Abstract
Vi har utført en case-control studie av nyrekreft (987 tilfeller og 1298 kontroller) i Sentral- og Øst-Europa og analysert genomisk DNA for 319 tagging single-nukleotid polymorfismer (SNPs) i 21 gener som er involvert i cellevekst, differensiering og apoptose ved hjelp av en Illumina Oligo Pool Alle (OPA). En haplotype basert metode (skyve vindu analyse av sammenhengende SNPs) ble brukt til å identifisere kromosom områder av interesse som forble signifikant på en falsk funnrate på 10%. Deretter ble risikoestimater generert for regioner med et høyt nivå av signal og individuelle SNPs med ubetinget logistisk regresjon justert for alder, kjønn og studiesenter. Tre områder som inneholder gener assosiert med nyrekreft ble identifisert: caspase 1/5/4/12 (
CASP 1/5/4/12
), epidermal vekstfaktor reseptor (
EGFR
), og insulin-lignende vekstfaktorbindende protein 3 (
IGFBP3
). Vi observerte at personer med
CASP1 /5/4/12
haplotype (spenner område oppstrøms
CASP1
gjennom exon 2 av
CASP5
) GGGCTCAGT var høyere risiko for nyre kreft i forhold til personer med den vanligste haplotype (OR: 1,40, 95% KI: 1,10 til 1,78, p-verdi = 0,007). Analyse av
EGFR
avdekket tre sterke signaler i intron 1, spesielt et område sentrert rundt rs759158 med en global p = 0,006 (GGG: OR: 1,26, 95% CI: 1.04-1.53 og ATG: OR: 1,55, 95% CI: 01.14 til 02.11). En region i
IGFBP3
var også assosiert med økt risiko (global p = 0,04). I tillegg er antallet statistisk signifikant (p-verdi 0,05) SNP assosiasjoner ble observert i løpet av disse tre genene var høyere enn det som forventes ved en tilfeldighet på et gen nivå. Så vidt vi vet, er dette den første studien for å evaluere disse genene i forhold til nyrekreft, og det er behov for å gjenskape og utvide våre funn. De spesifikke regioner forbundet med risiko kan ha særlig relevans for gen-funksjon og /eller kreftutvikling. I konklusjonen, har vår evaluering identifisert vanlige genetiske varianter i
CASP1
,
CASP5
,
EGFR
, og
IGFBP3
som kan være assosiert med nyrekreft risikoen
Citation. Dong LM, Brennan P, Karami S, Hung RJ, Menashe jeg, Berndt SI, et al. (2009) en analyse av vekst, differensiering og apoptose Gener med risiko for nyrekreft. PLoS ONE 4 (3): e4895. doi: 10,1371 /journal.pone.0004895
Redaktør: Amanda Ewart Toland, Ohio State University Medical Center, USA
mottatt: 24 november 2008; Godkjent: 19 februar 2009; Publisert: 24 mars 2009
Dette er en åpen tilgang artikkelen distribueres under betingelsene i Creative Commons Public Domain erklæring som fastslår at en gang plassert i det offentlige rom, dette arbeidet kan fritt kopieres, distribueres, overføres, endres, bygd på, eller brukes av alle for ethvert lovlig formål
Finansiering:. Dette arbeidet ble støttet delvis av egenutført Research Program av det amerikanske National Institutes of Health, National Cancer Institute, Seksjon for Cancer Epidemiology og genetikk. Finansiører hadde ingen rolle i studiedesign, datainnsamling og analyse, beslutning om å publisere, eller utarbeidelse av manuskriptet
Konkurrerende interesser:.. Forfatterne har erklært at ingen konkurrerende interesser eksisterer
Innledning
Nedsatt kreft er blant de hyppigst diagnostisert kreft hos menn og kvinner i USA [1] og Øst-Europa [2]. Forekomsten av nyrecellekreft (RCC), den vanligste kreftformen av nyrekreft, har økt raskt over hele verden i løpet av de siste tiårene [3], [4] med noen av de høyeste tallene forekommer i Sentral- og Øst-Europa [2], [5]. Bare noen få veletablerte livsstil risikofaktorer er identifisert: røyking, fedme, høyt blodtrykk og diabetes [6]. En økt risiko observert blant de med en familie historie av nyrekreft og identifisering av nedarvede former for nyrekreft gi begrunnelse for å vurdere genetisk mottakelighet for denne sykdommen, som ikke er ferdig etterforsket [6].
mekanismen ved hvilken en normal celle utvikler seg til karsinom som vanligvis involverer ødeleggelse av kritiske molekylære reaksjonsveier i cellevekst, differensiering og utvikling [7]. Blant de trinnene som er nødvendig for tumorcellevekst og overlevelse er forsterkningen av signaler fra vekstfaktorer og avbrytelse av signaler som fremmer celledød eller apoptose [8], [9]. Endringer i gener som er involvert i slike baner er derfor sannsynlig å bidra til kreftrisiko. Basert på denne logikken, identifiserte vi gener som er involvert i cellevekst og differensiering (
AKR1C3
,
EGF
,
EGFR
,
IGFBP3
,
IGFBP5
,
PPARG
,
TGFa
,
VCAM1
, og
VEGF
) og apoptose (
CASP1
,
CASP2
,
CASP3
,
CASP4
,
CASP5
,
CASP6
,
CASP7
,
CASP8
,
CASP9
,
CASP10
,
CASP12
, og
CASP14
, tabell 1). Flere av disse genene har blitt forbundet med kreftrisiko ved andre steder [10], [11]; Men rollen til disse genene i utviklingen av nyrekreft er ukjent.
Gitt betydningen av disse banene i kreftutvikling og mangel på studier som evaluerte genetisk mottakelighet og nyrekreft, vi vurdert om polymorfismer i disse 21 gener kan endre risikoen for å utvikle nyrekreft i en stor multisenter case-control studie basert i Sentral- og Øst-Europa. Vi antok at vanlig variasjon i gener som er involvert i cellevekst, differensiering og apoptose kan øke genetisk mottakelighet for nyrekreft.
Metoder
Studiepopulasjon
Sentral- og Øst-Europa Nedsatt kreft (CEERC) Study er en sykehusbasert case-control studie av nyrekreft (1,097 tilfeller og 1,555 kontroller) som ble gjennomført i sju sentre i Øst- og Sentral-Europa (Moskva, Russland, Bucuresti, Romania, Lodz, Polen, Tsjekkia og Praha , Olomouc, Ceske Budejovice og Brno, Tsjekkia). Detaljer om studien har blitt beskrevet tidligere [12]. Nylig diagnostisert og histologisk bekreftet tilfeller av nyrekreft (ICD-0-2-kode C64) mellom 20 og 79 år ble rekruttert fra august 1999 til januar 2003. Utdannet helsepersonell anmeldt medisinske journaler og hentet informasjon om dato og metode for diagnostisering , histologisk klassifisering, tumor beliggenhet, scene og karakter. Patologi data var tilgjengelig for 917 tilfeller. RCC ble definert som følgende undergrupper: klarcellet, klarcellet med papillær funksjoner, klar celle med sarcomatoid, papillær type I, papillær non-type I, papillær type II, chromophobe og hybrid subtype (n = 848). Clear celle nyrekreft ble definert som de første tre klare celle undergrupper (n = 760). Kvalifiserte kontroller ble valgt ut blant pasienter innlagt på samme sykehus som saker for forhold som ikke er relatert til røyking eller urin lidelser (med unntak av benign prostatahyperplasi) og var frekvens-matchet til tilfeller av alder (innen 3 år), kjønn og studiesenter. Blant kontroller, de sykdomstilstander som er forbundet med hospitalisering var følgende: obstetrisk eller perinatal (0,1%), infeksiøs (1%), psykiatrisk (1%), endokrin (2%), hematologisk (3%), dermatologiske (3%) , skade eller forgiftning (3%), urin (godartet prostatahyperplasi (4%), pulmonar (4%), ortopedisk eller rheumatologic (9%), hjerte-(10%), neurologiske (11%), oftalmologisk eller otologic (14 %), gastrointestinal (19%), og andre (16%). Ingen enkelt sykdom består mer enn 20% av kontrollgruppen. en porsjon av kontroller ble også rekruttert til en parallell studie av lungekreft. Alle rekruttert tilfeller og kontroller var kaukasisk. Svarprosent på hvert senter varierte 90,0 til 98,6% for saker og 90,3 til 96,1% for kontroller.
Det ble gjennomført intervjuer med personer for å samle inn standardiserte livsstil og mat frekvens spørreskjema. data ble samlet inn demografiske karakteristika, utdanning, tobakksrøyk eksponeringer, alkoholforbruk, kosttilskudd praksis, antropometri, medisinsk historie, familiehistorie og yrkes historie.
Blodprøver prøver~~POS=HEADCOMP ble samlet inn og lagret ved -80 ° C og sendt til National Cancer Institute (NCI). Genomisk DNA ble ekstrahert fra fullblod buffy coat ved standard fenol kloroform fremgangsmåte ved NCI laboratoriet. Alle fag i denne studien gitt skriftlig informert samtykke. Denne studien ble godkjent av institusjonelle gjennomgang boards (IRB) ved NCI, International Agency for Research on Cancer (IARC), og hver deltakende sentrum.
Genotyping
Vi analyserte 319 tagging enkelt- nukleotid polymorfismer (SNPs) i 21 gener som er involvert i cellevekst, differensiering (
AKR1C3
,
EGFR
,
EGF
,
IGFBP3
,
IGFBP5
,
PPARG
,
TGFa
,
VCAM1
,
VEGF
) og apoptose (
CASP1
,
CASP5
,
CASP4
,
CASP12
,
CASP2
,
CASP3
,
CASP6
,
CASP7
,
CASP8
,
CASP10
,
CASP9
,
CASP14
) at vi hypotese kan øke RCC risiko (tabell 1). Ettersom flere av kaspase-gener ble plassert forholdsvis nær hverandre, ble tagSNPs valgt til å grundig vurdere variasjonen i regionen i stedet for bare genet (
CASP1 /5/4/12
og
CASP8 /10
). TagSNPs ble valgt ut blant vanlige varianter (mindre allelfrekvensene ≥ 5%) funnet i kaukasiere med en tagSNP metode [13] med en r
2 0,80 for å gi høy genomisk dekning. I tillegg ble det viktige nonsynonymous SNP’er eller de med potensiell funksjonell betydning inkludert. Alle SNPs er rapportert i NCI SNP500Cancer database (https://snp500cancer.nci.nih.gov) [14]. Genotyping ble gjennomført ved NCI Core genotyping Facility hvor personalet var blindet til sak /kontroll status og duplikat kvalitetskontroll prøver (5% prøver) samt blant plater. All genotyping ble utført ved hjelp av en Illumina Golden ® Oligo Pool Alle (OPA) assay, som ble utviklet ved hjelp av offentlig tilgjengelig sekvensere informasjon. Genotypefrekvensene blant kontrollene viste ingen avvik fra den forventede Hardy-Weinberg likevekt proporsjoner (p 0,05). Alle SNPs hadde en genotyping gjennomføringsgrad 98% bortsett rs3770472 (96%). De kvalitetskontroll konkordans priser var . 97% for alle SNPs unntatt rs10885493 (92%), rs12416109 (92%), rs10752001 (94%), og rs13392762 (94%)
Replication Study
Den amerikanske nyrekreft Study er en populasjonsbasert case-control studie utført i Detroit og Chicago. Tilfeller var beboere i studieområdene, i alderen 20 til 79 år som nylig ble diagnostisert med histologisk bekreftet nyrecellekreft (ICD-O2 C64.9) fra februar 2002 til januar 2007. Kontrollene ble frekvens-matchet til tilfeller av studiesenteret, rase , alder og kjønn. Styrer i alderen 65 år og eldre ble identifisert fra Medicare-filer, og de under 65 år ble identifisert fra Division of Motor Vehicle poster. African American saker og kontroller ble over-samplet. Skriftlig informert samtykke ble innhentet fra alle deltakerne, og IRB-godkjenning ble innhentet fra alle deltakende studiesentra.
Deltakerne ble intervjuet av utdannet intervjuere å få frem informasjon om demografiske faktorer, bruk av tobakk og alkohol, kosthold, yrkeshistorie, høyde og vekt historie, familiehistorie med kreft, reproduksjonshistorie blant kvinner, medisinsk historie, og medisinering historie, inkludert bruk av slankepiller og antihypertensiva. Totalt 1568 kaukasiere (856 tilfeller og 712 kontroller) og 884 afroamerikanere (523 tilfeller og 361 kontroller) ble intervjuet. Av disse fagene, 1109 tilfeller og 1106 kontroller gitt DNA som ble ekstrahert ved hjelp av standard prosedyrer. Genotyping data var tilgjengelig for 966 tilfeller og 977 kontroller med tilstrekkelig kvalitet og kvantitet av DNA. Forsøkspersonene ble hovedsakelig rekruttert fra Detroit-området (84%), og var lik i alder (76% 50 år). Og kjønn (57% menn) til de i CEERC studien
Statistiske analyser
av de 987 sakene og 1298 kontroller som hadde gyldig studiedata og gitt genomisk DNA analyser var basert på 777 saker og 1035 kontroller som hadde tilstrekkelig kvalitet DNA og ble vellykket genotypet på OPA plattformen i CEERC studien. Foreninger ble evaluert gjennom flere metoder. Global p-verdier ble evaluert ved bruk av minimum-p-verdi permutasjon test [15]. En haplotype-basert metode som kalles HaploWalk, utført i Matlab, ble brukt til å identifisere kromosom regioner av interesse ved å undersøke regionale foreninger i stedet for effekter fra en individuell SNP. For et gen med K SNPs, den HaploWalk prosedyren anses som et tre SNP skyvevinduet for hver SNP fra SNP 2 gjennom SNP K-1. For å ta høyde for flere tester på tvers av
K
SNPs,
K-2
p-verdier (ett for hvert vindu) ble justert for multiple sammenligninger ved hjelp av falske Discovery Rate (FDR) -controlling prosedyren for Benjamini og Hochberg [16]. Vinduer som forble signifikant på et FDR nivå på 10% ble ansett å være en kandidat region av interesse. Hvis tilstøtende vinduene var betydelig, ble de slått sammen til en enkelt kandidat region av interesse. Haplotyper i kandidaten blokken ble deretter rekonstruert og effekter evaluert med Haplostats (versjon 1.3.1) i R (versjon 2.4.1). Den vanligste haplotype ble anvendt som referansegruppen og haplotyper med frekvenser mindre enn 1% ble kombinert i en kategori for testing. Deretter ujustert og justert (alder, kjønn og studiesenteret) odds ratio (OR) og 95% konfidensintervall (95% KI) ved hjelp av log-additiv modell ble generert for regioner med et høyt nivå av signal.
Sammenhengen mellom individuelle SNPs og risiko for nyrekreft ble estimert ved ubetinget logistisk regresjon, justert for alder, kjønn og studiesenter. Genotypene ble evaluert ved koding homozygot felles allelet som referent gruppen og separat sammenligne heterozygote og homozygote sjeldne allel genotyper til referent gruppen. Lineære tester for utviklingen ble utført ved å inkludere en variabel kodet 0, 1, 2 og tilsvarende antall av sjeldne alleler. Foreninger for SNP’er ble ansett robust om de var signifikant (basert på p-verdien av testen for trend) med et FDR nivå på 20% eller mindre. En mer liberal FDR nivå ble valgt på dette stadiet av analysen for å veilede oss mot SNPs som kan være av interesse innenfor tidligere identifiserte områder av interesse. FDR justeringen var basert på antall SNP innen hvert gen region. Ytterligere justering for potensielle confounders (body mass index [BMI], selvrapportert hypertensjon og røyking) førte ikke til relevante endringer i risikoestimater og ble ikke inkludert i analysene. I tillegg, undersøkte vi multiplikativ samspillet mellom de enkelte SNP’er og alder, kjønn, og BMI, ved å bruke sannsynligheten forholdet test for å sammenligne tilpasning av modellene med og uten interaksjon betingelser. Heterogenitet genotypefrekvensene mellom landene ble evaluert ved hjelp av likelihood ratio test for å sammenligne tilpasning av modeller med og uten interaksjon vilkår, men vi fant ikke noe bevis for heterogenitet. Analysene ble utført ved bruk av SAS versjon 9.1 (SAS Institute, Cary, NC).
Resultater
En stor andel av studiepopulasjonen var fra Tsjekkia, med en litt høyere andel blant tilfeller ( tabell 2). Kontrollene var mer sannsynlig å være mann, men var i likhet med tilfeller i aldersfordelingen. Tilfellene var mer sannsynlig enn kontroller for å ha høyere BMI, har en familiehistorie med kreft, og rapportere hypertensjon.
Resultatene fra globale gen-baserte tester av foreningen er inkludert i tabell 1. Blant resultatene fra minimum p-verdi test,
CASP1 /5/4/12
,
CASP14
, og
IGFBP3
var de mest lovende genområder, men var ikke signifikant etter justering for multiplisitet (totalt antall SNP) over hele genet (Tabell 1). Men
CASP1 /5/4/12
,
EGFR
, og
IGFBP3
hadde et større antall betydelige SNPs (p-verdi for trend 0,05) enn man forventer å se ved en tilfeldighet. I tillegg, med en haplotype basert skyvevindu metode, identifiserte vi de samme genene med regioner som ble assosiert med nyrekreftrisiko på en FDR nivå 10%:
CASP1 /5/4/12
,
EGFR
,
IGFBP3
, og
VCAM1 plakater (Utfyllende Figures S1, S2, S3).
en interessant region ble oppdaget som spenner over området oppstrøms av
CASP1
gjennom exon 2 av
CASP5 plakater (Supplementary figur S1). På denne regionen, personer med en bestemt variant haplotype GGGCTCAGT (OR: 1,40, 95% CI: 1.10-1.78) hadde en 1,4 ganger høyere risiko for nyrekreft sammenlignet med de med de mest vanlige haplotype (tabell 3). Konkordant med haplotype analyse, flere individuelle varianter innenfor denne haplotype hadde også nominelle statistisk signifikant sammenheng med nedsatt kreftrisiko (tabell 4). Etter påføring FDR justering, fire
CASP1 Hotell og
CASP5
SNPs (rs1785883, rs568910, rs492859 og rs507879) ble betraktet som signifikant på FDR nivå 20%. Den sterkeste foreningen mellom individuelle SNPs var rs507879 (Thr90Ala), som ligger i ekson 2 av
CASP5
. ORS (95% KI) for heterozygote og homozygote sjeldne genotyper i forhold til de homozygote vanlige genotypene var 1,29 (1,03 til 1,60) og 1,39 (1,07 til 1,82, p-verdi for trend = 0,01), henholdsvis. OR og p-verdien av den spesifikke varianten haplotype var sterkere enn de foreninger (p-verdi for trend) observert for noen av de enkelte SNPs i denne regionen, noe som tyder på at årsaks variant innenfor denne haplotype ikke kan ha blitt genotypet.
Vi har hatt muligheten til å gjennomføre en rask replikering av våre mest statistisk signifikant funn,
CASP5
SNP rs507879 i USA nyrekreft Study befolkningen (tabell 5). Selv om resultatene fra det amerikanske Kidney Cancer Study ikke var statistisk signifikant, punktestimater var i samme retning som de fra CEERC studien. En samlet anslag på 1,22 (95% CI: 1,04 til 1,42) ble observert for de med minst en kopi av de sjeldne allel av rs507879 hos kaukasiske deltakere. En samleestimat inkludert både kaukasiere og afroamerikanere fra begge studiene var ikke merkbart forskjellig fra estimatet begrenset til kaukasiere (OR: 1,22, 95% KI: 1,05 til 1,41; tabell 5).
En glidende vindu analyse i løpet av
EGFR
avdekket tre signaler i intron 1 (Supplerende Figur S2). Spesielt ble to haplotyper sentrert på rs759158 (region 3) forbundet med en høyere risiko for nyrekreft (GGG: OR: 1,26, 95% KI: 1,04 til 1,53 og ATG: OR: 1,55, 95% CI: 01.14 til 02.11; tabell 3) i forhold til den felles haplotype. I den andre
EGFR
region, variant haplotype TGA var forbundet med en økt risiko for nyrekreft sammenlignet med vanlige haplotype (OR: 1,32, 95% KI: 1,02 til 1,70). Assosiasjoner mellom tre av SNPs innenfor disse
EGFR
haplotyper (rs11238349, rs6954351, og rs7796139) var nominelt statistisk signifikant, men med FDR nivåer 30% (tabell 4). De to SNPs rs6954351 og rs7796139 ser ut til å være ansvarlig for foreningene i sine respektive regioner; Men, disse foreningene ikke ut til å være helt uavhengige effekter som SNPs er moderat korrelert (r
2 = 0,47). Vi evaluerte videre den sterkt signal i
EGFR
ved å integrere den andre og tredje områder for å danne en haplotype som strekker seg over syv SNP’er i intron 1 (Supplementary Tabell S2). Blant vanlige haplotyper, effektestimatene for haplotyper inneholder GGG eller GTG synes å være konsekvent over 1,0. Det er interessant å merke seg at blant vanlige haplotyper i det integrerte området, varianten haplotype TGA fra det andre området er tilstede bare sammen med enten varianten haplotype GGG eller GTG, er statistisk signifikante haplotyper fra det tredje området. Dette tyder på at de to sett av haplotyper kan reflektere det samme signal. En sterk haplotype effekt ble observert for varianten haplotype TGA-A-GGG, med en OR på 1,84 (95% CI: 1,25 til 2,71) og en p-verdi på 0,002. Denne effekten var sterkere enn de som ble observert for de enkelte regioner og forsterker ideen om at disse to områdene er relatert. En annen variant haplotype i den integrerte regionen var også statistisk signifikant (OR: 1,60; 95% KI: 1,09 til 2,37)., Men vi klarte ikke å finne ut hva som var årsaken til denne foreningen
For
IGFBP3
, ble en stor region på tvers av genet betraktes som bemerkelsesverdig ved hjelp av et glidende vindu analyse (Supplementary figur S3). To områder ble definert ved å evaluere koblingsulikevekt over identifisert området. Det andre området, som strekker seg over området av ekson 5-3 «nedstrøms
IGFBP3
, var assosiert med en global p-verdi på 0,04. Blant haplotyper i denne regionen, variant haplotype AGC (OR: 1,27, 95% KI: 1,06 til 1,54) og TAT (OR: 1,62, 95% KI: 1,05 til 2,51) var assosiert med økt nyrekreftrisiko (tabell 3). Blant SNPs i haplotype, rs6670 var statistisk signifikant assosiert med nyrekreftrisiko på en FDR nivå 20%. Vi observerte en positiv sammenheng mellom nedsatt kreftrisiko blant pasientene som hadde minst ett eksemplar av den sjeldne allelet med en OR på 1,27 (95% KI: 1,04 til 1,56). Foreningen for haplotype AGC, som inneholder sjeldne allelet for rs6670, var litt sterkere enn effekten observert for den enkelte SNP og ser ut til å være drevet primært av rs6670. Årsaks variant for haplotype TAT, er imidlertid ikke klart, noe som tyder på at årsaks varianten ikke ble genotypet i denne studien.
I
VCAM1
, en variant haplotype sentrert på rs3917010 var også assosiert med en økt risiko for nyrekreft (CAT OR: 1,25, 95% KI: 1,01 til 1,54, tabell 3). Men ingen av
VCAM1
SNPs var signifikant assosiert med nyrekreftrisiko etter FDR justering. Selv om en statistisk signifikant sammenheng ble observert, kan denne foreningen være falsk som effektene observert for haplotype er ikke konkordant med de enkelte SNP foreninger innenfor dette haplotype (Supplementary Tabell S1).
Resultatene for de enkelte analyser av alle SNPs kan finnes i Supplemental tabell S1. Ingen statistisk signifikante interaksjoner mellom våre statistisk signifikante SNPs og potensiell effekt modifikatorer (alder, kjønn og BMI) ble påvist (data ikke vist). Tilleggssensitivitetsanalyser begrenset til RCC (n = 627 tilfeller) og klarcellet RCC (n = 564 tilfeller) førte ikke til relevante endre noen av de tidligere påvist assosiasjoner (data ikke vist).
Diskusjoner
i denne studien har vi gjennomført en eksplorativ analyse av 319 SNPs i eller rundt 21 gener som er involvert i cellevekst /differensiering og apoptose trasé i forhold til nyrekreftrisiko. Vi identifiserte både haplotyper og SNPs i
CASP1 /5/4/12
,
EGFR
, og
IGFBP3 Hotell som ble statistisk signifikant assosiert med risiko for nyrekreft. Assosiasjoner mellom SNPs i de andre undersøkte cellevekst /differensiering og apoptose pathway gener var svak og mindre lovende.
Det er sterke bevis som støtter den biologiske betydningen av genetiske varianter i
EGFR Hotell og
IGFBP3 Hotell og nyrekreftrisiko.
EGFR
koder for et transmembran vekstfaktorreseptor som spiller en kritisk rolle i den signaltransduksjonsbane regulerer celleproliferering, differensiering og overlevelse [17], [18]. En fersk studie har foreslått en ekstra rolle for EGFR av å samhandle med og stabilisere natrium /glukose kotransporter 1 (SGLT1), og dermed bidra til å opprettholde intracellulære blodsukkeret i lave ekstracellulære glukose miljøer og hindre celledød oppstår [19]. Dette er spesielt relevant for renal kreft, som både EGFR og SGLT1 er uttrykt i nyrene, hvor glukoseopptak er viktig [20]. Altered glukose metabolisme er en av de store hypoteser som antas å forklare sammenhengen mellom diabetes og renal kreft. Så langt har de fleste studier fokusert på å vurdere
EGFR
i forhold til kreft progresjon og målrettet behandling [21], [22]. Det er interessant å merke seg at den første intron av
EGFR plakater ( 120 kb) har vært innblandet som en viktig reguleringsområde [21], [23]. En svært polymorfe (CA)
n gjenta i intron 1 av
EGFR
, ca 1,5 kb nedstrøms av exon 1, har vært assosiert med redusert
EGFR
transkripsjon i flere studier [24] [25]. Denne mikro synes å være i koblingsulikevekt med flere SNP’er med ukjent funksjon i promoterregionen av dette genet, så vel [26]. En av disse variantene (rs759171) ble også genotypet i denne studien, men ikke i forbindelse med nyrekreft (Supplementary tabell S1). I denne studien, tre SNPs (rs11238349, rs6954351, og rs7796139) fra intron 1 av
EGFR Hotell og identifisert gjennom vår første skjermbildet ble statistisk signifikant assosiert med risiko for nyrekreft. Av disse tre SNPs, ble bare rs6954351 og rs7796139 moderat korrelert (R «> 2 = 0,47) med hverandre. Senere analyser tyder på at kanskje en haplotype som inkluderer disse to SNPs kan kjøre foreninger som finnes i denne regionen. Mekanismen ved hvilken disse intronic SNPs (eller varianter i koblingsulikevekt med disse SNPs) kan påvirke nyrekreftrisikoen er ukjent, men de befinner seg innenfor et funksjonelt relevante område av
EGFR
som har blitt assosiert med redusert EGFR og transkripsjon protein uttrykk hos mennesker.
i likhet med våre funn for
EGFR
,
IGFBP3
regioner forbundet med endret risiko synes å være funksjonelt viktig i kreft.
IGFBP3
koder for IGF-bindende protein 3, og er den primære bærer av sirkulerende IGF-1. En reduksjon i mengden av IGFBP3 tilgjengelige resulterer i en økning i nivåene av fritt IGF-1, er en faktor assosiert med vekst, proliferasjon, og en forhøyet risiko for flere krefttyper [27], [28]. Uavhengig av IGF-1, og IGFBP3 også blitt vist å påvirke celleproliferasjon og apoptose gjennom interaksjon med flere signalveier [29], [30]. I forhold til nyrekreft, har eksperimentelle studier vist at
er IGFBP3
uttrykk økt blant både tydelige cellenyresvulster og nyrekreft cellelinjer [31], [32]. Arrangøren regionen
IGFBP3
har også blitt observert å bli hyppig hypermethylated i primære nyrecellesvulster, men unmethhylated blant normale celler [33]. Vi har observert en statistisk signifikant økning i nyrekreftrisiko med rs6670 som ligger i 3 «utranslatert region (UTR) av
IGFBP3
. Varianter i 3’UTR kan være involvert i stabilitet og ekspresjon av mRNA [34].
IGFBP3
variasjon er blitt evaluert med flere andre kreftformer [35], men dette er den første studien som evaluerer SNPs i forhold til nyrekreft. I assosiasjonsstudier, SNPs i
IGFBP3 Hotell og IGF relaterte gener (
IGF-1 Hotell og
IGFBP1
) har vært knyttet til sirkulerende IGF-1 og IGFBP-3 nivåer [ ,,,0],36], [37].
IGFBP3
SNP rs6670 (A-allelet) var ikke direkte forbundet med IGFBP-3 nivåer, men ble svakt assosiert med en avtagende trend i sirkulerende IGF-1-nivå [36]. Dette er ikke helt i tråd med den positive sammenhengen vi observert med nyrekreft i vår studie, men antyder at videre studier er nødvendig for å avklare foreninger observert.
CASP1
,
CASP4
,
CASP5 Hotell og
CASP12
tilhører en caspase underfamilie kalt provoserende caspases, som er involvert i modningen av inflammatoriske cytokiner (IL-1 og IL-18) i tillegg til sin rolle i apoptotiske reaksjonsveier [9], [38], [39]. Til tross for deres engasjement i to viktige kreftfremkallende stier, betennelser og apoptose, er det få publiserte rapporter evaluert genetisk variasjon i disse fire caspase gener i forhold til kreft. I vår studie ble tre
CASP1 /5/4/12
SNPs (rs568910, rs492859, rs507879) assosiert med økt risiko for nyrekreft, mens en SNP (rs1785883) var assosiert med en redusert risiko. De fire SNP’er ble bare svakt korrelert med hverandre (R «> 2 0,5), med unntak av rs492859 og rs568910 som var sterkt korrelert (R’> 2 = 0,99) i løpet av våre data. Den sterkeste individ SNP forbindelse med nyrekreft ble observert med rs507879, som ligger innen exon 2 av
CASP5
og resulterer i en missense mutasjon og aminosyresubstitusjon (Thr90Ala). Funksjonen til denne ekson 2 SNP er uklart, og er spådd å bli en godartet mutasjon av PolyPhen. Men en vanlig somatisk mutasjon i ekson 2 også blitt identifisert i leukemi og, mage, tykktarm og lunge kreft, men har ennå ikke blitt undersøkt hos nyresvulster [40] – [43]. En somatisk mutasjon i et mononukleotid gjenta (A)
10 i exon 2 frembringer en forskyvning av leserammen under transkripsjon resulterer i en for tidlig stopp og et avkortet protein. Dette tyder på at denne regionen i
CASP5
kan være særlig viktig for kreftutvikling.
Så vidt vi vet er dette den første studien for å evaluere SNPs i alle unntatt to av disse vekst /differensiering og apoptose gener i forbindelse med nyrekreft. Det primære fokus så langt i området av nyrekreft mottakelighet har vært på genetiske varianter i xenobiotiske metabolisme gener [12], [44] og von Hippel-Lindau (
VHL
) genet, som fører til en økt risiko for arvelig form for nyrekreft [45], har bare tre små studier evaluert varianter i
PPARG Hotell og
VEGF
i forhold til nyrekreft. Smith et al. (N = 40 tilfeller) observerte at den sjeldne allel av
PPARG
P12A polymorfisme (rs1801282) ble underrepresentert blant RCC pasienter sammenlignet med kontroller, med en OR for trend på 0,28 (0,08 til 1,01) [46]. Dette funnet er i samsvar med resultatene fra vår analyse (OR for trend: 0,80; 95% KI: 0,67 til 0,96), men dette SNP ble ikke vurdert som statistisk signifikant etter FDR justering. Kawai et al. (N = 213 tilfeller) [47] observerte en svak sammenheng mellom tre
VEGF
promotor polymorfismer (rs1570360, rs2010963, rs699947) og nyrekreft progresjon og prognose; og Abe et al. (N = 145 tilfeller) [48] observerte en ikke-signifikant sammenheng mellom tre
VEGF
3’UTR polymorfismer (C702T -dbSNP identifikator nummer er ukjent, rs3025039, rs10434) og nyrekreftrisiko i japanske populasjoner. Tre av disse SNPs ble genotypet i vår studie (rs2010963, rs699947, rs3025039), men bare SNP rs699947 viste en svak, men betydnigsløst forbindelse med nyrekreftrisiko. Vår analyse av
VEGF
avslørt bare en nominelt betydelig SNP i promotorområdet (rs833058; Supplemental tabell S1), som er korrelert med rs699947 (r
2 = 0,65)
En styrke.
