Abstract
Bakgrunn
endret sammensetning av immun celler i perifert blod er blitt rapportert å være assosiert med kreft pasientens overlevelse. Imidlertid er analyse av sammensetningen av perifere immunceller ofte begrenset i retrospektive overlevelses studier som anvender doserte blodprøver med langvarig oppfølging fordi anvendelsen av flowcytometri til slike prøver er problematisk. Målet med denne studien var å demonstrere gjennomførbarheten av dekonvolvering blodbaserte genuttrykk profiler (GEPs) for å anslå andelen av immunceller og bestemme deres prognostiske verdier for kreftpasienter.
Metoder og resultater
Her bruker GEPs fra perifere mononukleære blodceller (PBMC) av 108 ikke-småcellet lungekreft (NSCLC) pasienter, dekonvolveres vi immuncelle proporsjoner og analysert deres tilknytning til pasientens overlevelse. Univariate Kaplan-Meier-analysen viste at en liten andel av T-celler var signifikant assosiert med dårlig pasientoverlevelse, som var andelen av T-hjelperceller; imidlertid bare andelen av T-celler var uavhengig prognostisk for pasienter ved en multivariat Cox regresjonsanalyse (hazard ratio = 2,23; 95% CI, 1,01 til 4,92;
p
= 0,048). Tatt i betraktning at endrede perifert blod komposisjoner kan reflektere endrede immunresponser i svulstens mikromiljø, basert på en vev-baserte GEPs av NSCLC pasienter, viste vi en signifikant sammenheng mellom dårlig pasient overlevelse og lavt nivå av antigen presentasjon, som spiller en avgjørende rolle i T celleproliferasjon.
Konklusjoner
Disse resultatene viser at det er mulig å dekonvolvere GEPs fra banked blodprøver for retrospektive overlevelsesanalyse av endringer i immuncellesammensetning, og foreslå andelen av T-celler i PBMC som kan reflektere den antigenpresentasjon nivå innen tumoren mikromiljøet kan være en prognostisk markør for NSCLC
relasjon:. Qi L, Li B, Dong Y, Xu H, Chen L, Wang H, et al. (2014) Deconvolution av genuttrykk profiler av verdifulle banked blodprøver for å studere den prognostiske Verdier av Altered Peripheral immunceller proporsjoner hos kreftpasienter. PLoS ONE 9 (6): e100934. doi: 10,1371 /journal.pone.0100934
Redaktør: Sharon A. Glynn, National University of Ireland Galway, Irland
mottatt: 27 januar 2014; Godkjent: 01.06.2014; Publisert: 24 juni 2014
Copyright: © 2014 Qi et al. Dette er en åpen-tilgang artikkelen distribueres under betingelsene i Creative Commons Attribution License, som tillater ubegrenset bruk, distribusjon og reproduksjon i ethvert medium, forutsatt den opprinnelige forfatteren og kilden krediteres
Finansiering:. Dette arbeidet ble støttet av Natural Science Foundation National of China (Grant nr. 91029717, 81071646, 81372213 og 81201822), og forskningsfond for doktorgradsutdanning av høyere utdanning i Kina (Grant nr 20112307110011). Finansiører hadde ingen rolle i studiedesign, datainnsamling og analyse, beslutning om å publisere, eller utarbeidelse av manuskriptet
Konkurrerende interesser:.. Forfatterne har erklært at ingen konkurrerende interesser eksisterer
Innledning
immun~~POS=TRUNC mot tumorceller i svulsten mikromiljøet spiller avgjørende roller i fastsettelse av tumorprogresjon [1], [2]. En bedre forståelse av disse immunresponser kunne avsløre immunrelaterte markører som kan brukes for å stratifisere kreftpasienter med forskjellige risiko for tilbakefall eller død [3], [4]. For eksempel er høye tettheter av tumor-infiltrerende lymfocytter og dendrittiske celler assosiert med forlenget overlevelse i en rekke forskjellige maligniteter, inkludert ikke-småcellet lungekreft (NSCLC) [5], [6], [7], kolorektal kreft [8 ], [9], og eggstokk-kreft [10], [11]; tilskrives deres grunnleggende rolle i anti-tumor-immunitet. Det er kjent at immunceller svare dynamisk til variasjoner i svulsten mikromiljøet [12], [13], og dermed kontinuerlig overvåke disse varierende immunresponser kan legge til rette for forebygging av kreft tilbakefall eller forverring ved at behandlingsprotokoller som skal moduleres på en riktig måte. Imidlertid kan den immunrelaterte markører i svulsten mikromiljøet bare vurderes en gang, ved tidspunktet for kirurgisk reseksjon for drivbare tilfeller. For å overvinne mangelen av tumorvev analyse, kan den prognostiske verdi av endringer av immuncellesammensetningen i det perifere blod skal undersøkes; forandringer i immuncellesammensetningen reflektere den kompliserte immunstatus inne i svulsten mikromiljøet [14], [15], [16], og vil fortsette å være målbar etter kirurgisk reseksjon. Faktisk har mange studier funnet at endrede sammensetninger perifere immunceller, for eksempel lymfocytter andel, nøytrofile andel, og nøytrofile-til-lymfocytt forholdstall i perifert blod, er potensielle markører for overlevelse i kreftpasienter, inkludert de med NSCLC [17 ], [18], tykktarmskreft [19] og tidlig magekreft [20].
For å identifisere potensielle prognostiske markører, er retrospektive studier mye brukt [21], [22], [23] fordi den lange -term oppfølging av kreftpasienter er ganske kostbart og tidskrevende [24]. Potensielle prognostiske markører er vanligvis validert ved hjelp prospektive studier for klinisk anvendelse [25]. Vev eller blodprøver er vanligvis samlet seg på en langsiktig basis inntil det foreligger klare mål for studien. For eksempel når siste undersøkelser tyder på at endringer i genuttrykk eller epigenetisk kan bære informasjon som er prediktive for pasientens utfall, tidligere vev eller blod banked prøver med langsiktig oppfølging kan brukes for microarray analyse for å utforske prognostiske genet eller metylering paneler [16], [26], [27]. Det er imidlertid problematisk å måle andelene av immunceller på en slik langvarig doserte blodprøver ved flowcytometri, som rutinemessig anvendes for å friske blodprøver [28], fordi den spesifikke overflateproteiner immunceller kan være ustabil under langtids nedfrysing [29]. Derfor må andre metoder for vurdering av andelene av forskjellige immunceller i slike verdifulle oppsamlede blodprøver bli undersøkt for retrospektiv overlevelsesanalyse.
Flere grupper har nylig foreslått metoder for dekonvolvering for å beregne proporsjonene av immunceller i perifert blod basert på genuttrykk profiler og markørgener som er spesielt uttrykt i immunceller [30], [31]. Proporsjonene anslått av antifoldings metoder er høyt korrelert med virkelige proporsjoner i heterozygot blodprøver. For eksempel, den deconvolution metoden foreslått av Gaujoux et al. ble tidligere godkjent for en microarray datasett av heterogene prøver med kjente andeler av de fire celletyper (Jurkat, IM-9, Raji, THP-1) [31]. Det ble funnet at den midlere absolutte forskjell og Pearson korrelasjonskoeffisienten mellom de virkelige og beregnede mengdeforhold var 0,05 og 0,91, respektivt. Fordelaktig er genekspresjon i mRNA fra perifert helblod eller perifere mononukleære blodceller (PBMC) relativt stabile under nedfrysing betingelser fordi lave temperaturer hemme RNA-degradering [32], noe som gjør dekonvolvering fremgangsmåter som gjelder for doserte blodprøver for retrospektiv overlevelsesanalyse. Dekonvolvering metoder har blitt anvendt for å studere enkelte immune sykdommer, så som systemisk lupus erythematosus [30], men ikke til en hvilken som helst kreftforskning.
I denne studien vi brukte PBMC genekspresjonsprofiler fra 108 NSCLC for å demonstrere gjennomførbarheten av en dekonvolvering metode for å studere den prognostiske verdi av endret perifert blod sammensetning hos kreftpasienter med doserte blodprøver. Først vurderte vi proporsjonene av ulike immunceller ved hjelp av en deconvolution metode og fant at andelen av T-celler var en uavhengig prognostisk markør for NSCLC pasienter ved en multivariat Cox regresjonsanalyse, etter justering for de andre potensielle prognostiske faktorer som var viktige i univariat analyse. Vi deretter oppnådd en tentativ bevis som støtter den antagelse at det lave nivå av antigen-presentasjon i svulsten mikromiljøet kan være en vesentlig årsak til redusert T-celle-forhold i det perifere blodet ved å vise en jevn forbindelse mellom det lave nivået av antigen presentasjon og dårlig pasient utfall.
Materialer og metoder
Mikromatrise data
data~~POS=TRUNC settet~~POS=HEADCOMP av genuttrykk profiler tatt pre-kirurgi fra PBMC av 108 NSCLC pasienter med overlevelse informasjon lastet ned fra NCBI Gene Expression Omnibus (GEO, https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/; serie sjonsnummer GSE13255) [33]. Datasettet ble generert av Genome Illumina menneske-6 v2.0 uttrykk beadchip; arrays i datasettet var quantile normalisert, og bakgrunnen ble subtrahert fra de verdier uttrykk, slik som tidligere beskrevet [34]. Sonde settene ble kommentert ved hjelp av GPL6102 datafilen. Probe sett som ikke samsvarer med noen gen-ID og de som matchet flere genet IDer ble slettet. For hver prøve ble de uttrykk intensiteter av sondesett som passet det samme gen ID midlet som uttrykk intensiteten av det genet ID. De kliniske karakteristika for pasienter ble sammenfattet i tabell 1. Som det har blitt antydet at NSCLC er stort sett ufølsom for adjuvant kjemoterapi [35], [36], ble alle pasientene ansett sammen for påfølgende analyse.
A vev-basert genekspresjon datasett av NSCLC (GSE11969) med omfattende kliniske karakteristika ble valgt for å studere sammenhengen mellom den antigenpresentasjon nivået i tumorvev og pasientens overlevelse. Metodene som brukes til å generere og normalisere datasettet ble beskrevet tidligere [37]. Tabell S1 oppsummert de kliniske kjennetegn ved pasientene i vevet baserte datasett.
Vurderer proporsjonene av immunceller i PBMC
Basert på PBMC genuttrykk profiler av de 108 NSCLC pasienter og markørgener spesifikt uttrykt på B-lymfocytter, T-lymfocytter, natural killer (NK) lymfocytter, dendrittiske celler (DCS) og monocytter (unntatt moncyttavledede DC) dokumentert i immunresponsen i Silico (IRIS) database [38], vi evaluert andeler av de fem immunceller, som til sammen utgjør 100% av PBMC, ved hjelp av en modifisert semi-overvåket nonnegative matrise factorization metode for genekspresjon deconvolution [31].
algoritmen antar at uttrykket intensiteten av et gen i en prøve kan modelleres som en lineær kombinasjon av de uttrykk intensitetene av det genet i alle celletyper som utgjør det prøven. Kort fortalt uttrykket intensiteten av
i
th gen i
j
th prøven er summen av
i
th genuttrykk intensiteter i alle
r
celletyper som finnes i prøven: (1) der
w
det
er uttrykk intensiteten av
i
th gen i
t
th celle type og
h
tj
er andelen av
t
th celletype i
j
th prøve;
ε
ij
er en tilfeldig feil.
Gitt et positivt global genekspresjon matrise
X
av
n
gener i
p
prøver, ønsker ssKL algoritme for å finne en tilnærmet matrise dekomponering ligning: (2) der
W
er
n
×
r
matrise som representerer genuttrykk profiler av alle
r
celletyper og
H
er
r
×
p
matrise som representerer andelen profiler av alle de
r
celletyper i de heterogene prøver.
på samme måte, vi beregnet andelene av forskjellige immunceller i PBMC på grunnlag av markørgener immunceller kjennetegnet ved HaemAtlas [39], som klassifiserer T-celler til T-hjelper lymfocytter (Th) og cytotoksiske T-lymfocytter (CTL) og omfatter også B-celler, NK-celler og monocytter (inkludert DC og andre monocytter) ved hjelp av dekonvolvering metoden.
Alle beregninger ble utført ved anvendelse av CellMix pakken i R 2,15 0,3 programvare [40].
Survival analyse
Total overlevelse (OS) ble definert som tiden fra dato for første kirurgisk reseksjon til dødsdato eller siste kontakt (sensurert). For PBMC datasettet, klassifisert vi pasientene i to grupper (Low vs høy) basert på median andelen av hver immunceller blant alle prøver. OS ble estimert ved en univariat analyse ved hjelp av Kaplan-Meier-metoden, og OS forskjell mellom gruppene ble bestemt ved bruk av log-rank test [41]. Assosiasjonene mellom kliniske faktorer og OS ble også analysert ved bruk av univariate Kaplan-Meier analyse; de undersøkte faktorene inkluderte histologisk subtype (adenokarsinom vs. plateepitelkarsinom), kjønn (menn kontra kvinner), tumor stadium (II-III vs. I), alder (≥68 år vs. 68), Race (kaukasisk vs . African American), røykestatus (tidligere vs. tiden), adjuvant kjemoterapi (ja vs. nei), og KOLS status (nåværende vs. fraværende). For de prognostiske faktorer som ble funnet å være betydelig i univariate analysen, ble multivariat Cox regresjonsanalyse [42] utført for å bestemme de uavhengige prognostiske faktorer. Signifikans ble definert som en
p
verdi. 0,05
Tilsvarende for vev-baserte datasettet, vi brukte univariate Kaplan-Meier analyse og multivariat Cox regresjonsanalyse for å vurdere sammenhengen mellom OS og det antigenpresentasjon nivå (lav vs høy), så vel som kliniske faktorer, inkludert tumor trinn (II-III vs. i), alder (≥62 år vs 62 år), histologisk subtype (adenokarsinom vs. squamous cell carcinoma vs. stor celle karsinom) og kjønn (menn kontra kvinner). Den antigenpresentasjon nivå i tumoren mikromiljøet ble karakterisert ved ekspresjon intensitetene av hovedhistokompatibilitetskompleks (
MHC) gener
gjennom hvilken DC presenterer tumorantigenet til T-celle-reseptorer [43]. Vi stratifisert pasientene inn i to grupper (Lav vs. høy) basert på uttrykket intensiteter av
MHC
gener ved hjelp av k-means algoritmen med Euklidsk avstand mellom to prøver, som ble beregnet som følger: (3 ) der
m
er antallet
MHC
gener;
e
gu Hotell og
e
gv
er uttrykk intensiteter av
g
th gen i
u
th og
v
th prøver, henholdsvis.
Resultater
Sammenhengen mellom andelen av immunceller i PBMC og OS
Først, basert på markørgener spesifikt uttrykt på B-celler, T-celler, NK-celler, DCS, og monocytter var dokumentert i IRIS database, har vi tatt i modifiserte semi-overvåket negative matrise-faktorisering metode for å beregne proporsjonene av immuncelletyper i hvert av de 108 NSCLC hvor PBMC ekspresjonsprofiler var tilgjengelige (se Materialer og metoder). For hver type av immunceller, stratifisert vi pasientene i to grupper, lav (under median) og høy (lik eller større enn median), i henhold til medianen av cellen andelen blant pasientene og deretter testet forskjellen i OS mellom gruppene ved hjelp av univariat Kaplan-Meier analyse. OS av pasientene i T-celler lav gruppen var vesentlig dårligere enn for pasientene i T-celler Høy gruppe (log-rank
p
= 0,003, Fig. 1). Andelene av B-celler, NK-celler, DC, og monocytter ble ikke observert å være assosiert med OS av NSCLC pasienter (log-rank
p
0,05; tabell 2).
pasientene ble delt i to grupper basert på medianen av T-celle andelen blant de NSCLC pasienter: lav (mindre enn medianen) og High (større enn eller lik medianen). Median total overlevelse (OS) ble vurdert ved hjelp av Kaplan-Meier analyse.
p
ble beregnet ved bruk av log-rank test.
Deretter, basert på markørgener av immunceller preget av HaemAtlas, vi beregnet andelen av Th og CTL-celler, B-celler, NK-celler og monocytter i PBMC og evaluert sammenslutninger av disse proporsjoner med OS hjelp av univariate Kaplan-Meier-analysen. Pasientene med en lav andel av Th-celler ( median) hadde signifikant dårligere OS enn de med en høy andel av Th-celler (≥ median log-rank
p
= 0,009, Fig. 2a) og pasienter med lav andel av CTL-celler ble marginalt forbundet med dårligere OS (log-rank
p
= 0,061, fig. 2B). Andelene av B-celler, NK-celler og monocytter ble ikke funnet å være signifikant eller marginalt forbundet med OS av NSCLC pasienter (log-rank
p
0,05; data ikke vist).
pasientene ble delt i to grupper etter medianen av (A) Th celle andel og (B) CTL celle andel i PBMC blant NSCLC.
samlet utgjør disse resultatene tyder at andelen av T-celler og dens undergruppe Th-celler er potensielle prognostiske faktorer for NSCLC.
andelen av T-celler i PBMC er en uavhengig prognostisk markør for OS
multivariat Cox regresjonsanalyse var utført av T-celle forhold, Th-celle proporsjon, og de kliniske faktorer som ble funnet å være av betydning i den univariate analyse, inkludert alder og tumorstadium av pasientene. Andelen av T-celler forble signifikant assosiert med OS som en selvstendig prognostisk faktor for NSCLC (T-celler lav vs. T-celler Høye grupper: hazard ratio [HR] = 2,23, 95% CI, 01.07 til 04.21;
p
= 0,048). Alderen og tumor stadium av pasientene var også uavhengig prognostisk for NSCLC pasienter i multivariate modellen (tabell 2).
Association of vev antigen presentasjon nivå med OS
En av de viktigste kildene som fører til redusert andel av T-celler i PBMC kan være det lave nivå antigenpresentasjon ved DC i svulsten mikromiljøet; DC spiller en kritisk rolle i T-celleformering i sekundær lymfoid organ, hvorfra de prolifererte T-cellene migrerer til perifert blod [44]. Dermed neste fastsatte vi om nivået av antigen presentasjon av DC i vev kunne forutsi pasientens resultater bestående med T-celle andel i PBMC.
For vevet baserte uttrykk profil datasett av 139 NSCLC pasienter, vi anvendt to-midler clustering algoritmen (se Materialer og metoder) for å stratifisere pasienter i to
MHC
-relaterte grupper basert på uttrykk intensiteter av
MHC
gener, som karakteriserer graden av antigen presentasjon av DC i svulsten mikromiljøet. Pasientene med lav uttrykk mønster av
MHC
gener omfattet
MHC
lav gruppe, mens de resterende pasientene omfattet
MHC
Høy gruppe, som vist i fig. 3A. I univariate Kaplan-Meier analyse, OS av pasientene i
MHC
lav gruppen var vesentlig dårligere enn for pasientene i
MHC
Høy gruppe (log-rank
p
. . 0,001, figur 3B)
(A) Varme kart over
MHC
gener i de NSCLC pasienter. For vevet uttrykk datasett for NSCLC, ble pasientene klassifisert i to
MHC
-relaterte grupper (
MHC
Høy og
MHC
Lav) basert på uttrykket intensiteter av 18 oppdaget
MHC
gener oppført i tabell S2, ved hjelp av to-betyr clustering. Uttrykket intensiteter av
MHC
gener karakternivået antigen presentasjon av DC i svulsten mikromiljøet. (B) Kaplan-Meier kurve for pasienter stratifisert i to
MHC
-relaterte grupper.
p
verdi ble beregnet ved bruk av log-rank test. (C) Fordelingen av pasienter med tilbakefall i
MHC
-relaterte grupper. Chi-kvadrat test ble brukt for å sammenligne sammenhengen mellom nivået på
MHC
genekspresjon og tilbakefall. To pasienter ble ekskludert fordi informasjon om deres tilbakefall var ukjent.
Neste, vi utført en multivariat Cox regresjonsanalyse av nivået av antigen presentasjon, tumorstadium og alder, som ble funnet å være av betydning i univariat analyse. Vi fant at uttrykket nivået av
MHC
gener var en uavhengig prognostisk faktor for OS etter justering for tumorstadium og alder på pasienter (
MHC
lav vs.
MHC
høy: HR = 2,45, 95% KI, 1,51 til 3,99;
p
0,001, Tabell 3). I tillegg fant vi at pasienter med tilbakefall var signifikant overrepresentert i
MHC
lav gruppe (
p
= 0,03; chi-squared test, Fig. 3C).
Diskusjoner
i denne studien, ved hjelp av genuttrykk profiler av NSCLC pasienter, viste vi muligheten for dekonvolvering andeler av perifere immunceller til å studere deres prognostiske verdier for kreftpasienter ved hjelp av langsiktig banked blodprøver som er viktige materialer for retrospektive overlevelsesanalyse. Resultatene antydet at andelen av T-celler i PBMC er et lovende prognostisk biomarkør for NSCLC. Vår analyse viste at den lave andelen av T-celler var signifikant assosiert med dårlig overlevelse av NSCLC. I tillegg kunne den deconvolution metode brukes for ytterligere å utforske de prognostiske verdiene av mer raffinerte immuncelleundergrupper hos kreftpasienter basert på de samme genekspresjonsprofiler. For eksempel, vår analyse ytterligere demonstrert at den lave andelen av en T-celle undersett, Th-celler, ble også signifikant assosiert med overlevelse av NSCLC. Mens andelen av T-celler var den eneste uavhengige prognostiske immunmarkør for total overlevelse etter justering for andre potensielle prognostiske variabler. Da både av Th-celler og CTL-celler spiller viktige roller i anti-tumor-immunitet ved spesifikt å identifisere tumorceller som «non-self» [45], i hvilken grad samlede andel av T-celler reduksjon i perifert blod kan effektivt å reflektere graden av forringelse av immunresponsen mot tumorceller, og kan således i høy grad med pasientens overlevelse. Sammenlignet med de prognostiske genet paneler identifisert av genuttrykk profiler [16], [46], T-celle andel i perifert blod kan være mer akseptabelt som en prognostisk markør for klinisk anvendelse på grunn av sin lett gjenkjenning og forklarlig biologiske prinsipp.
endret sammensetning av perifere immunceller kan være et resultat av endrede immunresponser i svulsten mikromiljøet. Derfor, antok vi at en av de viktigste kildene som fører til en redusert T-celle-andel i PBMC kunne være et lavt nivå av antigen presentasjon av DC i svulsten mikromiljøet til NSCLC, som DC spiller en sentral rolle i T-celleformering i sekundære lymfoide organ, hvorfra de prolifererte T-cellene migrerer til perifert blod (og deretter til tumorstedet) [44], [47]. I samsvar med denne antagelsen, Våre resultater viste at det lave ekspresjonsnivået av
MHC
gener gjennom hvilken DC presentere tumorantigenet til T-celler [43], [48], i tumorvev var også uavhengig av prognostisk dårlig overlevelse i NSCLC pasienter. Dette resultatet støtter også en tidligere rapport som DC dysfunksjon i tumorvev, som er en viktig mekanisme for å unnslippe immunovervåkning av tumorceller [48], er assosiert med dårlig overlevelse i NSCLC [7], [49]. For ytterligere å bekrefte denne antakelsen, må vi samtidig bestemme genuttrykk profiler i svulstvev, sekundært lymfoid organ, og perifert blod i samme kohort av NSCLC pasienter i fremtidige studier. Dette resultatet tyder også på at utfallet av NSCLC pasienter med lavt nivå av antigen presentasjon av DC, kan forbedres ved å inspirere immunstatus av DC i svulsten mikromiljøet ved hjelp av immunterapi som DCs vaksiner [50]. Det er kjent at vev-basert immun markører er begrenset og usikre for klinisk anvendelse fordi de kan bli påvirket av forskjellene i tumor-regionen, slik som sentrum eller invasiv margin av tumoren, for prøvetaking fra kreft [51]. Oppdager de prognostiske markører (som T-celle andel) i perifert blod kan unngå dette problemet. I tillegg, fordi de perifere prognostiske markører kan lett oppdages i post-kirurgi blodprøver fra kreftpasienter med jevne mellomrom, kan de også gi informasjon for å hjelpe leger modulere behandlingsprotokoller for pasienter på en riktig måte å forbedre resultatene. Derfor T-cellen andel i perifert blod, som kan gjenspeile antigen presentasjon nivå i tumorvev, kan bli en lovende biomarkør for å forutsi utfall og overvåke progresjon for NSCLC.
Spesielt var andelen av immun celler som er estimert av deconvolution metoden er bare positivt korrelert med de faktiske forhold i komplekse biologiske prøver [31]. Dermed etter bruk av deconvolution metode for å anslå immuncelle proporsjoner i banked blodprøver av pasienter og identifisere prognostiske markører, anbefaler vi at prospektive studier bør benytte flowcytometri for å validere resultatene og bestemme de optimale cutoff verdier av proporsjoner for klinisk anvendelse. Spesielt flowcytometri i store prospektive studier må brukes til å bestemme den kliniske anvendelsen av T-celle andel i PBMC som en prognostisk markør for NSCLC.
Hjelpemiddel Informasjon
Tabell S1.
kliniske karakteristika for de NSCLC i vevet datasettet. Merk: «AD», «SCC», og «LCC» representerer adenokarsinom, plateepitelkarsinom, og stor celle karsinom, henholdsvis
doi:. 10,1371 /journal.pone.0100934.s001 product: (PDF)
Tabell S2.
MHC
gener liste påvist i NSCLC vev datasett. Merk:
MHC
gener familie, som også kalles humant leukocytt antigen (
HLA
), er i hovedsak delt inn i to undergrupper: klasse I, klasse II;
MHC
I gener stede antigener til TCR av CTL celler og
MHC
II gener presentere antigener til TCR av Th-celler. Genene ble gruppert ved hjelp av hierarkisk clustering av Euklidsk avstand, og ordren var i samsvar med det som vises i fig. . 3A
doi: 10,1371 /journal.pone.0100934.s002 product: (PDF)
