknemlige for alle de kvinnene som tok seg tid og krefter på å delta i denne studien.
ANECS og SØK takk Penny Webb og ANECS forskerteamet, den østlige Cancer Registrering og Informasjonen og SØK forskerne, de mange institusjonene og deres ansatte som støttet rekruttering, og erkjenner bidrag av vår kliniske og vitenskapelige medarbeidere og deres ansatte. Se https://www.anecs.org.au/for full liste av ANECS Group og andre bidragsytere til ANECS
SØK
samarbeidspartnere inkluderer
.
Caroline Baynes Don Conroy, Bridget Curzon, Patricia Harrington, Sue Irvine, Clare Jordan, Craig Luccarini, Rebecca Mayes, Hannah Munday, Barbara Perkins, Radka Platte, Anabel Simpson, Anne Stafford og Judy West.
