Abstract
Bakgrunn
Svulster seg ofte tap av tumorsuppressorgener eller allele gevinst på aktiverte onkogener. En betydelig andel av cancer susceptibility loci hos mus viser somatiske tap eller gevinst i samsvar med tilstedeværelsen av en tumor følsomhet eller høyresistensallelet. Dermed kan allel-spesifikke somatiske gevinster eller tap på loci markere tilstedeværelsen av motstand eller mottakelighet alleler. Målet med denne studien var å finne ut om tidligere kartlagt mottakelighet loci for tykktarmskreft viser tegn til allel-spesifikke somatiske hendelser i colontumorer.
Metoder
Vi utførte kvantitativ genotyping av 16 enkeltnukleotidpolymorfi (SNPs) viser statistisk signifikant sammenheng med tykktarmskreft i publiserte genomassosiasjonsstudier (GWAS). Vi genotypede 194 sammenkoblede normale og kolorektal svulst DNA-prøver og 296 parede valideringsprøver for å undersøke disse SNPs for allel-spesifikke somatiske gevinster og tap. Vi kombinert analyse av våre data med publiserte data for syv av disse SNPs.
Resultatene
Ingen statistisk signifikant bevis for allel-spesifikk somatiske utvalg ble observert for de testede polymorfismer i oppdagelsen settet.
rs6983267
variant, som har vist fortrinnsrett tap av ikke-risiko T allel og relativ gevinst av risikoen G-allelet i tidligere studier, foretrekkes relativ gevinst av G-allelet i kombinert oppdagelse og valideringsprøvene (korrigert p-verdi = 0,03). Når vi kombinert våre data med publiserte allel-spesifikk ubalanse data for denne SNP, G-allelet av
rs6983267
viste statistisk signifikant bevis for relativ retensjon (p-verdi = 2,06 × 10
-4).
Konklusjoner
Våre resultater tyder på at flertallet av variantene som er identifisert som tykktarmskreft resistens alleler gjennom GWAS ikke viser somatisk allel-spesifikk ubalanse i colontumorer. Våre data bekrefter tidligere publiserte resultater som viser allel-spesifikk ubalanse for
rs6983267
. Disse resultatene indikerer at allel-spesifikk ubalanse av kreft mottakelighet alleler ikke kan være et vanlig fenomen i tykktarmskreft
Citation. Gerber MM, Hampel H, Schulz NP, Fernandez S, Wei L, Zhou XP, et al . (2012) Evaluering av Allele-spesifikke somatiske endringer av Genome-Wide Association Study Følsomhet Alleler i Human kolorektal kreft. PLoS ONE 7 (5): e37672. doi: 10,1371 /journal.pone.0037672
Redaktør: Ludmila Prokunina-Olsson, National Cancer Institute, National Institutes of Health, USA
mottatt: 17 januar 2012; Godkjent: 26 april 2012; Publisert: 21. mai, 2012
