Abstract
Funksjonell genetiske variasjoner spiller viktige roller i å forme fenotypiske forskjeller mellom individer gjennom å påvirke genekspresjon, og dermed svært egnet til å påvirke sykdom følsomhet, slik som cancer susceptibility. Et kritisk spørsmål i denne epoken av post-genom brede assosiasjonsstudier (GWAS) er hvordan man skal vurdere den funksjonelle betydningen av genetiske variasjoner identifisert fra GWAS. I denne studien, med lymfoblastoide cellelinjer (LCLer) fra 74 ikke-relaterte kvinner med familiær eggstokkreft og 47 ubeslektede kontroller matchet på kjønn og rase, vi utforsket sammenhengen mellom syv eggstokkreft risikovariantene identifisert fra GWAS (
rs3814113
på 9p22.2,
rs2072590
på 2q31,
rs2665390
på 3q25,
rs10088218
,
rs1516982
,
rs10098821
på 8q24.21, og
rs2363956
på 19p13) og hele genom mRNA uttrykk profiler. Vi observerte 95 betydelige trans-assosiasjoner på en permutasjon nivå på 0,001. Sammenlignet med de andre risikovariantene,
rs10088218
,
rs1516982
, og
rs10098821
på 8q24.21 hadde flest signifikante sammenhenger (25, 16, og 38, henholdsvis). Det ble observert to mulige cis-assosiasjoner mellom
rs10098821 Hotell og
c-myc
, og
rs2072590 Hotell og
HS.565379 plakater (permutert P = 0,0198 og henholdsvis 0,0399,). Pathway berikelse analyse viste at flere viktige biologiske mekanismer, som for eksempel cellesyklusen (P = 2,59 × 10
-06), etc, var betydelig overrepresentert. Ytterligere karakterisering av signifikant sammenheng mellom mRNA og risikolene kan lette forståelsen funksjonene GWAS oppdaget risiko alleler i den genetiske etiologien av eggstokkreft
Citation. Zhao H, Shen J, Wang D, Gregory S, Medico L Hu Q, et al. (2012) Sammenhenger mellom genuttrykk Variasjoner og eggstokkreft Risiko Alleler Identifiserte fra Genome Wide Association Studies. PLoS ONE 7 (11): e47962. doi: 10,1371 /journal.pone.0047962
Redaktør: Yi Xing, Universitetet i Iowa, USA
mottatt: May 1, 2012; Godkjent: 19 september 2012; Publisert: 02.11.2012
Copyright: © 2012 Zhao et al. Dette er en åpen-tilgang artikkelen distribueres under betingelsene i Creative Commons Attribution License, som tillater ubegrenset bruk, distribusjon og reproduksjon i ethvert medium, forutsatt den opprinnelige forfatteren og kilden krediteres
Finansiering:. Dette arbeidet ble støttet av National Institutes of Health (5R01CA136483 til HZ og P30 CA016056 til Roswell Park Cancer Institute); Ralph Wilson Medical Foundation (til HZ); Department of Defense Eggstokkreft Program (OC073116 til HZ), og Roswell Park Alliance Foundation (til HZ). Finansiører hadde ingen rolle i studiedesign, datainnsamling og analyse, beslutning om å publisere, eller utarbeidelse av manuskriptet
Konkurrerende interesser:.. Forfatterne har erklært at ingen konkurrerende interesser eksisterer
Innledning
Nylig genom brede assosiasjonsstudier (GWAS) har nå identifisert en rekke genetiske variasjoner som jf risiko for kreft hos mennesker [1] – [3]. Men de fleste risikovariantene identifisert fra GWAS bor i intergeniske, intronic, og andre ikke-kodende regioner i genomet [4]. Derfor de observerte foreninger har ennå ikke oversatt til en full forståelse av gener og genetiske elementer som medierer sykdom mottakelighet. Hvordan studere funksjonelle betydningen av disse GWAS treffer utgjør en stor utfordring i dette innlegget-GWAS æra. Ett av alternativene kan være etterforskningen av genetikk av genuttrykk. Flere landemerke studier har entydig vist at mange transkripsjoner i det menneskelige genom er påvirket av arvelig variasjon [5] – [9]. Funksjonell genetisk variasjon, noe som fører til genuttrykk endringer, kan spille en avgjørende rolle i å bestemme fenotypiske forskjeller mellom individer, og dermed er svært egnet til å påvirke sykdom mottakelighet. Som sådan, studere sammenhenger mellom genetisk variasjon og genuttrykk kan potensielt hjelpe prioritere fin-kartlegging innsats og gi en snarvei til sykdom biologi.
Epitelial ende ovarialcancer er en av de vanligste gynekologiske kreftformen hos kvinner [ ,,,0],10]. Familiehistorie er den sterkeste risikofaktoren for eggstokkreft. Sammenlignet med en 1,6% levetid risiko for å utvikle eggstokkreft i den generelle befolkningen, kvinner med en første-graders slektning med eggstokkreft har en 5% risiko. Familiær clustering med en autosomal dominant arvemønster (arvelig eggstokkreft) resultater fra bakterie linjer mutasjoner i antatte tumorsuppressorgener (TSGs), for eksempel
BRCA1 /2
og
MLH1 /MSH2
gener [11] – [14]. Men kjente mutasjoner i
BRCA1 /2
og mismatch reparasjon (
MMR
) gener kan bare forklare en liten del av den familiære aggregering av kreft i eggstokkene (5-13%). Dette tyder på at andre genetiske hendelser kan bidra til familiære eggstokkreft. Flere GWAS har blitt gjort i eggstokkreft og flere risikovarianter som er identifisert, inkludert
rs3814113
på 9p22,
rs2072590
på 2q31,
rs2665390
på 3q25,
rs10088218
,
rs1516982
,
rs10098821
på 8q24, og
rs2363956
på 19p13 [1] – [3]. Imidlertid er den funksjonelle betydning av disse risiko variantene i stor grad ukjent. Dermed studere sammenhenger mellom genuttrykk og eggstokkreft risiko alleler identifisert fra GWAS kan hjelpe koble risiko varianter til sine mulige målgener /karakterutskrifter og biologiske mekanismer.
For å studere sammenhengen mellom genuttrykk og eggstokkreft risiko alleler vi fått hele genomet mRNA uttrykk profiler i 121 ikke-redundante lymfoblastoid cellelinjer (LCLer) stammer fra 74 ikke-relaterte familiære eggstokkreft pasienter som er ikke-bærere av kjente
BRCA1 /2
og
MMR
genmutasjoner, samt 47 ikke-kreft urelaterte familie kontroller. Vi genotypede syv eggstokkreft risiko varianter oppdaget fra GWAS i disse 121 cellelinjer og studert deres foreninger med genuttrykk variasjoner. Så vidt vi vet, er dette den første genom-wide studie for å evaluere sammenhenger mellom mRNA expression variasjoner i LCLer av familiære eggstokkreft krefttilfeller og GWAS oppdaget eggstokkreft risiko alleler [1] -. [3] Hotell
Resultater
lymfoblastoide cellelinjer ble avledet fra blodprøver av 74 ikke-relaterte kvinner med familiær eggstokkreft og 47 un-relaterte kreftfrie kontroller rekruttert for GRFOCR (se Methods). Genuttrykk profiler ble generert ved hjelp av Illumina humane HT-12 v3 Expression BeadChips. Vi filtrerte data behandles for å inkludere gener med uttrykket over bakgrunns i minst 25% av prøvene (n = 121). Totalt 10,435 mRNA gener ble beholdt for videre analyse.
For hver prøve, de syv variantene identifisert fra tre eggstokkreft GWAS ble genotypet med StepOnePlus ™ Real Time PCR system og Analyser-on-Demand SNP genotyping produkter (se Methods). Vi vurderte de potensielle konsekvensene av disse GWAS oppdagede varianter i eggstokkreft, ved å utføre foreningen analyse for å analysere sammenhenger mellom mRNA expression variasjoner og variant genotyper. Signifikante sammenhenger ble identifisert ved å evaluere forholdet mellom varianter av mRNA uttrykk nivåer (med alder og case-control status justert) og variant genotyper gjennom 10000 permutasjoner. Antall signifikante assosiasjoner ved permutasjon nivå terskel på 0,05, 0,01 og 0,001 ble oppsummert i tabell 1. liste over utvalgte topprangerte signifikante sammenhenger (permutert P ≤ 0.001 og r
2≥0.095) er vist i tabell 2. en av de mest betydningsfulle assosiasjoner er observert mellom
rs10098821 Hotell og
IER3
genet (permutert P 0,0001).
IER3
, er en stress-induserbar umiddelbar tidlig respons gen, hvis funksjoner inkluderer celleproliferasjon og apoptose regulering. Det har blitt funnet at dette genet er pro-apoptotiske i utvikling av kreft i eggstokkene [15].
rs10098821
forklarer 13% av variasjonen i
IER3
«s uttrykk nivå målt ved justert r
2.
Interessant, de tre varianter fra 8q24 locus, nemlig
rs10098821
,
rs10088218 Hotell og
rs1516982
, hadde de største signifikante sammenhenger mellom alle syv varianter. Ved 0,05 permutasjon terskel, antallet signifikant sammenheng med disse tre varianter var 959, 821 og 618. Antallet var 251, 194 og 139 ved den strengere permutasjon terskel på 0,01, og 38, 25 og 16 på terskelen til 0.001 . Disse tre variantene dele en rekke betydelige mRNA genuttrykk foreninger. På 0,05 permutasjon terskel, tre hundre og tolv mRNA, som står for 33% av mRNA korrelert med
rs10098821
, 38% av mRNA korrelert med
rs10088218
, og 50% av mRNA korrelert med
rs1516982
, er korrelert med alle tre varianter (Figur S1). For eksempel nivåer av
fance plakater (Fanconi anemi, komplemente gruppe E) uttrykk er signifikant assosiert med
rs1516982 plakater (permutert P = 8,0 × 10
-4, justert r
2 = 10,3%),
rs10098821 plakater (permutert P = 0,0037, justert r
2 = 7,0%) og
rs10088218 plakater (permutert P = 0,0312, justert r
2 = 3,4%), men ingen av de andre fire SNPs (figur S2).
Vi har observert to mulige
cis
-associations der varianten genomisk plasseringen er innenfor 1 Mb rundt sonden targeting genet . En
cis
-association er mellom
rs10098821 Hotell og
c-myc
genet, som er 806 kb unna variant (permutert P = 0,0198, figur 1), og den andre er mellom
rs2072590
og
HS.565379
, som er 697 kb fra variant (permutert P = 0,0399, ikke vist).
rs10098821
forklart ca 4,0% av variasjonen i
c-myc
uttrykk målt ved justert r
2. Personer med T variant lene har statistisk signifikant lavere uttrykk for
c-myc
sammenlignet med de uten T variant alleler.
rs2072590
forklart om lag 4,4% av variasjonen i
HS.565379
uttrykk.
HS.565379
har blitt funnet å vise vev-spesifikke uttrykk i livmoren og livmor svulst basert på EST-baserte genuttrykk profilering [16].
boxplot viser forholdet mellom log
2 rester av
c-myc
uttrykk nivåer (justert for alder og case-control status) og genotype av
rs10098821
.
rs10098821
forklart ca 4,0% av variasjonen i
c-myc
uttrykk målt ved justert r
2.
Deretter undersøkte vi om det er noen signifikant sammenheng mellom disse syv varianter og kjente eggstokkreft risikogener, inkludert
BRCA1 /2
,
MMR
gener,
p53
,
etc.
Vi har ikke observere noen signifikant sammenheng mellom disse variantene og
BRCA1 /2
gener. Men fant vi flere signifikante sammenhenger mellom varianter og
MMR
gener og
p53
genet (Figur S3). For eksempel fant vi uttrykket nivået av
MLH1
genet er signifikant assosiert med
rs2072590,
en variant på 2q31 loci (permutert P = 0,0049, figur 2).
rs2072590
forklarte om 8,3% av variasjonen i
MLHL1
«s uttrykk nivå. Uttrykk for
p53
genet er signifikant assosiert med
rs2665390 plakater (permutert P = 0,018, justert r
2 = 0,036),
rs1516982 plakater (permutert P = 0,028, justert r
2 = 0,035), og
rs10088218 plakater (permutert P = 0,049, justert r
2 = 0,025). I tillegg er uttrykk for
MSH5
genet er signifikant assosiert med
rs2363956 plakater (permutert P = 0,0056, justert r
2 = 0,075).
boxplot show forholdet mellom log
2 rester av
MLH1
uttrykk nivåer (justert for alder og case-control status) og genotype av
rs2072590
.
til slutt, til biologisk karakterisere disse mRNA gener signifikant assosiert med GWAS oppdaget eggstokkreft risiko alleler undersøkt her, utførte vi Gene ontologi (GO) berikelse analyse ved hjelp NCBI DAVID verktøy [17] Som vist i tabell 3, listen over betydelig beriket GÅ biologisk prosesser inkluderer «cellesyklusen» (P = 2,59 × 10
-6), «regulering av apoptose» (P = 4,37 × 10
-5), og «programmert celledød» (P = 6,93 × 10
-5). På molekylær funksjonsnivå, de betydelig beriket GO vilkår inkludere «nucleotide binding» (P = 7,43 × 10
-9), «ATP bindende» (P = 3,94 × 10
-7), «transkripsjonsfaktor bindende «(P = 1,19 × 10
-5) og» DNA helikaseaktivitet «(P = 3,41 × 10
-4).
Diskusjoner
Den genetiske etiologi av familiær eggstokkreft er fortsatt et mysterium. Kjente mutasjoner i
BRCA1 /2
og
MMR
gener kan bare forklare en liten del av den familiære aggregering av eggstokkreft. Resultatene fra de senere GWAS studier har identifisert flere vanlige genetiske varianter overdragelse risikoen for ovariekreft [1] – [3]. Men de fleste av disse variantene er ikke på protein-kodende regioner, slik at den funksjonelle betydning av disse variantene er stort sett ukjent. Denne studien viser et forsøk på å dissekere genetisk disposisjon av familiær eggstokk-kreft, så vel som belyse potensialet funksjonelle betydningen av de identifiserte risiko varianter fra GWAS. Konkret har vi undersøkt assosiasjoner mellom sju betydelige varianter identifisert fra eggstokkreft GWAS og global mRNA uttrykk
Som forventet, vi har observert et større antall fjernt (
trans Anmeldelser -). Enn lokale (
cis
-) foreninger. Blant de to identifiserte
cis
-associations, er sammenhengen mellom
rs10098821
8q24 og
c-myc
spesielt interessant. Vanlige varianter ved 8q24 har tidligere vist seg å gi følsomhet for flere kreft fenotyper, inkludert prostata, kolorektal, bryst og blærekreft [18] – [23], og tidligere funksjonelle studier har antydet at vanlige varianter i denne regionen kan være forbundet med transkripsjonen regulering av
c-myc product: [24] – [25]. De fleste risiko foreninger ved 8q24 ligger 5 «av
c-myc
, men de tre mest betydelige SNPs for eggstokkreft ligge i en tilsynelatende gen ørkenen som er 700 kb 3′
c-myc
, noe som tyder på at
c-myc
kanskje ikke målet mottakelighet genet for eggstokkreft, eller at varianter i denne regionen er også i stand til å fjerne regulering av
c-myc
. I en tidligere studie [2], Goode et al sammenlignet
c-myc
uttrykk i 48 normale eggstokkene epiteliale cellelinjer mellom individer uten
rs10098821
variant alleler og de med minst en
rs10098821
variant alleler. Ved hjelp av
GAPDH
som referanse mRNA, fant de at de uten
rs10098821
variant lene hadde høyere
c-myc
uttrykk enn de med minst en
rs10098821
variant alleler (median på relative uttrykk: 0,97 vs 0,62). Men den forskjellen ikke statistisk signifikant (p = 0,43). I likhet med sine funn, har vi observert at individer uten
rs10098821
variant lene hadde signifikant høyere nivåer av
c-myc
uttrykk i forhold til de med minst en
rs10098821
variant alleler (permutert P = 0,0198). Som vi har nevnt over, under
rs10098821
er 3 «
MYC Hotell og ligger ca 0,8 Mb unna. Hvordan dette SNP kan påvirke
MYC
uttrykket er fortsatt uklart.
Ved hjelp av disse identifiserte vesentlige foreninger i veien analyse, har vi funnet ut at genene signifikant assosiert med GWAS oppdaget eggstokkreft risiko alleler er beriket i flere viktige biologiske mekanismer, som for eksempel cellesyklus, cellulær respons på stress /skade, energi metabolisme, Transkripsjonsfaktor faktor~~POS=HEADCOMP bindende,
etc
. Interessant, mest kjente familiære eggstokkreft gener (
vil si.
,
BRCA1 /2
og
MMR
) er sentrale aktører i disse viktige veier. For eksempel har det blitt demonstrert at
BRCA1
er nøkkelen regulator i sensing DNA belastning /skade og deretter fremme cellesyklus arrest [26]. Selv om vår forening analyse ikke kan fastslå den eksakte funksjoner av disse GWAS oppdaget varianter, gir det en liste over potensielle biologiske mekanismer som man kunne fokusere på i fremtiden analyse.
Det er flere begrensninger i denne studien. For det første er mange mRNA uttrykkes i et vev-begrenset måte. Resultatene fra LCLer i denne studien er sannsynlig å representere en liten del av mRNA-ekspresjon variasjoner. Dessuten er vår evne til å studere genetikk av mRNA uttrykk begrenset av det faktum at vi bare undersøkt syv varianter i analysen, selv om disse syv varianter som er forbundet med risiko for kreft i eggstokkene i nyere GWASs. For det andre kan virkningene på karakterutskriften overflod være subtile og derfor under sensitivitetsterskelen av microarray plattform, og størrelsen på utvalget i vår studie er relativt liten. For det tredje er det en bekymring for hva resultatene faktisk bety ved måling uttrykk i ikke-svulstvev på ett tidspunkt. Det endelige målet for vår studie er å identifisere de nedarvede genetiske faktorer som bestemmer mRNA uttrykk i normalt vev i stedet for somatiske endringer av mRNA genuttrykk i tumorvev. Studier har vist at i det minste en del av mRNA-genekspresjon er genetisk bestemt. Derfor, selv på en eneste gang punkt i ikke-svulstvev, hva vi har observert fra denne studien fortsatt gir nyttig informasjon om hvordan mRNA uttrykk er genetisk regulert. Videre kan visse effekter bare bli åpenbart i visse sammenhenger, så som forstyrrelse av en bestemt vei, og kan forekomme gjennom endringer i gentranskriptene mediert av endringer i microRNAs eller ikke-kodende RNA i stedet for gjennom direkte effekter på gener. I slike tilfeller vil alternative analyser være nødvendig å implisere disse genene. Endelig signifikante sammenhenger er ikke lenger funksjonelt preget siden alle de beste assosiasjonene er trans-foreninger. Så langt er det fortsatt mangel på etablerte eksperimentelle metoder for å vurdere trans-regulering mellom SNPs og genekspresjon.
Så langt vi kjenner til, gir denne studien den første vurderingen av uttrykket nivå variant av modne menneskelige mRNA i LCLer fra familiære eggstokkkreftpasienter og friske ubeslektede kontroller. Videre studier er nødvendig for å identifisere genetiske årsaker og biologiske konsekvenser knyttet til de identifiserte betydelige foreninger. Signifikante sammenhenger identifisert i denne studien kan potensielt lette bedre forståelse av den genetiske etiologien av familiær eggstokkreft.
Materialer og metoder
Studiepopulasjon
Denne studien har blitt godkjent av Institutional Forsk (IRB) fra Roswell Park Cancer Institute. Skriftlig informert samtykke er innhentet fra alle forsøkspersonene. Data og prøver fra kvinner med eggstokkreft og deres slektninger som var kreftfrie ble innhentet fra Gilda Radner Familiær Ovarian Kreftregisteret (GRFOCR). Sytti-fire kvinner med familiær eggstokkreft ikke-relaterte ble inkludert i denne studien som sakene. De ble identifisert fra familier med arvelig eggstokkreft hvor minst to første eller andregrads slektninger hadde epitelial eggstokkreft diagnostisert i alle aldre. Alle kvinnene var ikke-bærere av
BRCA1 /2
eller
MLH1 /MSH2
mutasjoner. Over tid har ulike metoder blitt brukt til å bestemme mutasjonsstatus av
BRCA1 /2
i GRFOCR prøver. For prøver samlet inn før 2002, ble mutasjonsstatus bestemmes ved screening alle eksoner og intron /ekson spleise veikryssene
BRCA 1/2
av en kombinasjon av SSCP og HD analyse. I tillegg exon 11 av
BRCA1
ble analysert ved hjelp av proteinet trunkering test for stoppkodon generering av mutasjoner. Hvis endringer ble funnet, ble det endrete fragmentet sekvensert. Siden 2002, ble sekvensering av eksoner og skjøte veikryss brukes. I de siste 5 årene, ble alle prøvene (gamle og nye) ikke viser en mutasjon analysert for
BRCA1
store rearrangements. De kreftfrie kontroller av GRFOCR var familie slektninger av tilfellene, inkludert mødre, søstre, nieser,
osv.
Men i denne studien, valgte vi å bruke urelaterte kontroller. Urelaterte kontrollene er kvinner som ikke er slektninger av noen tilfeller brukt i denne studien. Førti-syv uavhengige kontroller ble inkludert. Sakene og kontroller ble matchet på kjønn og rase. Alle saker og kontrollene var hvite kvinner. Median alder ved kreftdiagnose for de 74 tilfellene var 47 (varierer 21-85), mens median alder for de 47 kontrollene ved innmelding i GRFOCR var 58 (varierer 26-89). Alle forsøkspersonene donert blodprøver når de ble registrert i GRFOCR. LCLer ble etablert ved EBV-transformasjon ved hjelp av isolerte lymfocytter fra blodprøvene. Studien ble godkjent av den institusjonelle IRB styret.
lymfoblastoide cellelinjer (LCLer) Kultur og RNA Utvinning
LCLer ble opprettholdt i RPMI 1640 (GIBCO BRL) media supplert med 15% føtalt kalveserum og antibiotika ved 37 ° C, 5% CO
2 atmosfæriske forhold og 95% fuktighet. Totale cellulære RNA ble isolert fra LCLer ved hjelp av TRIzol-reagens i henhold til protokollene som leveres av produsenten (Invitrogen Corp., Carlsbad, CA, USA). Purified RNA ble videre behandlet for å fjerne forurensende DNA (DNA-free kit, Ambion, Inc., Austin, TX, USA). Kvaliteten og kvantiteten av RNA ble evaluert ved 260/280 forhold med Nanodrop spektrofotometri (Nanodrop ND-1000 Technologies Inc.) og Agilent 2100 Bioanalyzer (Agilent Technologies).
Genotyping Analyse for Ovarian Cancer Risk Alleler
Seven SNP’er, som er identifisert fra tre eggstokk-kreft GWAS, ble inkludert i analysen genotyping. De er
rs3814113
på 9p22.2,
rs2072590
på 2q31,
rs2665390
på 3q25 i intron av TCDD-induserbar poly (ADP-ribose) polymerase (
TIPARP
) genet,
rs2363956
på 19p13 i ankyrin gjenta og LEM domene som inneholder en (
ANKLE1
) genet,
og rs10088218
,
rs1516982
, og
rs10098821
på 8q24.21.
rs2363956
er et nonsynomous SNP som fører til en Leu Trp til aminosyre-endring. Genotyping analyse ble utført med StepOnePlus ™ Real Time PCR system og Analyser-on-Demand SNP genotyping produkter for fluorogent polymerase chain reaction allel diskriminering (Applied Biosystems). Hver PCR-reaksjon plate inkludert negative kontroller, positive kontroller, og ukjente prøver. De mindre allelfrekvenser for hver SNP i sakene og ubeslektede kontroller var 0,346 /0,298 (P = 0,65) for
rs3814113
, 0,3 /0,368 (P = 0,84) for
rs2072590
, 0.081 /0.060 (P = 0,60) for
rs2665390
, 0.149 /0.107 (P = 0,13) for
rs10088218
, 0,167 /0,119 (P = 0,06) for
rs1516982
, 0,127 /0.071 (P = 0,07) for
rs10098821
, og 0,432 /0,488 (P = 0,20) for
rs2363956
. De genotyping data har blitt deponert i NCBI Gene Expression Omnibus (GEO) med tiltredelse antall GSE37582.
Gene Expression Microarray
To hundre nanogram total RNA fra hver prøve ble merket og hybridisert på Illumina menneskelig HT-12 v3 Expression BeadChips i henhold til produsentens anbefalinger (Illumina Whole-Genome Gene Expression guide). Uttrykket profiler har blitt deponert i NCBI Gene Expression Omnibus (GEO) med tiltredelse antall GSE37582.
Statistical Analysis
Den rå intensitet Illumina menneskelige HT-12 v3expression matrise ble skannet og hentet hjelp BeadScan, med dataene korrigert av bakgrunnen subtraksjon i GenomeStudio modulen. Den lumi pakken i R-baserte Bioconductor pakken ble brukt til å normalisere loggen
2 transformintensitetsdata ved hjelp av quantile normalisering algoritmen. For kvalitetskontroll av dataene, utelukket vi probene med deteksjon P-verdi 0,05 (P-verdier ble samlet i BeadStudio programvare) på minst 25% (n = 121) av prøvene. Totalt 10,435 mRNA-gener passert kvalitetskontroll trinnet og ble anvendt for genetisk analyse. Foreningen av SNP genotype med rester uttrykksnivået justert for alder og case-control status ble beregnet ved bruk av lineær regresjonsmodell som beskrevet tidligere (27). Ti tusen permutasjoner av uttrykket fenotyper forhold til SNP genotyper ble utført (28-29). For å utlede P-verdier justert for multippel testing, bestemt vi prosentandelen av ganger av 10000 permutasjoner at den observerte P-verdien ble overskredet i permuted dataanalyse.
Hjelpemiddel Informasjon
Figur S1.
Venn-diagram som viser overlapping av mRNA gener signifikant (permutert P 0,05) forbundet med de tre GWAS oppdaget SNPs fra 8q24 locus.
doi: 10,1371 /journal.pone.0047962.s001 plakater (TIF)
Figur S2.
signifikant sammenheng mellom genotypene av de tre variantene på 8q24 locus og
fance
uttrykk fenotyper. Den boxplot viser forholdet mellom log
2 rester av
fance
uttrykk nivåer (justert for alder og case-control status) og genotype av
rs1516982 plakater (topp, permutert P = 8,0 × 10
-4, justert r
2 = 10,3%),
rs10098821 plakater (midten permutert P = 0,0037, justert r
2 = 7,0%) og
rs10088218
(nederst, permutert P = 0,0312, justert r
2 = 3,4%)
doi:. 10,1371 /journal.pone.0047962.s002 plakater (TIF)
Figur S3.
Vesentlige assosiasjoner mellom varianter genotyper og
p53
uttrykk fenotyper. Den boxplot viser forholdet mellom log
2 rester av
p53
uttrykk nivåer (justert for alder og case-control status) og genotype av
rs2665390 plakater (topp, permutert P = 0,0181 justert r
2 = 3,6%),
rs1516982 plakater (midten permutert P = 0,0279, justert r
2 = 3,5%) og
rs10088218 plakater (bunn, permutert P = 0,0494, justert r
2 = 2,5%)
doi:. 10,1371 /journal.pone.0047962.s003 plakater (TIF)
